More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2860 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2860  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  518  1e-146  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.747318  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0525  GntR family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 245 aa  246  2e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3708  transcriptional regulator, GntR family  39.39 
 
 		 251 aa  187  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5975  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.360612 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2205  GntR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1764  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.140741  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1431  transcriptional regulator, GntR family  36.82 
 
 		 270 aa  149  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4355  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  37.76 
 
 		 256 aa  149  6e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.250836 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3599  GntR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 256 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1802  GntR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0871111  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1994  transcriptional regulator, GntR family  36.86 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6857  transcriptional regulator, GntR family  34.89 
 
 		 266 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.314897 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1997  transcription regulator protein  33.62 
 
 		 274 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.38113  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2896  GntR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 267 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2365  transcriptional regulator, GntR family  32.92 
 
 		 248 aa  144  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2152  transcriptional regulator, GntR family  33.62 
 
 		 269 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.213702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1828  transcriptional regulator, GntR family  33.62 
 
 		 258 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3310  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 274 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.758694 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2153  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3826  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.339728 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4649  GntR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.492673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0773  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 241 aa  142  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1620  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 266 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.429858  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1750  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 332 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0498  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 266 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687826  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2473  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 266 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1828  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 266 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0948232  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2335  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 266 aa  142  7e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.991331  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0794  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 376 aa  141  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3135  transcriptional regulator GntR  34 
 
 		 247 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4360  GntR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 266 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 243 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0659  GntR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 376 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.263292  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0894  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  34.19 
 
 		 280 aa  139  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2428  GntR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 262 aa  139  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2792  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 284 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.120812 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3533  GntR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 246 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4434  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3595  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.264276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3933  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 274 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2551  transcriptional regulator, GntR family  30.58 
 
 		 242 aa  138  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.321871  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3031  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  36.44 
 
 		 286 aa  137  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.921184 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2282  transcriptional regulator, GntR family  34.03 
 
 		 262 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.557929  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2866  GntR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 251 aa  135  7.000000000000001e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2707  GntR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0952006 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3817  transcriptional regulator, GntR family  34.05 
 
 		 256 aa  133  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0594434  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1697  GntR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2488  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 284 aa  132  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 243 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0972  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 245 aa  131  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1294  GntR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 243 aa  131  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.014181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1064  transcriptional regulator, GntR family  33.2 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.296534  normal  0.0288799 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0757  GntR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 245 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1749  transcriptional regulator, GntR family  34.8 
 
 		 249 aa  129  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.37809  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1251  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 245 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.116745  normal  0.0613053 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2326  GntR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 287 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 240 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 240 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5190  GntR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 240 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.702411  normal  0.0588532 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2171  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 258 aa  125  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.233669 
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  30.47 
 
 		 240 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1096  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 277 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113015  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1885  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0949  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0214  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.892015  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0431  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1800  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00723826  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1390  GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0722  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 245 aa  122  7e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0349  transcriptional regulatory protein  30.04 
 
 		 277 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7148  transcriptional regulator, GntR family  28.76 
 
 		 247 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.263147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4833  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.396823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3799  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 251 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392461  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 243 aa  111  9e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 243 aa  111  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 243 aa  111  9e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 243 aa  111  9e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6218  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000229973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 243 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4103  GntR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 246 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  30.57 
 
 		 238 aa  105  5e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  30.6 
 
 		 243 aa  105  7e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0955  transcriptional regulator, GntR family  30.21 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.468224  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0076  transcriptional regulator, GntR family  28.7 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 239 aa  99  7e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 240 aa  98.6  8e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 244 aa  98.6  8e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4080  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  30.34 
 
 		 255 aa  98.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.515439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0995  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 249 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.352191  normal  0.964514 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  28.14 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1535  transcriptional regulator  28.21 
 
 		 233 aa  98.2  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.178039  normal  0.468584 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  29.71 
 
 		 241 aa  97.1  2e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3370  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 247 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 		 242 aa  97.1  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 241 aa  97.1  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 241 aa  96.7  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8309  putative transcriptional regulator, GntR family  31.6 
 
 		 239 aa  95.9  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>