74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3059 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3059  hypothetical protein  100 
 
 		 626 aa  1162    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3827  hypothetical protein  67.44 
 
 		 253 aa  121  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.290909  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1789  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.54 
 
 		 440 aa  108  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1723  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.54 
 
 		 446 aa  109  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1177  hypothetical protein  56.38 
 
 		 250 aa  108  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0930686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  54.84 
 
 		 412 aa  105  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  55.79 
 
 		 457 aa  104  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1114  ABC transporter related  54.55 
 
 		 453 aa  101  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0650865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3980  signal recognition particle-docking protein FtsY  45.56 
 
 		 643 aa  99  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00176908  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  46.85 
 
 		 398 aa  96.3  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.69 
 
 		 412 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  52.69 
 
 		 412 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1314  hypothetical protein  48.91 
 
 		 239 aa  92  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0719888  normal  0.0263324 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  52.44 
 
 		 402 aa  92  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1197  hypothetical protein  44.44 
 
 		 209 aa  89.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2280  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  54.55 
 
 		 258 aa  88.6  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.372527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  47.06 
 
 		 385 aa  88.6  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0642  hypothetical protein  49.53 
 
 		 224 aa  85.9  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0637  hypothetical protein  49.53 
 
 		 224 aa  85.9  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  47.83 
 
 		 395 aa  85.1  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  48.15 
 
 		 388 aa  84.7  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2643  hypothetical protein  41.41 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  44.71 
 
 		 388 aa  82.4  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3250  hypothetical protein  34.38 
 
 		 293 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155775 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3606  signal recognition particle-docking protein FtsY  45.99 
 
 		 561 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00455766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1358  putative protein in NADH-ubiquinone oxidoreductase complex  46.15 
 
 		 226 aa  73.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.754294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2245  hypothetical protein  49.37 
 
 		 214 aa  68.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0103239  normal  0.10945 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1460  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  54.29 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0369658 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1266  hypothetical protein  50.79 
 
 		 222 aa  67.4  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3637  hypothetical protein  49.23 
 
 		 234 aa  65.5  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0977304  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3150  hypothetical protein  49.25 
 
 		 167 aa  64.3  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1731  hypothetical protein  51.67 
 
 		 163 aa  63.9  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.282062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0581  conserved repeat domain protein  54.67 
 
 		 880 aa  63.5  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1732  hypothetical protein  33.33 
 
 		 237 aa  62.4  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4439  30S ribosomal protein S2  43.66 
 
 		 334 aa  63.2  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000842833 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0936  hypothetical protein  43.53 
 
 		 801 aa  61.6  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1694  30S ribosomal protein S2  33.51 
 
 		 349 aa  61.2  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754731 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1719  hypothetical protein  41.54 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1394  ATPase  33.93 
 
 		 1408 aa  60.1  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2782  hypothetical protein  49.28 
 
 		 193 aa  59.3  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.742585  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1698  30S ribosomal protein S2  43.08 
 
 		 349 aa  58.5  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3450  30S ribosomal protein S2  44.78 
 
 		 355 aa  57.4  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387566  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4517  30S ribosomal protein S2  42.25 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0895  putative NADH dehydrogenase I chain E  44.26 
 
 		 220 aa  56.6  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.256372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5328  phage minor structural protein  39.77 
 
 		 2196 aa  56.2  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3162  hypothetical protein  30.7 
 
 		 146 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.867755  normal  0.0805493 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2223  30S ribosomal protein S2  28.33 
 
 		 361 aa  56.2  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4827  30S ribosomal protein S2  41.54 
 
 		 349 aa  54.3  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356192  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2828  30S ribosomal protein S2  33.33 
 
 		 331 aa  54.3  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00696653  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3268  30S ribosomal protein S2  38.89 
 
 		 331 aa  53.9  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138284  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3748  hypothetical protein  32.41 
 
 		 146 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.277851  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3103  hypothetical protein  42.5 
 
 		 187 aa  53.5  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.298396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2347  30S ribosomal protein S2  40.3 
 
 		 355 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.473707 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2073  30S ribosomal protein S2  40.3 
 
 		 355 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.193389  normal  0.160852 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2033  30S ribosomal protein S2  41.79 
 
 		 354 aa  51.6  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0655537 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1609  hypothetical protein  34.02 
 
 		 684 aa  51.6  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.173558 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2436  30S ribosomal protein S2  37.5 
 
 		 334 aa  50.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3545  hypothetical protein  36.36 
 
 		 133 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291675 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0317  band 7 protein  29.61 
 
 		 646 aa  49.7  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1035  colicin/pyosin nuclease family protein  51.96 
 
 		 459 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1627  hypothetical protein  30.83 
 
 		 294 aa  48.1  0.0005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00194583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4863  hypothetical protein  40.96 
 
 		 190 aa  47.8  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2169  hypothetical protein  40.4 
 
 		 245 aa  47.4  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.545168  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1565  hypothetical protein  39.13 
 
 		 263 aa  47  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.32352  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3548  hypothetical protein  34.74 
 
 		 133 aa  47.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.757792  normal  0.50188 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4586  cell division protein FtsY  45.81 
 
 		 510 aa  46.2  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_48676  predicted protein  29.18 
 
 		 4825 aa  45.8  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0777  hypothetical protein  37.5 
 
 		 517 aa  46.2  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2070  Cell division initiation protein-like protein  39.41 
 
 		 277 aa  46.2  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1947  hypothetical protein  39.35 
 
 		 245 aa  46.2  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1993  hypothetical protein  39.35 
 
 		 245 aa  46.2  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.767825  normal  0.365277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1927  hypothetical protein  39.35 
 
 		 245 aa  46.2  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0201  signal recognition particle-docking protein FtsY  41.18 
 
 		 491 aa  45.4  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00197589  decreased coverage  0.000000348094 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12942  hypothetical protein  35.54 
 
 		 245 aa  43.9  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>