More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5407 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5407  rhodanese domain-containing protein  100 
 
 
330 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.263954  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4860  rhodanese domain-containing protein  99.09 
 
 
330 aa  645    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.722599  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5324  rhodanese-like protein  95.15 
 
 
330 aa  620  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4736  rhodanese domain-containing protein  95.15 
 
 
330 aa  620  1e-177  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5536  rhodanese domain-containing protein  95.15 
 
 
330 aa  620  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.336975  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3269  rhodanese domain-containing protein  90.33 
 
 
331 aa  594  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.119092  normal  0.0431864 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0121  DedA family protein  90.3 
 
 
331 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00355931  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3012  hypothetical protein  75.15 
 
 
330 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00280754  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0392  dedA family protein  75.15 
 
 
330 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.911843  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0358  dedA family protein  75.15 
 
 
330 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1731  dedA family protein  75.15 
 
 
330 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.096673  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1247  integral-membrane protein  75.15 
 
 
330 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1541  dedA family protein  75.15 
 
 
330 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.158432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2896  hypothetical protein  75.15 
 
 
330 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2213  dedA family protein  75.85 
 
 
330 aa  471  1e-132  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0770256  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6945  putative DedA protein  68.14 
 
 
330 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.972654  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4266  rhodanese domain-containing protein  66.77 
 
 
329 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.987419 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2986  putative DedA protein  68.45 
 
 
330 aa  433  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2409  putative DedA protein  50 
 
 
334 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230239  normal  0.723786 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00135  DedA family protein  51.53 
 
 
328 aa  298  1e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.288713  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5566  rhodanese domain-containing protein  46.65 
 
 
325 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.785557  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6689  DedA family protein  48.42 
 
 
294 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.272092  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3648  Rhodanese domain protein  39.05 
 
 
325 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0640799  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4725  Rhodanese domain protein  39.05 
 
 
325 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.5534  normal  0.040028 
 
 
-
 
NC_003296  RS00824  hypothetical protein  39.62 
 
 
326 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75406  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1362  rhodanese-like protein  38.75 
 
 
334 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5938  hypothetical protein  39.8 
 
 
324 aa  202  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000315841  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2558  rhodanese domain-containing protein  36.28 
 
 
331 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.263557 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5537  hypothetical protein  37.95 
 
 
322 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.4014  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3995  Rhodanese domain protein  42.39 
 
 
312 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.976253  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1647  rhodanese domain-containing protein  34.44 
 
 
319 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.471962  normal  0.0453671 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3647  hypothetical protein  40 
 
 
330 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3852  rhodanese domain-containing protein  34.77 
 
 
351 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.912828 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48660  hypothetical protein  39.31 
 
 
311 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123843 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1564  dedA family protein  36.67 
 
 
346 aa  169  7e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.838864  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0751  dedA family protein  37.07 
 
 
381 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.134051  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1715  dedA family protein  37.07 
 
 
381 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0711  dedA family protein  37.07 
 
 
348 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1162  hypothetical protein  37.07 
 
 
362 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.876864  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2433  dedA family protein  37.07 
 
 
362 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4252  rhodanese domain-containing protein  34.15 
 
 
342 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.358006  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1237  DedA family protein  37.07 
 
 
362 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3778  rhodanese domain-containing protein  34.15 
 
 
349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.205763 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1648  uncharacterized membrane-associated protein  35.31 
 
 
373 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400547  normal  0.120635 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5985  uncharacterized membrane-associated protein  35 
 
 
341 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.87309  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3998  uncharacterized membrane-associated protein  35 
 
 
348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4252  uncharacterized membrane-associated protein  33.86 
 
 
362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.621816  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4673  putative transmembrane protein  34.75 
 
 
339 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4369  uncharacterized membrane-associated protein  35 
 
 
348 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0949  putative transmembrane protein  35 
 
 
321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4169  hypothetical protein  38.18 
 
 
311 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6646  rhodanese domain-containing protein  33.65 
 
 
338 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0225208  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1389  hypothetical protein  35.45 
 
 
309 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831518  normal  0.286755 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4308  putative DedA-like transmembrane protein  31.69 
 
 
345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.501524  normal  0.760062 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0639  putative DedA-like transmembrane protein  34.01 
 
 
332 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0692618 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3050  hypothetical protein  32.08 
 
 
268 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0628  hypothetical protein  30.96 
 
 
199 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.341746 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1369  hypothetical protein  30.81 
 
 
221 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25777  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0874  hypothetical protein  36.13 
 
 
201 aa  70.9  0.00000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000956069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2866  hypothetical protein  32.32 
 
 
219 aa  68.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.416299 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2611  hypothetical protein  31.1 
 
 
219 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02242  conserved inner membrane protein  31.1 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1339  SNARE associated Golgi protein-like protein  31.1 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.217693  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2695  hypothetical protein  31.1 
 
 
219 aa  68.6  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02202  hypothetical protein  31.1 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3457  hypothetical protein  31.1 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1335  hypothetical protein  31.1 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.64425 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2468  hypothetical protein  31.1 
 
 
219 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3333  hypothetical protein  31.71 
 
 
220 aa  67.4  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00119993  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0232  phosphoesterase, PA-phosphatase related  34.01 
 
 
457 aa  67  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2597  hypothetical protein  30.49 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.651507 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1530  hypothetical protein  30.49 
 
 
220 aa  66.6  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2718  hypothetical protein  30.49 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.261998  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0360  hypothetical protein  30.49 
 
 
220 aa  66.6  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2509  hypothetical protein  30.49 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2555  hypothetical protein  30.49 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1421  hypothetical protein  30.49 
 
 
220 aa  66.6  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2473  hypothetical protein  29.88 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2609  hypothetical protein  30.49 
 
 
219 aa  66.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36856  normal  0.051576 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2799  hypothetical protein  32.32 
 
 
220 aa  65.9  0.0000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5141  dedA protein  27.45 
 
 
204 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4897  dedA protein  27.45 
 
 
204 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4760  DedA family protein  27.45 
 
 
204 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5272  dedA protein  27.45 
 
 
204 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5185  dedA protein  26.47 
 
 
204 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3975  hypothetical protein  33.1 
 
 
245 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1466  hypothetical protein  32.32 
 
 
221 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3614  SNARE associated Golgi protein  25.13 
 
 
204 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4741  dedA protein  27.45 
 
 
204 aa  64.3  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.98218  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2073  SNARE associated Golgi protein-like protein  35.92 
 
 
231 aa  64.3  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.520648  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1883  phosphoesterase, PA-phosphatase related  27.07 
 
 
702 aa  64.3  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.379542  normal  0.0602268 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0706  SNARE associated Golgi protein-like protein  34.02 
 
 
213 aa  63.2  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.240923  normal  0.524025 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5170  dedA protein  25.98 
 
 
204 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2575  hypothetical protein  31.71 
 
 
232 aa  62  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1541  hypothetical protein  28.43 
 
 
193 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0191  hypothetical protein  29.66 
 
 
220 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5318  hypothetical protein  33.33 
 
 
206 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.745456  normal  0.776913 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5176  dedA protein  25.98 
 
 
204 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2135  DedA family protein  33.33 
 
 
202 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1159  dedA protein  29.61 
 
 
214 aa  60.8  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000684044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>