195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2589 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2589  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  416  9.999999999999999e-116  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1615  TrkA domain-containing protein  41.18 
 
 		 208 aa  181  6e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0410032  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3335  TrkA-C domain protein  42.64 
 
 		 213 aa  181  9.000000000000001e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.611638  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1361  TrkA domain-containing protein  41.18 
 
 		 208 aa  180  1e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00515151  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1543  GntR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 206 aa  177  8e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0876912  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0117  TrkA domain-containing protein  39.09 
 
 		 214 aa  170  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1200  TrkA domain-containing protein  40.61 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.228424  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0356  GntR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 204 aa  158  6e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1134  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 213 aa  152  2.9999999999999998e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000105089  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1338  transcriptional regulator, GntR family  37.24 
 
 		 201 aa  132  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2291  GntR family transcription regulator  95.59 
 
 		 69 aa  129  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000698422  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1689  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 214 aa  125  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.248739  normal  0.372482 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2149  regulatory protein GntR, HTH  32.11 
 
 		 215 aa  91.3  8e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0016  GntR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 248 aa  55.1  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  32.74 
 
 		 258 aa  52  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0543  trehalose operon repressor  35.35 
 
 		 235 aa  50.1  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.405615  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0527  trehalose operon transcriptional repressor  35.35 
 
 		 235 aa  50.1  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3794  TrkA-N domain protein  30.99 
 
 		 350 aa  50.1  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.434274  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3877  TrkA-N domain protein  30.99 
 
 		 350 aa  49.7  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.705897 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0922  TrkA domain-containing protein  31.17 
 
 		 335 aa  49.7  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.97 
 
 		 258 aa  49.7  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.3 
 
 		 258 aa  49.7  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1654  TrkA domain-containing protein  29.87 
 
 		 335 aa  48.5  0.00006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.190782  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2586  TrkA domain-containing protein  33.82 
 
 		 605 aa  48.9  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 243 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 251 aa  48.5  0.00007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_013947  Snas_6234  regulatory protein GntR HTH  32.81 
 
 		 514 aa  48.1  0.00008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 249 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4397  putative regulatory protein  30.86 
 
 		 240 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4399  GntR family regulatory protein  30.86 
 
 		 240 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  38.03 
 
 		 233 aa  48.1  0.0001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  38.89 
 
 		 233 aa  47.8  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3490  TrkA-C domain protein  33.82 
 
 		 608 aa  47.8  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0353  TrkA-N domain protein  40.38 
 
 		 542 aa  47.8  0.0001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1024  TrkA domain-containing protein  29.87 
 
 		 335 aa  47.8  0.0001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.282206 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0698  trehalose operon transcriptional repressor  38.36 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0449  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 119 aa  47.4  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0543  GntR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 236 aa  46.6  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.97 
 
 		 259 aa  47  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0063  TrkA family potassium uptake protein  32.86 
 
 		 351 aa  47  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2418  GntR domain protein  38.71 
 
 		 251 aa  47  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172286  decreased coverage  0.00114845 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4671  trehalose operon repressor  38.36 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.38863e-21 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2648  TrkA-C domain-containing protein  36.84 
 
 		 160 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.508711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0666  trehalose operon repressor  38.36 
 
 		 236 aa  47  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0759  trehalose operon repressor  38.36 
 
 		 236 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0917  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 280 aa  47  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04070  transcriptional regulator, GntR family  26.52 
 
 		 234 aa  47.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3466  GntR domain protein  28.28 
 
 		 255 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3135  transcriptional regulator GntR  25.35 
 
 		 247 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2860  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 249 aa  46.6  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  25.97 
 
 		 240 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4285  putative regulatory protein GntR family  29.63 
 
 		 240 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.533887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1294  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 243 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.014181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0120  TrkA domain-containing protein  26.79 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4314  putative regulatory protein, GntR family  29.63 
 
 		 240 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  25.97 
 
 		 240 aa  46.2  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4466  GntR family regulatory protein  29.63 
 
 		 240 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.280387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1740  GntR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 232 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.40989  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  32.84 
 
 		 240 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  30.33 
 
 		 258 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1076  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 151 aa  45.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0019673 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.33 
 
 		 258 aa  46.2  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  32.84 
 
 		 240 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.33 
 
 		 258 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2078  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 126 aa  45.8  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.202595  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4217  regulatory protein GntR, HTH  36.92 
 
 		 346 aa  46.2  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.53296  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  32.84 
 
 		 240 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  32.84 
 
 		 240 aa  45.8  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.33 
 
 		 258 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.33 
 
 		 258 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  30.33 
 
 		 258 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 240 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0478  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 244 aa  45.4  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0696996  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  32.84 
 
 		 240 aa  45.8  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 245 aa  45.4  0.0005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2741  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 242 aa  45.4  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.0041351  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  32.84 
 
 		 240 aa  45.8  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0541  trehalose operon transcriptional repressor  38.36 
 
 		 236 aa  45.4  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0541  trehalose operon transcriptional repressor  38.36 
 
 		 236 aa  45.4  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  26.96 
 
 		 264 aa  45.4  0.0006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0685  trehalose operon repressor  38.36 
 
 		 236 aa  45.4  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.327487 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  26.96 
 
 		 264 aa  45.4  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  26.96 
 
 		 264 aa  45.4  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0597  trehalose operon transcriptional repressor  38.36 
 
 		 236 aa  45.1  0.0007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.464881  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0630  trehalose operon transcriptional repressor  38.36 
 
 		 236 aa  45.1  0.0007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1621  GntR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 123 aa  45.1  0.0007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2982  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 228 aa  45.1  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  35.62 
 
 		 258 aa  44.3  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1697  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 308 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0168  GntR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 133 aa  43.9  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.04 
 
 		 258 aa  44.7  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1175  GntR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 124 aa  44.7  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0796897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1945  Citrate transporter  37.29 
 
 		 778 aa  44.7  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.162435  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  35.62 
 
 		 258 aa  44.3  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2341  GntR domain protein  26.58 
 
 		 226 aa  44.3  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  30.86 
 
 		 243 aa  44.3  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4813  sodium/hydrogen exchanger  42.11 
 
 		 666 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1635  Ion transport 2 domain protein  38.78 
 
 		 567 aa  44.7  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0302468  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19650  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 221 aa  44.3  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.230789  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>