63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1314 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1314  hypothetical protein  100 
 
 		 239 aa  484  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0719888  normal  0.0263324 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  68.15 
 
 		 402 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1177  hypothetical protein  65.62 
 
 		 250 aa  144  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0930686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  65.48 
 
 		 398 aa  115  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  42.31 
 
 		 395 aa  104  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2280  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  57.14 
 
 		 258 aa  94  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.372527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1114  ABC transporter related  53.41 
 
 		 453 aa  93.2  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0650865  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3059  hypothetical protein  48.91 
 
 		 626 aa  92.4  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1789  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  48.86 
 
 		 440 aa  89.4  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1723  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  48.86 
 
 		 446 aa  89.7  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  49.44 
 
 		 388 aa  85.5  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  49.45 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  50 
 
 		 385 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  51.32 
 
 		 457 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1197  hypothetical protein  44.32 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0637  hypothetical protein  41.57 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0642  hypothetical protein  41.57 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2782  hypothetical protein  49.32 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.742585  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2643  hypothetical protein  30.94 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  44.94 
 
 		 412 aa  78.6  0.00000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2245  hypothetical protein  31.97 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0103239  normal  0.10945 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1732  hypothetical protein  54.84 
 
 		 237 aa  77.8  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3827  hypothetical protein  43.37 
 
 		 253 aa  76.6  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.290909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1266  hypothetical protein  53.62 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1358  putative protein in NADH-ubiquinone oxidoreductase complex  46.99 
 
 		 226 aa  76.3  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.754294  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01305  molybdopterin oxidoredutase membrane subunit  51.56 
 
 		 593 aa  72.4  0.000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1460  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  53.03 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0369658 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1719  hypothetical protein  45.45 
 
 		 243 aa  68.6  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3150  hypothetical protein  43.75 
 
 		 167 aa  67  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3637  hypothetical protein  50 
 
 		 234 aa  67.4  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0977304  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1731  hypothetical protein  45 
 
 		 163 aa  64.7  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.282062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.07 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3103  hypothetical protein  39.73 
 
 		 187 aa  64.7  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.298396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  46.07 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09026  hypothetical protein  42.42 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0409768  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0895  putative NADH dehydrogenase I chain E  46.77 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.256372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4827  30S ribosomal protein S2  42.25 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356192  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3450  30S ribosomal protein S2  42.03 
 
 		 355 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387566  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1698  30S ribosomal protein S2  42.25 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2073  30S ribosomal protein S2  38.03 
 
 		 355 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.193389  normal  0.160852 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2510  hypothetical protein  35.24 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.255653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2347  30S ribosomal protein S2  38.03 
 
 		 355 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.473707 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1694  30S ribosomal protein S2  42.25 
 
 		 349 aa  54.7  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754731 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2223  30S ribosomal protein S2  39.44 
 
 		 361 aa  53.9  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2784  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  38.71 
 
 		 223 aa  53.9  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0566987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2033  30S ribosomal protein S2  38.03 
 
 		 354 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0655537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4439  30S ribosomal protein S2  45.45 
 
 		 334 aa  53.1  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000842833 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0777  hypothetical protein  38.71 
 
 		 517 aa  52  0.000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1465  50S ribosomal protein L21  37.25 
 
 		 208 aa  49.7  0.00004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5828  hypothetical protein  38.71 
 
 		 535 aa  49.3  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4517  30S ribosomal protein S2  43.94 
 
 		 330 aa  48.5  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1117  NADH dehydrogenase I chain E  40.98 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.160144  normal  0.345455 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1694  30S ribosomal protein S2  38.1 
 
 		 332 aa  46.6  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1200  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  39.39 
 
 		 198 aa  46.6  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3268  30S ribosomal protein S2  40 
 
 		 331 aa  45.4  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138284  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3461  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  36.36 
 
 		 230 aa  45.4  0.0008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.2589  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2857  30S ribosomal protein S2  38.57 
 
 		 331 aa  44.3  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.32716  normal  0.180299 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02720  50S ribosomal protein L21  33.73 
 
 		 224 aa  44.3  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5200  hypothetical protein  35.09 
 
 		 172 aa  43.5  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.540164 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2436  30S ribosomal protein S2  38.57 
 
 		 334 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1859  30S ribosomal protein S2  36.9 
 
 		 332 aa  43.5  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.113122 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2694  hypothetical protein  36.92 
 
 		 249 aa  42.4  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.225762  hitchhiker  0.000408142 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2828  30S ribosomal protein S2  37.14 
 
 		 331 aa  42  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00696653  normal  0.845616 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>