More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4708 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  100 
 
 
156 aa  317  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  96.05 
 
 
155 aa  297  3e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  81.29 
 
 
152 aa  248  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  80.13 
 
 
151 aa  242  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  71.52 
 
 
153 aa  220  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  71.9 
 
 
154 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  71.9 
 
 
154 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  70.39 
 
 
154 aa  213  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  71.24 
 
 
154 aa  213  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814275  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  70.39 
 
 
154 aa  213  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  70.39 
 
 
154 aa  213  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  70.39 
 
 
154 aa  213  7e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  69.74 
 
 
154 aa  213  9e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  69.54 
 
 
149 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  67.35 
 
 
147 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  65.81 
 
 
151 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  46.76 
 
 
160 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  37.67 
 
 
152 aa  107  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  56.32 
 
 
160 aa  106  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00255  RNA binding protein  41.67 
 
 
226 aa  105  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  61.54 
 
 
151 aa  105  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000301969  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03577  RNA-binding protein  42.66 
 
 
154 aa  102  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000014599  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  39.1 
 
 
161 aa  101  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
85 aa  86.7  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
88 aa  85.5  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  51.95 
 
 
88 aa  86.3  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
88 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  48.19 
 
 
87 aa  85.5  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  51.25 
 
 
86 aa  84.3  6e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
90 aa  84.3  6e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  51.35 
 
 
88 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
89 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
91 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
90 aa  82  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  51.35 
 
 
89 aa  80.9  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
87 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
90 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
90 aa  80.1  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  45.35 
 
 
89 aa  80.1  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
90 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  48.68 
 
 
92 aa  78.6  0.00000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  47.44 
 
 
146 aa  78.2  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
88 aa  77.8  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  43.21 
 
 
89 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  46.91 
 
 
101 aa  77  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
96 aa  76.6  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
88 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  43.75 
 
 
99 aa  75.5  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  48.72 
 
 
97 aa  75.1  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  46.05 
 
 
83 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  44.09 
 
 
97 aa  75.5  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
175 aa  74.7  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  39.77 
 
 
90 aa  74.3  0.0000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
90 aa  74.7  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  46.91 
 
 
95 aa  74.7  0.0000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  43.75 
 
 
85 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  45 
 
 
181 aa  73.6  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  41.89 
 
 
90 aa  73.6  0.0000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
82 aa  73.2  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
150 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  45 
 
 
152 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
148 aa  73.2  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  40.51 
 
 
82 aa  73.2  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  42.31 
 
 
81 aa  73.2  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  42.5 
 
 
143 aa  73.2  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  44.3 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  40.54 
 
 
90 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  46.99 
 
 
122 aa  72.8  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  45 
 
 
151 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
155 aa  72  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
149 aa  72  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  39.51 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
132 aa  71.6  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 
88 aa  71.6  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
87 aa  71.6  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  44.05 
 
 
94 aa  71.6  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  37.5 
 
 
90 aa  71.2  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  42.5 
 
 
134 aa  70.5  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
105 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1471  RNP-1 like RNA-binding protein  44.3 
 
 
104 aa  69.7  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0175415  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  35.29 
 
 
108 aa  70.1  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
102 aa  70.1  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  42.5 
 
 
137 aa  69.3  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  43.04 
 
 
162 aa  69.3  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0656  RNP-1 like RNA-binding protein  41.03 
 
 
110 aa  69.7  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.827058 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  41.3 
 
 
101 aa  69.3  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  40.48 
 
 
116 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
157 aa  68.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  39.51 
 
 
86 aa  68.6  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  44.3 
 
 
176 aa  68.6  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  44.44 
 
 
103 aa  68.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  44.74 
 
 
112 aa  68.6  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  43.75 
 
 
140 aa  68.9  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1010  RNA-binding protein  47.37 
 
 
95 aa  68.6  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04600  single-stranded DNA binding protein, putative  37.5 
 
 
441 aa  68.2  0.00000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  39.74 
 
 
95 aa  68.2  0.00000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  41.3 
 
 
99 aa  68.2  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  42.35 
 
 
109 aa  68.2  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  37.66 
 
 
95 aa  68.2  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
122 aa  68.2  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>