More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1200 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1200  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  100 
 
 
198 aa  383  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1460  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  59.36 
 
 
221 aa  227  7e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0369658 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3511  50S ribosomal protein L21  72.66 
 
 
131 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.917781  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3819  50S ribosomal protein L21  71.88 
 
 
131 aa  194  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.711796  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3799  50S ribosomal protein L21  71.88 
 
 
136 aa  193  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2280  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  73.28 
 
 
258 aa  176  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.372527  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4103  50S ribosomal protein L21  66.91 
 
 
140 aa  176  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.509637 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3461  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  48.2 
 
 
230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.2589  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2784  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  44.64 
 
 
223 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0566987  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3869  50S ribosomal protein L21  60 
 
 
105 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.43759  normal  0.014081 
 
 
-
 
NC_004310  BR1850  50S ribosomal protein L21  59.05 
 
 
142 aa  124  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4193  50S ribosomal protein L21  59.05 
 
 
105 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1782  50S ribosomal protein L21  59.05 
 
 
188 aa  123  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.458304  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0309  50S ribosomal protein L21  51.54 
 
 
157 aa  123  2e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.848766  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1050  50S ribosomal protein L21  58.1 
 
 
129 aa  120  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.436024  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4288  50S ribosomal protein L21  58.1 
 
 
104 aa  120  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.997468  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1465  50S ribosomal protein L21  39.44 
 
 
208 aa  119  3.9999999999999996e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0418  50S ribosomal protein L21  56.73 
 
 
103 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3283  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 
125 aa  109  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3005  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 
124 aa  109  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.765258 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02720  50S ribosomal protein L21  38.67 
 
 
224 aa  108  5e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3590  50S ribosomal protein L21  54.37 
 
 
102 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000239742  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4238  ribosomal protein L21  60.58 
 
 
102 aa  107  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000144419  hitchhiker  0.000000201625 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0496  50S ribosomal protein L21  57.69 
 
 
115 aa  107  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  3.70473e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1683  50S ribosomal protein L21  56.73 
 
 
115 aa  106  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000196723  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  53.85 
 
 
104 aa  106  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  52.88 
 
 
104 aa  105  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152954  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0162  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
102 aa  105  4e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000233925  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2692  50S ribosomal protein L21P  52.43 
 
 
149 aa  103  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00184818  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3189  50S ribosomal protein L21  51.43 
 
 
104 aa  103  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136344  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0145  50S ribosomal protein L21  50.49 
 
 
102 aa  103  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0349  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
102 aa  102  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694207  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  51.92 
 
 
103 aa  102  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0194  50S ribosomal protein L21  48.15 
 
 
171 aa  102  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.472355 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  56.19 
 
 
104 aa  102  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0153  50S ribosomal protein L21  53.33 
 
 
132 aa  101  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0304  50S ribosomal protein L21  50.49 
 
 
102 aa  100  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000140365  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2657  50S ribosomal protein L21  53.85 
 
 
103 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0146122  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3067  50S ribosomal protein L21  53.85 
 
 
103 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.89662  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3352  50S ribosomal protein L21P  52.48 
 
 
101 aa  100  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000809209  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  54.72 
 
 
103 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0246  50S ribosomal protein L21  52.29 
 
 
128 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0231  50S ribosomal protein L21  52.38 
 
 
104 aa  99.8  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  56.6 
 
 
103 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0439  50S ribosomal protein L21  44.37 
 
 
146 aa  99.8  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2250  50S ribosomal protein L21  48.51 
 
 
102 aa  99.4  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00445864  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0797  ribosomal protein L21  55.66 
 
 
103 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2583  50S ribosomal protein L21  46.6 
 
 
102 aa  99  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.5903200000000002e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0361  50S ribosomal protein L21  53.77 
 
 
103 aa  99  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000287252  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0497  ribosomal protein L21  53.47 
 
 
98 aa  99  4e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5486  ribosomal protein L21  52.88 
 
 
103 aa  99  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.145587  normal  0.514082 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2822  50S ribosomal protein L21  52.88 
 
 
103 aa  98.6  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00195381  normal  0.322563 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1242  50S ribosomal protein L21P  52.53 
 
 
100 aa  98.6  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0474  50S ribosomal protein L21P  54.72 
 
 
103 aa  98.6  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.030685  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0514  50S ribosomal protein L21  55.24 
 
 
128 aa  98.6  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3682  50S ribosomal protein L21  57.55 
 
 
103 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.885821  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3470  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  98.2  7e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235402  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0926  ribosomal protein L21  48.51 
 
 
102 aa  97.8  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000000598947  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1380  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
102 aa  97.8  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0151  50S ribosomal protein L21  52.29 
 
 
126 aa  97.8  9e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772781  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1573  50S ribosomal protein L21  52.38 
 
 
103 aa  97.8  9e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.337451  normal  0.754011 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1755  50S ribosomal protein L21  52.38 
 
 
103 aa  97.8  9e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.092624  normal  0.0601991 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3236  50S ribosomal protein L21  48.54 
 
 
102 aa  97.8  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000156169  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40790  50S ribosomal protein L21  56.6 
 
 
103 aa  97.1  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200722  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3206  ribosomal protein L21  53.92 
 
 
103 aa  97.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1268  ribosomal protein L21  50.98 
 
 
131 aa  97.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00033008  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0488  ribosomal protein L21  51.92 
 
 
103 aa  97.1  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2005  ribosomal protein L21  51.96 
 
 
103 aa  97.4  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0749  ribosomal protein L21  55.34 
 
 
101 aa  97.1  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000486349  hitchhiker  0.00474582 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0341  ribosomal protein L21  52.83 
 
 
104 aa  96.7  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000133447  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3106  50S ribosomal protein L21  51.92 
 
 
103 aa  96.7  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.744005  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0427  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
127 aa  96.7  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.518139  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0688  50S ribosomal protein L21  54.29 
 
 
104 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468756  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1483  ribosomal protein L21  49.51 
 
 
103 aa  96.3  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2958  50S ribosomal protein L21  51.92 
 
 
103 aa  95.9  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.18334  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0720  50S ribosomal protein L21  54.29 
 
 
104 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456821  normal  0.0127169 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2228  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
101 aa  95.9  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0036789  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0720  50S ribosomal protein L21  54.29 
 
 
104 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7553  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4328  50S ribosomal protein L21  51.92 
 
 
138 aa  95.9  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.665904 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2058  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 
102 aa  95.5  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.550778  normal  0.848803 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0270  ribosomal protein L21  54.81 
 
 
103 aa  95.5  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2576  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  95.5  5e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3917  ribosomal protein L21  51.96 
 
 
103 aa  95.5  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4497  50S ribosomal protein L21  54.29 
 
 
104 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.200456  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0589  50S ribosomal protein L21  50.46 
 
 
128 aa  95.1  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0770  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  94.7  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0525  ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  94.7  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00800  50S ribosomal protein L21  52.83 
 
 
103 aa  94.7  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2551  50S ribosomal protein L21  49.51 
 
 
102 aa  94.7  8e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000316052  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2853  50S ribosomal protein L21  52.83 
 
 
103 aa  94.7  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000634591  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1036  50S ribosomal protein L21  51.89 
 
 
103 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000168941  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3675  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  94.4  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1069  50S ribosomal protein L21  51.89 
 
 
103 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000190707  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0841  50S ribosomal protein L21  50.96 
 
 
103 aa  94.4  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.498603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0967  50S ribosomal protein L21  51.89 
 
 
103 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000186548  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3323  50S ribosomal protein L21  51.89 
 
 
103 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000033092  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4512  ribosomal protein L21  51.92 
 
 
103 aa  94  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2704  50S ribosomal protein L21  50 
 
 
103 aa  94  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0891  50S ribosomal protein L21  51.46 
 
 
103 aa  94  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0723214 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1633  50S ribosomal protein L21  48.08 
 
 
103 aa  94  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>