25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_5232 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5232  pyocin/colicin protein, putative  100 
 
 		 655 aa  1328    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0310  HNH endonuclease:S-type Pyocin  94.66 
 
 		 656 aa  1104    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.251526 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4651  S-type Pyocin  40.93 
 
 		 643 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5397  S-type Pyocin  43.54 
 
 		 789 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0784178  hitchhiker  0.00224956 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0904  S-type Pyocin  39.61 
 
 		 731 aa  216  8e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0164  colicin/pyocin immunity family protein  34.62 
 
 		 601 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.827155  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1306  pyocin S-type Killer domain-containing protein  36.34 
 
 		 758 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4761  S-type Pyocin  32.05 
 
 		 416 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0685968 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4759  S-type Pyocin  31.51 
 
 		 415 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.997182  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00543  hypothetical protein  37.91 
 
 		 859 aa  139  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0116  putative S-type colicin  37.96 
 
 		 593 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.305649 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5378  S-type pyocin domain-containing protein  24.91 
 
 		 862 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.454504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49520  pyocin killing protein  35 
 
 		 791 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000524369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4048  HNH endonuclease  52.7 
 
 		 83 aa  86.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3037  killer protein of pyocin S3  33.49 
 
 		 740 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0883  S-type Pyocin  31.95 
 
 		 678 aa  77.4  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.429643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0470  putative cytoplasmic protein  37.23 
 
 		 561 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000218322  decreased coverage  4.8281800000000004e-23 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13940  putative S-type pyocin protein  34.47 
 
 		 559 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000194978  normal  0.0797703 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1035  colicin/pyosin nuclease family protein  31.36 
 
 		 459 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4543  S-type pyocin  29.9 
 
 		 106 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4050  S-type pyocin domain-containing protein  26.59 
 
 		 612 aa  58.2  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0495  S-type pyocin family protein  27.34 
 
 		 480 aa  57  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.21565  hitchhiker  0.00238856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5377  S-type pyocin domain-containing protein  24.71 
 
 		 505 aa  50.8  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.496303 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  30.19 
 
 		 592 aa  47.8  0.0006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2036  S-type pyocin domain-containing protein  30.69 
 
 		 578 aa  43.9  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206193  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>