24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1035 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1035  colicin/pyosin nuclease family protein  100 
 
 		 459 aa  922    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0883  S-type Pyocin  85.81 
 
 		 678 aa  755    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.429643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2036  S-type pyocin domain-containing protein  49.3 
 
 		 578 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4050  S-type pyocin domain-containing protein  37.6 
 
 		 612 aa  243  3.9999999999999997e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0495  S-type pyocin family protein  37.81 
 
 		 480 aa  242  9e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.21565  hitchhiker  0.00238856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5397  S-type Pyocin  41.07 
 
 		 789 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0784178  hitchhiker  0.00224956 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4651  S-type Pyocin  38.01 
 
 		 643 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139923  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  44.96 
 
 		 386 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4511  hypothetical protein  42.02 
 
 		 235 aa  99.4  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.533619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49520  pyocin killing protein  34.13 
 
 		 791 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000524369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3037  killer protein of pyocin S3  31.93 
 
 		 740 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13940  putative S-type pyocin protein  33.33 
 
 		 559 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000194978  normal  0.0797703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0904  S-type Pyocin  28.95 
 
 		 731 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0164  colicin/pyocin immunity family protein  30.32 
 
 		 601 aa  80.5  0.00000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.827155  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1306  pyocin S-type Killer domain-containing protein  34.12 
 
 		 758 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5232  pyocin/colicin protein, putative  31.36 
 
 		 655 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0310  HNH endonuclease:S-type Pyocin  32.56 
 
 		 656 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.251526 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0201  signal recognition particle-docking protein FtsY  59.38 
 
 		 491 aa  66.6  0.0000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00197589  decreased coverage  0.000000348094 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3606  signal recognition particle-docking protein FtsY  46.83 
 
 		 561 aa  56.2  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00455766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  31.93 
 
 		 2942 aa  52.4  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5378  S-type pyocin domain-containing protein  27.94 
 
 		 862 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.454504 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3980  signal recognition particle-docking protein FtsY  50.51 
 
 		 643 aa  47.4  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00176908  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5328  phage minor structural protein  40.62 
 
 		 2196 aa  46.2  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22220  predicted ATPase  45.59 
 
 		 544 aa  43.1  0.009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.198348 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>