193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3778 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010086  Bmul_4252  uncharacterized membrane-associated protein  91.98 
 
 		 362 aa  649    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1648  uncharacterized membrane-associated protein  94.56 
 
 		 373 aa  665    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400547  normal  0.120635 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3998  uncharacterized membrane-associated protein  93.12 
 
 		 348 aa  660    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3778  rhodanese domain-containing protein  100 
 
 		 349 aa  700    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5985  uncharacterized membrane-associated protein  93.27 
 
 		 341 aa  650    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.87309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4369  uncharacterized membrane-associated protein  93.12 
 
 		 348 aa  660    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4252  rhodanese domain-containing protein  98.83 
 
 		 342 aa  682    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0751  dedA family protein  71.06 
 
 		 381 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.134051  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1715  dedA family protein  71.06 
 
 		 381 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4673  putative transmembrane protein  70.47 
 
 		 339 aa  488  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0711  dedA family protein  70.77 
 
 		 348 aa  488  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1237  DedA family protein  70.77 
 
 		 362 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2433  dedA family protein  70.49 
 
 		 362 aa  487  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1162  hypothetical protein  70.49 
 
 		 362 aa  487  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.876864  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1564  dedA family protein  70.32 
 
 		 346 aa  484  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.838864  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6646  rhodanese domain-containing protein  70.88 
 
 		 338 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0225208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0949  putative transmembrane protein  70.28 
 
 		 321 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3852  rhodanese domain-containing protein  41.14 
 
 		 351 aa  272  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.912828 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4308  putative DedA-like transmembrane protein  41.07 
 
 		 345 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.501524  normal  0.760062 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3648  Rhodanese domain protein  39.68 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0640799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4725  Rhodanese domain protein  39.68 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5534  normal  0.040028 
 
 
-
 
NC_003296  RS00824  hypothetical protein  38.76 
 
 		 326 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0639  putative DedA-like transmembrane protein  40.86 
 
 		 332 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0692618 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1362  rhodanese-like protein  36.58 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6945  putative DedA protein  35.08 
 
 		 330 aa  176  8e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.972654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3269  rhodanese domain-containing protein  35.81 
 
 		 331 aa  175  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.119092  normal  0.0431864 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4266  rhodanese domain-containing protein  34.52 
 
 		 329 aa  172  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.987419 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4860  rhodanese domain-containing protein  34.77 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.722599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00135  DedA family protein  36.74 
 
 		 328 aa  171  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.288713  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2986  putative DedA protein  34.75 
 
 		 330 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4736  rhodanese domain-containing protein  34.46 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5324  rhodanese-like protein  34.46 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5536  rhodanese domain-containing protein  34.46 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.336975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5407  rhodanese domain-containing protein  34.15 
 
 		 330 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.263954  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0358  dedA family protein  34.22 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1247  integral-membrane protein  34.22 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1541  dedA family protein  34.22 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.158432  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1731  dedA family protein  34.22 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.096673  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3012  hypothetical protein  34.22 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00280754  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2896  hypothetical protein  34.22 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0392  dedA family protein  34.22 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.911843  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0121  DedA family protein  34.35 
 
 		 331 aa  160  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00355931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2213  dedA family protein  33.12 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0770256  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2409  putative DedA protein  31.85 
 
 		 334 aa  160  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230239  normal  0.723786 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3995  Rhodanese domain protein  34.8 
 
 		 312 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5566  rhodanese domain-containing protein  31.43 
 
 		 325 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.785557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5537  hypothetical protein  35.84 
 
 		 322 aa  151  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.4014  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2558  rhodanese domain-containing protein  30.13 
 
 		 331 aa  139  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.263557 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5938  hypothetical protein  32.53 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000315841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3647  hypothetical protein  34.13 
 
 		 330 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1647  rhodanese domain-containing protein  31.17 
 
 		 319 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.471962  normal  0.0453671 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1389  hypothetical protein  33.45 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831518  normal  0.286755 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48660  hypothetical protein  33.92 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123843 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6689  DedA family protein  33.21 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.272092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4169  hypothetical protein  33.91 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3050  hypothetical protein  30.86 
 
 		 268 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0186  SNARE associated Golgi protein  27.97 
 
 		 209 aa  67.8  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2255  SNARE associated Golgi protein  31.79 
 
 		 213 aa  67  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1082  SNARE associated Golgi protein  32.12 
 
 		 205 aa  64.7  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.822354 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1291  SNARE associated Golgi protein  26.03 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.677756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1260  SNARE associated Golgi protein  26.39 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0816  SNARE associated Golgi protein  27.97 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0140193 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0010  hypothetical protein  28.57 
 
 		 208 aa  62.8  0.000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.163704  normal  0.0549348 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1883  phosphoesterase, PA-phosphatase related  24.17 
 
 		 702 aa  60.8  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.379542  normal  0.0602268 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0628  hypothetical protein  28.97 
 
 		 199 aa  60.5  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.341746 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3975  hypothetical protein  31.54 
 
 		 245 aa  60.1  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4907  SNARE associated Golgi protein  25.65 
 
 		 227 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.703178 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0260  alkaline phosphatase-like protein  28.29 
 
 		 202 aa  59.3  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.894036  normal  0.360147 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4889  SNARE associated Golgi protein-like protein  24.82 
 
 		 209 aa  58.2  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2070  SNARE associated Golgi protein-related protein  30.34 
 
 		 215 aa  55.8  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000366664  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2069  hypothetical protein  25.18 
 
 		 209 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.873256  normal  0.0385471 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0874  hypothetical protein  26.28 
 
 		 201 aa  55.5  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000956069  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25760  uncharacterized membrane-associated protein  28.65 
 
 		 228 aa  55.8  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0439  SNARE associated Golgi protein  26.13 
 
 		 204 aa  54.3  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0969745 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0514  DedA family protein  25.15 
 
 		 204 aa  54.3  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5318  hypothetical protein  24.22 
 
 		 206 aa  53.9  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.745456  normal  0.776913 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1551  uncharacterized membrane-associated protein-like protein  29.37 
 
 		 212 aa  53.9  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000813787 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0427  SNARE associated Golgi protein  26.13 
 
 		 204 aa  53.5  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.160448  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0191  hypothetical protein  27.08 
 
 		 220 aa  53.1  0.000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3543  DedA family protein  27.21 
 
 		 203 aa  53.5  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0412  DedA family protein  27.21 
 
 		 203 aa  53.5  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3718  DedA family protein  26.53 
 
 		 203 aa  53.5  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.913537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0453  SNARE associated Golgi protein  26.13 
 
 		 204 aa  53.5  0.000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0103  putative alkaline phosphatase-like protein  26.83 
 
 		 219 aa  52.8  0.000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2688  uncharacterized membrane-associated protein-like protein  29.37 
 
 		 206 aa  52.8  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.69909  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2156  SNARE associated Golgi protein  28.32 
 
 		 215 aa  51.2  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000142104 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2527  membrane protein, DedA family  28.32 
 
 		 215 aa  51.2  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2559  DEDA DSG-1 protein transmembrane  25.78 
 
 		 218 aa  50.8  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0105855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0147  putative alkaline phosphatase-like protein  28.22 
 
 		 219 aa  51.2  0.00003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.629007  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0291  hypothetical protein  28.76 
 
 		 220 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0509  SNARE associated Golgi protein-related protein  28.16 
 
 		 239 aa  50.4  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2835  SNARE associated Golgi protein  27.91 
 
 		 215 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0176  SNARE associated Golgi protein  30.77 
 
 		 218 aa  50.4  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.292267  normal  0.98297 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5252  DedA family protein  28.33 
 
 		 220 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3887  SNARE associated Golgi protein  25.63 
 
 		 204 aa  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2311  hypothetical protein  25.66 
 
 		 199 aa  49.7  0.00007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2987  hypothetical protein  25.9 
 
 		 245 aa  49.7  0.00008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2029  hypothetical protein  26.57 
 
 		 202 aa  49.3  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21733  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2429  SNARE associated Golgi protein  27.69 
 
 		 215 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2256  SNARE associated Golgi protein  28.17 
 
 		 224 aa  49.3  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>