More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2185 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2185  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  100 
 
 
250 aa  499  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
258 aa  217  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.549001  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2184  short chain dehydrogenase  45.16 
 
 
262 aa  204  8e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 
255 aa  202  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.239762 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
258 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
255 aa  198  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.700746  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3899  hypothetical protein  45.49 
 
 
255 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.363357 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 
255 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2147  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.17 
 
 
253 aa  188  5.999999999999999e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.760058  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
264 aa  188  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0499981  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5536  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 
262 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4032  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
268 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4334  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
268 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3073  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.75 
 
 
250 aa  185  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3750  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
265 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4224  short chain dehydrogenase  43.53 
 
 
265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
255 aa  183  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4276  short chain dehydrogenase  43.14 
 
 
265 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.222257  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3189  short chain dehydrogenase  43.31 
 
 
268 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0861  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 
284 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1828  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 
284 aa  178  9e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0606  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 
265 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.289606  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2338  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 
265 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1037  short chain dehydrogenase  43.43 
 
 
284 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1123  short chain dehydrogenase  43.43 
 
 
298 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1704  short chain dehydrogenase  40 
 
 
262 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771758  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.94 
 
 
254 aa  170  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.43 
 
 
263 aa  168  7e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0980  short chain dehydrogenase  41.8 
 
 
263 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6225  short chain dehydrogenase  40.56 
 
 
253 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00892767  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
250 aa  142  7e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
261 aa  138  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
246 aa  135  8e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214979  normal  0.444362 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.2 
 
 
258 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.8 
 
 
258 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.01 
 
 
257 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
247 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
246 aa  132  6e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.4 
 
 
260 aa  130  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0249  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.8 
 
 
258 aa  130  3e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0279472  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2957  putative short-chain dehydrogenase/reductase  35.8 
 
 
247 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.46 
 
 
248 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
244 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  37.19 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  37.19 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.4 
 
 
265 aa  129  6e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.03 
 
 
250 aa  128  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
259 aa  127  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0749847  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2226  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0121072  hitchhiker  0.00000459382 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  32.53 
 
 
259 aa  126  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
255 aa  126  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00136979  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
244 aa  126  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0319  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
279 aa  126  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0340  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.230945 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.85 
 
 
256 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
251 aa  125  7e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
248 aa  125  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.37 
 
 
268 aa  125  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
262 aa  125  8.000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
246 aa  124  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
257 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
263 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
256 aa  123  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
279 aa  123  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.4 
 
 
257 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
250 aa  122  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1543  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.15 
 
 
260 aa  122  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
278 aa  122  4e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.6 
 
 
260 aa  122  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
278 aa  122  4e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3768  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
278 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
264 aa  122  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
249 aa  122  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
248 aa  122  5e-27  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
244 aa  122  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
250 aa  122  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
260 aa  122  6e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
244 aa  122  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
274 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
252 aa  122  8e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
254 aa  121  9e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.8 
 
 
239 aa  121  9e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
245 aa  120  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1283  short-chain type dehydrogenase/reductase  31.05 
 
 
277 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.4 
 
 
265 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1872  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.17 
 
 
241 aa  120  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.105262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
281 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223454  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.07 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.93 
 
 
258 aa  120  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
252 aa  120  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>