146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0117 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0117  TrkA domain-containing protein  100 
 
 		 214 aa  445  1.0000000000000001e-124  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3335  TrkA-C domain protein  55.67 
 
 		 213 aa  228  6e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.611638  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1543  GntR family transcriptional regulator  45 
 
 		 206 aa  187  9e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0876912  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2589  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 206 aa  170  2e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1200  TrkA domain-containing protein  41.87 
 
 		 212 aa  166  2e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.228424  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0356  GntR family transcriptional regulator  41.62 
 
 		 204 aa  164  1.0000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1134  GntR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 213 aa  159  4e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000105089  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1615  TrkA domain-containing protein  31.84 
 
 		 208 aa  142  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0410032  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1361  TrkA domain-containing protein  31.84 
 
 		 208 aa  141  9e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00515151  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1338  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 201 aa  115  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1689  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 214 aa  104  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.248739  normal  0.372482 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2149  regulatory protein GntR, HTH  31 
 
 		 215 aa  92.8  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2291  GntR family transcription regulator  49.18 
 
 		 69 aa  64.3  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000698422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  35.21 
 
 		 258 aa  50.1  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0917  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 280 aa  48.5  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  39.39 
 
 		 240 aa  48.5  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  39.39 
 
 		 240 aa  48.5  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  39.39 
 
 		 240 aa  48.5  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  39.39 
 
 		 240 aa  48.5  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  39.39 
 
 		 240 aa  48.5  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4323  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  41.79 
 
 		 258 aa  48.5  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.469986 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  39.39 
 
 		 240 aa  48.5  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  39.39 
 
 		 240 aa  48.1  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0812  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  33.77 
 
 		 240 aa  48.1  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0368  TrkA-C domain protein  33.96 
 
 		 404 aa  48.1  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33520  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 263 aa  47.8  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.422261  normal  0.208572 
 
 
-
 
NC_003296  RS03035  transcription regulator protein  29.41 
 
 		 240 aa  47.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.838829  normal  0.141117 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04070  transcriptional regulator, GntR family  32.86 
 
 		 234 aa  47.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.96 
 
 		 258 aa  47  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 233 aa  47  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04510  regulatory protein GntR HTH  28.46 
 
 		 127 aa  47  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14010  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 253 aa  47  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.646916  normal  0.765571 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2925  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  31.71 
 
 		 254 aa  46.2  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.608421  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1929  GntR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 260 aa  46.6  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9128  putative transcriptional regulator, GntR family  28.05 
 
 		 250 aa  46.2  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.783412  normal  0.482238 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1440  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 248 aa  46.2  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.944848 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  37.66 
 
 		 258 aa  46.2  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2645  transcriptional regulator, GntR family  28.1 
 
 		 125 aa  46.2  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2179  PhoU family protein  36 
 
 		 310 aa  46.2  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0292095  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  42.86 
 
 		 258 aa  46.2  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0763  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 242 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.747826  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0013  GntR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 251 aa  45.8  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000501062  n/a   
 
 
 
NC_013131  Caci_3333  transcriptional regulator, GntR family  39.34 
 
 		 253 aa  45.8  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1332  GntR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 127 aa  45.8  0.0005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4125  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 240 aa  45.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4012  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 		 240 aa  45.4  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.696075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3513  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.81 
 
 		 259 aa  45.4  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494425  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0505  histidine utilization repressor  26.61 
 
 		 301 aa  45.4  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0489  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.81 
 
 		 264 aa  45.4  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1572  GntR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 288 aa  45.4  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289458 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1106  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.81 
 
 		 264 aa  45.4  0.0007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000240199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0552  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  38.81 
 
 		 264 aa  45.4  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.406636  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4186  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 251 aa  45.1  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.349516  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0072  regulatory protein GntR, HTH  31.94 
 
 		 288 aa  45.1  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.476491  normal  0.750222 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6234  regulatory protein GntR HTH  32.89 
 
 		 514 aa  45.1  0.0008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0474  transcriptional regulator, GntR family  32.05 
 
 		 246 aa  45.1  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4179  regulatory protein GntR HTH  22.12 
 
 		 243 aa  45.1  0.0008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1187  TrkA-N domain protein  32.39 
 
 		 541 aa  45.1  0.0009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0759  GntR domain protein  24.02 
 
 		 255 aa  45.1  0.0009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4027  TrkA family potassium uptake protein  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.426006  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0938  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 122 aa  44.7  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3888  TrkA family potassium uptake protein  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.475517  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3720  Trk family potassium uptake protein  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.430715  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3736  Trk family potassium uptake protein  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2326  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 		 287 aa  44.3  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4191  TrkA family potassium uptake protein  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.841712  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1312  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 243 aa  44.7  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.483973 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0091  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 139 aa  44.3  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2680  TrkA domain-containing protein  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000338081  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3391  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  31.62 
 
 		 258 aa  44.7  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4098  potassium uptake protein, TrkA family  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00103413  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4081  potassium uptake protein, TrkA family  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1159  potassium uptake protein, TrkA family  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3993  potassium uptake protein, TrkA family  39.66 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02963  DNA-binding transcriptional repressor  39.44 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0607  regulatory protein GntR HTH  39.44 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1629  transcriptional regulator, GntR family  26.88 
 
 		 121 aa  44.3  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.125166 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1754  hypothetical protein  32.73 
 
 		 227 aa  43.5  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1165  histidine utilization repressor  27.72 
 
 		 236 aa  43.9  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4783  phosphonates metabolism transcriptional regulator PhnF  31.34 
 
 		 243 aa  43.9  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.133972  normal  0.113518 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0752  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 247 aa  43.9  0.002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00012009  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1517  TrkA domain-containing protein  43.75 
 
 		 164 aa  43.9  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  27.84 
 
 		 315 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2822  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 259 aa  43.5  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4955  putative transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 248 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.203243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3387  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  37.31 
 
 		 258 aa  43.5  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3281  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.44 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.368173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3566  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.44 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1099  histidine utilization repressor  27.78 
 
 		 231 aa  43.5  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3805  TrkA domain-containing protein  37.93 
 
 		 221 aa  43.9  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0251033  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0602  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.44 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3267  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.44 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02914  hypothetical protein  39.44 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4409  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  39.44 
 
 		 258 aa  43.9  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.652539 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2930  transcriptional regulator, GntR family  32.26 
 
 		 259 aa  43.9  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000160523  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>