More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2436 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1859  30S ribosomal protein S2  92.51 
 
 		 332 aa  641    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.113122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2436  30S ribosomal protein S2  100 
 
 		 334 aa  684    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1694  30S ribosomal protein S2  93.71 
 
 		 332 aa  643    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4517  30S ribosomal protein S2  89.97 
 
 		 330 aa  614  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2828  30S ribosomal protein S2  90.42 
 
 		 331 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00696653  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2857  30S ribosomal protein S2  90.12 
 
 		 331 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.32716  normal  0.180299 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3268  30S ribosomal protein S2  88.02 
 
 		 331 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138284  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4439  30S ribosomal protein S2  73.73 
 
 		 334 aa  513  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000842833 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2223  30S ribosomal protein S2  69.23 
 
 		 361 aa  471  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4827  30S ribosomal protein S2  69.03 
 
 		 349 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356192  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1698  30S ribosomal protein S2  68.14 
 
 		 349 aa  463  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3450  30S ribosomal protein S2  64.29 
 
 		 355 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387566  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2073  30S ribosomal protein S2  64.94 
 
 		 355 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.193389  normal  0.160852 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2347  30S ribosomal protein S2  64.94 
 
 		 355 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.473707 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2033  30S ribosomal protein S2  65.71 
 
 		 354 aa  443  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0655537 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1694  30S ribosomal protein S2  62.75 
 
 		 349 aa  430  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754731 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1131  30S ribosomal protein S2  72.44 
 
 		 255 aa  391  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.439275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2029  30S ribosomal protein S2  73.23 
 
 		 256 aa  392  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.306741  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1776  30S ribosomal protein S2  74.02 
 
 		 255 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.890792 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1583  30S ribosomal protein S2  73.62 
 
 		 255 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1162  30S ribosomal protein S2  72.83 
 
 		 256 aa  390  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.278359  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1381  30S ribosomal protein S2  71.43 
 
 		 267 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2528  30S ribosomal protein S2  74.49 
 
 		 248 aa  384  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9516  30S ribosomal protein S2  75.52 
 
 		 307 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1119  30S ribosomal protein S2  72.22 
 
 		 254 aa  386  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.681588  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0583  30S ribosomal protein S2  70 
 
 		 271 aa  384  1e-105  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0651099  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3196  ribosomal protein S2  72.33 
 
 		 253 aa  379  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2805  30S ribosomal protein S2  70.28 
 
 		 313 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00564496  normal  0.683477 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3726  30S ribosomal protein S2  69.48 
 
 		 261 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.361852 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1380  30S ribosomal protein S2  70.33 
 
 		 288 aa  364  1e-99  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.272546  normal  0.0375782 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2860  30S ribosomal protein S2  67.06 
 
 		 253 aa  360  1e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1433  30S ribosomal protein S2  67.06 
 
 		 251 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086997 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1510  30S ribosomal protein S2  67.06 
 
 		 274 aa  359  3e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.954561  normal  0.0221668 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2306  30S ribosomal protein S2  67.08 
 
 		 276 aa  351  1e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.690808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1548  30S ribosomal protein S2  67.5 
 
 		 259 aa  349  4e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.403357 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1586  30S ribosomal protein S2  65.98 
 
 		 262 aa  342  4e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.551794  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3347  30S ribosomal protein S2  66.14 
 
 		 260 aa  339  5e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.259933  normal  0.727871 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1210  30S ribosomal protein S2  66.67 
 
 		 256 aa  338  5.9999999999999996e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1694  30S ribosomal protein S2  64.03 
 
 		 256 aa  335  5e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.559566  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1960  30S ribosomal protein S2  62.02 
 
 		 277 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0460  30S ribosomal protein S2  62 
 
 		 250 aa  317  2e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.968608 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1369  30S ribosomal protein S2  62.34 
 
 		 251 aa  313  1.9999999999999998e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.512665  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0517  30S ribosomal protein S2  55.93 
 
 		 291 aa  287  2e-76  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.285229  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1160  ribosomal protein S2  60.87 
 
 		 250 aa  286  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1444  ribosomal protein S2  60.87 
 
 		 250 aa  286  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152019  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0514  30S ribosomal protein S2  55.51 
 
 		 288 aa  285  7e-76  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0295  30S ribosomal protein S2  61.16 
 
 		 315 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0657172  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1553  ribosomal protein S2  57.14 
 
 		 242 aa  283  4.0000000000000003e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0295  30S ribosomal protein S2  58.93 
 
 		 343 aa  280  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0422466  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0284  30S ribosomal protein S2  58.93 
 
 		 314 aa  280  3e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.522399  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0273  30S ribosomal protein S2  59.46 
 
 		 301 aa  278  7e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1485  30S ribosomal protein S2  57.59 
 
 		 255 aa  278  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00136898 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0563  30S ribosomal protein S2  56.25 
 
 		 301 aa  278  1e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00000123477  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1133  30S ribosomal protein S2  59.09 
 
 		 260 aa  277  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2756  30S ribosomal protein S2  57.59 
 
 		 255 aa  277  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000868227  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2108  30S ribosomal protein S2  55.42 
 
 		 254 aa  277  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2708  30S ribosomal protein S2  58.04 
 
 		 257 aa  276  3e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.52443  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2981  30S ribosomal protein S2  58.3 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.44963  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3165  30S ribosomal protein S2  58.3 
 
 		 241 aa  273  3e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.186913  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0532  30S ribosomal protein S2  53.36 
 
 		 282 aa  273  4.0000000000000004e-72  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  decreased coverage  0.00675401  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1778  ribosomal protein S2  54.88 
 
 		 274 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1249  ribosomal protein S2  56.7 
 
 		 243 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1840  SSU ribosomal protein S2P  56.14 
 
 		 262 aa  271  8.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1941  ribosomal protein S2  50.39 
 
 		 262 aa  271  9e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1921  30S ribosomal protein S2  56.25 
 
 		 267 aa  270  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.7747799999999994e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0941  30S ribosomal protein S2  57.4 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0031234  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3360  30S ribosomal protein S2  57.4 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.720807  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2924  30S ribosomal protein S2  56.82 
 
 		 271 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240537 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1851  30S ribosomal protein S2  56.7 
 
 		 242 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2044  30S ribosomal protein S2  57.59 
 
 		 257 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000116198  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1921  30S ribosomal protein S2  57.59 
 
 		 251 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.264289  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1250  30S ribosomal protein S2  56.25 
 
 		 251 aa  268  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000302151  hitchhiker  0.0000384341 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3733  30S ribosomal protein S2  55.8 
 
 		 256 aa  268  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000926335  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0238  30S ribosomal protein S2  55.36 
 
 		 241 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0254  30S ribosomal protein S2  55.36 
 
 		 241 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.965891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0256  30S ribosomal protein S2  55.36 
 
 		 241 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.424632  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0241  30S ribosomal protein S2  55.36 
 
 		 241 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0238  30S ribosomal protein S2  55.36 
 
 		 241 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.593758 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00167  30S ribosomal protein S2  54.94 
 
 		 241 aa  266  5e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00889913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3434  ribosomal protein S2  54.94 
 
 		 241 aa  266  5e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.129061  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00166  hypothetical protein  54.94 
 
 		 241 aa  266  5e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00754113  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3113  ribosomal protein S2  51.75 
 
 		 296 aa  266  5e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0242876 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0179  30S ribosomal protein S2  54.94 
 
 		 241 aa  266  5e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0347621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3491  30S ribosomal protein S2  54.94 
 
 		 241 aa  266  5e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.177739  normal  0.659943 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0180  30S ribosomal protein S2  54.94 
 
 		 241 aa  266  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0157211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03237  30S ribosomal protein S2  57.27 
 
 		 253 aa  265  5.999999999999999e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0171  30S ribosomal protein S2  54.94 
 
 		 241 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.349633  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0162  30S ribosomal protein S2  54.94 
 
 		 241 aa  265  5.999999999999999e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00314588  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0173  30S ribosomal protein S2  54.94 
 
 		 241 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0245787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3435  30S ribosomal protein S2  56.05 
 
 		 241 aa  265  7e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0042148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1066  30S ribosomal protein S2  56.05 
 
 		 241 aa  265  7e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00351639  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1013  30S ribosomal protein S2  56.05 
 
 		 241 aa  265  7e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000151526  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0707  30S ribosomal protein S2  55.36 
 
 		 241 aa  265  8e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0255267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002746  SSU ribosomal protein S2p (SAe)  57.27 
 
 		 242 aa  265  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0133087  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2507  ribosomal protein S2  51.85 
 
 		 353 aa  264  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282743  normal  0.375385 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0563  SSU ribosomal protein S2P  55.36 
 
 		 246 aa  263  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2635  30S ribosomal protein S2  57.14 
 
 		 242 aa  263  3e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000253973  normal  0.214401 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2597  30S ribosomal protein S2  56.25 
 
 		 246 aa  263  3e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.117298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1530  SSU ribosomal protein S2P  56.82 
 
 		 249 aa  263  3e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000131876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3281  30S ribosomal protein S2  56.36 
 
 		 242 aa  263  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000428583  hitchhiker  0.0000650106 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>