119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CNC05560 on replicon NC_006685
Organism: Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_006685  CNC05560  ribosomal large subunit biogenesis-related protein, putative  100 
 
 		 479 aa  950    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04346  ribosomal biogenesis protein Gar2 (AFU_orthologue; AFUA_4G06350)  43.54 
 
 		 445 aa  191  2.9999999999999997e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.122582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_7586  predicted protein  53.1 
 
 		 150 aa  171  4e-41  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.561304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_27034  predicted protein  40.67 
 
 		 252 aa  139  1e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.64186  normal  0.132821 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45356  predicted protein  41.29 
 
 		 479 aa  107  6e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.486955  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04600  single-stranded DNA binding protein, putative  32.32 
 
 		 441 aa  61.6  0.00000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  48.98 
 
 		 152 aa  57.8  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  48.98 
 
 		 155 aa  57.4  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  48.98 
 
 		 151 aa  57.4  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  48.98 
 
 		 156 aa  57.4  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  38.57 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 		 153 aa  57  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  46.94 
 
 		 154 aa  55.8  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  42.19 
 
 		 149 aa  56.2  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 		 154 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 		 154 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 		 154 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03577  RNA-binding protein  42.11 
 
 		 154 aa  55.8  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000014599  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 		 154 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  46.94 
 
 		 154 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  46.94 
 
 		 154 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  46.94 
 
 		 154 aa  55.8  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814275  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  42.19 
 
 		 151 aa  54.7  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  40.62 
 
 		 147 aa  53.9  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  33.78 
 
 		 173 aa  53.1  0.00001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1139  RNA binding protein  37.1 
 
 		 129 aa  52.8  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00000522116  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1009  glycine-rich RNA binding protein  38.33 
 
 		 128 aa  53.1  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000973374  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  37.14 
 
 		 146 aa  52.8  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  29.73 
 
 		 250 aa  51.6  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  32.43 
 
 		 82 aa  51.6  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  29.73 
 
 		 250 aa  51.6  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  30.88 
 
 		 161 aa  51.6  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  34.33 
 
 		 151 aa  51.2  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  31.08 
 
 		 82 aa  51.2  0.00004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  34.33 
 
 		 176 aa  50.8  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  30 
 
 		 102 aa  51.2  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  30 
 
 		 102 aa  51.2  0.00005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  34.33 
 
 		 152 aa  50.8  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  35.29 
 
 		 149 aa  50.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  27.42 
 
 		 143 aa  50.4  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  29.73 
 
 		 196 aa  50.1  0.00008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04665  hypothetical protein  25 
 
 		 279 aa  50.1  0.00009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0330259  normal  0.410978 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  37.04 
 
 		 123 aa  50.1  0.00009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  35.82 
 
 		 155 aa  49.7  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  27.03 
 
 		 99 aa  49.7  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  33.82 
 
 		 181 aa  49.7  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 		 88 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  31.43 
 
 		 162 aa  49.7  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80765  predicted protein  38.71 
 
 		 271 aa  49.7  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.547807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  31.08 
 
 		 101 aa  49.3  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  28.95 
 
 		 99 aa  49.3  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  27.03 
 
 		 97 aa  48.5  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  33.82 
 
 		 132 aa  48.9  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  35.19 
 
 		 122 aa  48.5  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  31.08 
 
 		 88 aa  49.3  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_86797  predicted protein  24.74 
 
 		 838 aa  48.5  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.128443 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  28.38 
 
 		 101 aa  48.5  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  32.84 
 
 		 148 aa  48.5  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  32.35 
 
 		 175 aa  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  27.03 
 
 		 88 aa  48.5  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 		 121 aa  47.8  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  27.03 
 
 		 102 aa  48.1  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  32.84 
 
 		 150 aa  47.8  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  33.87 
 
 		 152 aa  47.8  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0508  nicotinate phosphoribosyltransferase  35.59 
 
 		 65 aa  47.8  0.0004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  28.17 
 
 		 90 aa  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06074  polyadenylation factor subunit CstF64, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G09100)  33.33 
 
 		 293 aa  47.4  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.4649  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10765  Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G (eIF3g)(Translation initiation factor eIF3 p33 subunit homolog)(eIF3 p33 homolog)(Eukaryotic translation initiation factor 3 RNA-binding subunit)(eIF-3 RNA-binding subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5B0B3]  32.14 
 
 		 289 aa  47.8  0.0005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0100571 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03180  conserved hypothetical protein  26.39 
 
 		 373 aa  47.8  0.0005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.213275  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  32.79 
 
 		 140 aa  47.8  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  28.38 
 
 		 89 aa  47.8  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  27.03 
 
 		 89 aa  47.4  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4127  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 		 121 aa  47.4  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  28.17 
 
 		 105 aa  47.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0482  HIT family protein  35.59 
 
 		 65 aa  47  0.0008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.417177  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  28.17 
 
 		 90 aa  47  0.0008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  34.48 
 
 		 160 aa  46.6  0.0009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_5724  predicted protein  26.83 
 
 		 291 aa  46.6  0.0009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.181544  normal  0.149739 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  28.57 
 
 		 90 aa  46.2  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  26.03 
 
 		 110 aa  46.2  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2455  RNA recognition motif-containing protein  30.56 
 
 		 105 aa  46.6  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.644837 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  30.88 
 
 		 134 aa  46.6  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  32.39 
 
 		 90 aa  46.2  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00121  RNA recognition motif-containing protein  28.38 
 
 		 203 aa  46.2  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.3683  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  35.19 
 
 		 124 aa  46.2  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  30.99 
 
 		 90 aa  46.6  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  33.33 
 
 		 87 aa  45.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  27.03 
 
 		 109 aa  45.8  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  38 
 
 		 151 aa  45.8  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000301969  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  31.15 
 
 		 116 aa  45.8  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  27.03 
 
 		 202 aa  45.8  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00121  RNA recognition motif-containing protein  28.38 
 
 		 217 aa  45.8  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.044748  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  27.03 
 
 		 245 aa  45.8  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  32.79 
 
 		 157 aa  45.8  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  28.17 
 
 		 90 aa  45.4  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_8451  predicted protein  30.99 
 
 		 76 aa  45.4  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0309329  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0013  RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif)  27.03 
 
 		 222 aa  45.1  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  26.03 
 
 		 137 aa  45.1  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12693  predicted protein  25.81 
 
 		 151 aa  45.1  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.689101  normal  0.262863 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  31.48 
 
 		 115 aa  45.1  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>