More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1049 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1049  short chain dehydrogenase  100 
 
 
261 aa  524  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.027779  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7138  short chain dehydrogenase  47.24 
 
 
260 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.998532  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1937  short chain dehydrogenase  46.85 
 
 
259 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157312  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2878  short chain dehydrogenase  44.09 
 
 
258 aa  195  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.240803  normal  0.0339025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.08 
 
 
258 aa  148  8e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
268 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.110514  normal  0.280758 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.97 
 
 
294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2394  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.69 
 
 
268 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.097477 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
268 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.152096  normal  0.0130851 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
259 aa  131  9e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
259 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154867  normal  0.0871554 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
263 aa  122  5e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  34.88 
 
 
259 aa  121  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
265 aa  118  9e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
260 aa  118  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
259 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336154  normal  0.942948 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5619  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
277 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0753007  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.77 
 
 
259 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
285 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0641216  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
259 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
259 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.400056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.188706  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0549693 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3138  oxidoreductase protein  32.7 
 
 
262 aa  112  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.32 
 
 
263 aa  112  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
263 aa  112  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.978544 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
259 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
262 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280477 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.46 
 
 
264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.221391  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
259 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.861645  normal  0.226141 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
247 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.417621 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  32.82 
 
 
260 aa  109  5e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
264 aa  109  5e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0782028  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4563  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
250 aa  108  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.332785  normal  0.123242 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
251 aa  108  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
264 aa  108  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2852  putative oxidoreductase protein  30.92 
 
 
264 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.91402  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0986  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
278 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 
347 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
262 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
248 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.407204  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
267 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.257261 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2186  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  34.48 
 
 
263 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1017  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.98 
 
 
325 aa  106  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1983  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
263 aa  106  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.33 
 
 
264 aa  106  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
263 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.378112  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
264 aa  105  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.01 
 
 
264 aa  105  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.53126  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
267 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.964929 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
261 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
255 aa  104  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 
263 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.299439 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 
261 aa  103  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2505  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
262 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.80685  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
258 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
262 aa  104  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0252898  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1882  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.16 
 
 
259 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1234  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.16 
 
 
259 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0789  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.16 
 
 
259 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0355352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0361  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.16 
 
 
259 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0730868  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1078  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.16 
 
 
259 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.296983  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1243  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.16 
 
 
259 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00809972  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2349  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
260 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.482868  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1388  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.16 
 
 
259 aa  102  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.95 
 
 
249 aa  102  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
261 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
246 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
265 aa  102  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
277 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 
259 aa  102  8e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
262 aa  101  9e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
239 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 
259 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.930185  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
239 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.89 
 
 
260 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
239 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
262 aa  101  1e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.46 
 
 
254 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.52 
 
 
279 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.528126  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  29.66 
 
 
259 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.41 
 
 
267 aa  100  2e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
262 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.34 
 
 
254 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1212  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
238 aa  100  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.305044  normal  0.539797 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
239 aa  100  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
261 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000076045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1210  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.32 
 
 
260 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.475284  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0870  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.17 
 
 
249 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2363  Short-chain dehydrogenase/reductase  35.77 
 
 
254 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
264 aa  99.8  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.22 
 
 
264 aa  99.8  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2852  putative short-chain dehydrogenase/reductase  29.32 
 
 
264 aa  99.8  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
264 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
254 aa  99.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.824888  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
269 aa  99.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
263 aa  99.4  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>