More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2878 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2878  short chain dehydrogenase  100 
 
 
258 aa  523  1e-147  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.240803  normal  0.0339025 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1937  short chain dehydrogenase  76.65 
 
 
259 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157312  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7138  short chain dehydrogenase  56.47 
 
 
260 aa  290  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.998532  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1049  short chain dehydrogenase  44.09 
 
 
261 aa  199  3e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.027779  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
294 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
258 aa  142  6e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
265 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
263 aa  133  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
265 aa  133  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
263 aa  130  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1992  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
362 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00359465  normal  0.191358 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.84 
 
 
261 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2394  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 
268 aa  126  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.097477 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 
268 aa  125  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.110514  normal  0.280758 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
262 aa  125  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0252898  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
269 aa  122  6e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.2 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.152096  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 
261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0311  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.57 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
262 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363126  normal  0.172275 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.84 
 
 
262 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
259 aa  119  6e-26  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0333473 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
260 aa  119  7e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
259 aa  119  7e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
254 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
262 aa  118  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
254 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
246 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
270 aa  115  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
288 aa  115  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.77 
 
 
262 aa  115  7.999999999999999e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
239 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.84 
 
 
249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
252 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
267 aa  112  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.708336  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 
263 aa  111  9e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
261 aa  111  9e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.83 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.7 
 
 
268 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.13 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.372052 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.45 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.104801  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.15 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.389039  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
244 aa  109  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4577  short chain dehydrogenase  34.48 
 
 
259 aa  110  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.795837 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  28.74 
 
 
288 aa  109  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.12 
 
 
267 aa  109  5e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 
259 aa  109  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.787894 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 
259 aa  109  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
260 aa  109  5e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
261 aa  109  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00433657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.66 
 
 
260 aa  108  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
252 aa  108  8.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  30.57 
 
 
260 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
246 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
255 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.28 
 
 
261 aa  107  2e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
251 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
251 aa  107  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2573  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.42 
 
 
248 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000159991  hitchhiker  0.00324451 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  29.62 
 
 
259 aa  106  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
237 aa  106  3e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1716  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.42 
 
 
248 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000469264  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1759  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.42 
 
 
248 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000535211  normal  0.457957 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1719  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.42 
 
 
248 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131365  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 
279 aa  106  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.528126  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.82 
 
 
246 aa  106  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
262 aa  106  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.47 
 
 
248 aa  106  4e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1582  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.42 
 
 
248 aa  106  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000004002  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 
256 aa  106  5e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.224395  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
260 aa  105  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
258 aa  105  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 
256 aa  106  5e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.09 
 
 
261 aa  105  6e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 
256 aa  105  6e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.367673  normal  0.166116 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 
258 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1953  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.18 
 
 
265 aa  105  7e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.27 
 
 
248 aa  105  7e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0870  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.1 
 
 
249 aa  105  7e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.57 
 
 
246 aa  105  8e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
264 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
252 aa  105  9e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
257 aa  105  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759988  normal  0.0474831 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
257 aa  105  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
260 aa  105  9e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.15 
 
 
278 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
244 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>