More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2883 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  100 
 
 
161 aa  320  5e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  51.55 
 
 
152 aa  152  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00255  RNA binding protein  50.31 
 
 
226 aa  146  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  50.67 
 
 
160 aa  136  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  66.27 
 
 
160 aa  116  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  42.21 
 
 
153 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  41.55 
 
 
152 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  44.59 
 
 
154 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  44.59 
 
 
154 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  43.84 
 
 
154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814275  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  44.59 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  43.45 
 
 
151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  43.24 
 
 
154 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  42.57 
 
 
154 aa  111  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  42.57 
 
 
154 aa  111  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  42.57 
 
 
154 aa  111  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  39.29 
 
 
156 aa  108  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  57.14 
 
 
151 aa  108  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000301969  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  39.29 
 
 
155 aa  107  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  42.47 
 
 
149 aa  107  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  40.54 
 
 
147 aa  105  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03577  RNA-binding protein  41.26 
 
 
154 aa  103  8e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000014599  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  41.67 
 
 
151 aa  102  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
88 aa  84.3  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  51.35 
 
 
88 aa  84  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  44.58 
 
 
88 aa  79  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  48.1 
 
 
90 aa  78.2  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
88 aa  78.2  0.00000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
88 aa  77.4  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  46.84 
 
 
89 aa  77  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  43.21 
 
 
92 aa  75.9  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
87 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  40.24 
 
 
87 aa  73.6  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  45.95 
 
 
86 aa  72.4  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  44.44 
 
 
85 aa  71.6  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  44.3 
 
 
83 aa  71.6  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
88 aa  72  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
81 aa  71.6  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  44.44 
 
 
89 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  42.53 
 
 
110 aa  68.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12693  predicted protein  42.68 
 
 
151 aa  68.9  0.00000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.689101  normal  0.262863 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  44.44 
 
 
99 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
88 aa  69.7  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  44.59 
 
 
89 aa  68.9  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  43.66 
 
 
87 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  44 
 
 
90 aa  68.2  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 
90 aa  67.4  0.00000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  39.19 
 
 
82 aa  67.4  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  44.05 
 
 
101 aa  67.4  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4005  RNA-binding region RNP-1  41.76 
 
 
158 aa  67.4  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.776629  normal  0.74538 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002159  RNA-binding protein  63.79 
 
 
58 aa  67  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000764217  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  44.44 
 
 
90 aa  67  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  44.44 
 
 
112 aa  66.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  43.06 
 
 
90 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  37.65 
 
 
116 aa  66.2  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  40.85 
 
 
85 aa  66.2  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  38.82 
 
 
115 aa  66.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  45.07 
 
 
146 aa  65.9  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  43.06 
 
 
82 aa  65.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
90 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  43.06 
 
 
103 aa  65.1  0.0000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  39.47 
 
 
108 aa  65.1  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3437  RNP-1 like RNA-binding protein  44.3 
 
 
158 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000369251 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4324  RNP-1 like RNA-binding protein  38.89 
 
 
155 aa  64.7  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000014654  normal  0.0291528 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4264  RNP-1 like RNA-binding protein  38.89 
 
 
155 aa  64.7  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  41.67 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  39.02 
 
 
95 aa  64.3  0.0000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
96 aa  64.3  0.0000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  43.59 
 
 
97 aa  63.5  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  40.24 
 
 
250 aa  63.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  40.24 
 
 
250 aa  63.2  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1013  RNP-1 like RNA-binding protein  40.91 
 
 
164 aa  63.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000334324 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  41.67 
 
 
90 aa  62.4  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  37.18 
 
 
91 aa  62.8  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  38.16 
 
 
90 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  39.02 
 
 
104 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
114 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0321  hypothetical protein  39.47 
 
 
91 aa  62.4  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  40.24 
 
 
202 aa  62.4  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  39.02 
 
 
196 aa  62  0.000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  39.56 
 
 
99 aa  62  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  41.89 
 
 
90 aa  62.4  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  41.33 
 
 
90 aa  62  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG02940  glycine-rich RNA binding protein, putative  36.25 
 
 
182 aa  61.6  0.000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  40.48 
 
 
99 aa  62  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  37.8 
 
 
173 aa  62  0.000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  39.73 
 
 
104 aa  62  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  38.89 
 
 
176 aa  61.2  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  42.47 
 
 
109 aa  60.8  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3300  RNA-binding region RNP-1  39.13 
 
 
166 aa  60.8  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.181276  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
95 aa  60.8  0.000000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  41.33 
 
 
86 aa  60.8  0.000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1009  glycine-rich RNA binding protein  31.25 
 
 
128 aa  60.5  0.000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000973374  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  45.95 
 
 
94 aa  60.5  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1863  RNA-binding region RNP-1  39.29 
 
 
89 aa  60.5  0.000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.253261  normal  0.255815 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04865  nucleolin protein Nsr1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07710)  36.59 
 
 
524 aa  60.1  0.00000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.046271 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1139  RNA binding protein  34.83 
 
 
129 aa  60.1  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00000522116  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
98 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
95 aa  60.1  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2455  RNA recognition motif-containing protein  41.67 
 
 
105 aa  60.1  0.00000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.644837 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>