25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0310 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5232  pyocin/colicin protein, putative  94.66 
 
 
655 aa  1121    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0310  HNH endonuclease:S-type Pyocin  100 
 
 
656 aa  1330    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.251526 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5397  S-type Pyocin  45.08 
 
 
789 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0784178  hitchhiker  0.00224956 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4651  S-type Pyocin  42.27 
 
 
643 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139923  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0904  S-type Pyocin  38.96 
 
 
731 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1306  pyocin S-type Killer domain-containing protein  37.62 
 
 
758 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0164  colicin/pyocin immunity family protein  34.1 
 
 
601 aa  181  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.827155  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4761  S-type Pyocin  33.86 
 
 
416 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0685968 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00543  hypothetical protein  39.61 
 
 
859 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4759  S-type Pyocin  31.33 
 
 
415 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.997182  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0116  putative S-type colicin  38.78 
 
 
593 aa  135  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.305649 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5378  S-type pyocin domain-containing protein  24.82 
 
 
862 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.454504 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4048  HNH endonuclease  52.7 
 
 
83 aa  89.4  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0470  putative cytoplasmic protein  39.36 
 
 
561 aa  87.4  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000218322  decreased coverage  4.8281800000000004e-23 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49520  pyocin killing protein  35.45 
 
 
791 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000524369  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3037  killer protein of pyocin S3  33.49 
 
 
740 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0883  S-type Pyocin  29.2 
 
 
678 aa  74.3  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.429643  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1035  colicin/pyosin nuclease family protein  29.39 
 
 
459 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13940  putative S-type pyocin protein  34.95 
 
 
559 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000194978  normal  0.0797703 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4543  S-type pyocin  30.93 
 
 
106 aa  60.8  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4050  S-type pyocin domain-containing protein  25.64 
 
 
612 aa  50.8  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5377  S-type pyocin domain-containing protein  25.29 
 
 
505 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.496303 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0495  S-type pyocin family protein  26.37 
 
 
480 aa  49.7  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.21565  hitchhiker  0.00238856 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  23.2 
 
 
592 aa  47.4  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1293  hypothetical protein  43.18 
 
 
73 aa  46.2  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00285181  normal  0.594635 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>