129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5836 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 		 392 aa  801    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  30.81 
 
 		 389 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  27.51 
 
 		 429 aa  106  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  29.05 
 
 		 432 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  28.04 
 
 		 432 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  28.24 
 
 		 429 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  26.78 
 
 		 429 aa  100  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  38.3 
 
 		 435 aa  96.7  7e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  32.63 
 
 		 421 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  31.67 
 
 		 433 aa  94  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  27.55 
 
 		 435 aa  94  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  27.64 
 
 		 415 aa  93.6  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.81 
 
 		 406 aa  93.2  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  32.22 
 
 		 426 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  27.09 
 
 		 431 aa  92  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  26.41 
 
 		 421 aa  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.77 
 
 		 420 aa  92  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  31.67 
 
 		 427 aa  92  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.15 
 
 		 431 aa  90.9  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  26.22 
 
 		 433 aa  90.5  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  29.57 
 
 		 398 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  27.52 
 
 		 421 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  27.52 
 
 		 421 aa  89  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  30.56 
 
 		 431 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  31.11 
 
 		 422 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.65 
 
 		 437 aa  87.8  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  28.49 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  31.72 
 
 		 423 aa  84.3  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1540  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  24.6 
 
 		 353 aa  79.3  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.713242  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  25.29 
 
 		 360 aa  79.3  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  26.74 
 
 		 428 aa  77  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  29.03 
 
 		 405 aa  74.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  23.4 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  25.13 
 
 		 435 aa  66.6  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1160  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  26.32 
 
 		 361 aa  67  0.0000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000302553  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.48 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.48 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  24.74 
 
 		 412 aa  64.3  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  26.74 
 
 		 396 aa  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  29.61 
 
 		 340 aa  63.2  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  25.81 
 
 		 427 aa  63.2  0.000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2913  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 363 aa  62.8  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3951  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 366 aa  62.4  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0469175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  26.85 
 
 		 341 aa  62  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0148  extracellular solute-binding protein family 1  24.77 
 
 		 389 aa  62  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.934394  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6036  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 		 358 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.62779 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1566  extracellular solute-binding protein family 1  24.83 
 
 		 346 aa  60.5  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  23.18 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2005  extracellular solute-binding protein family 1  23.74 
 
 		 345 aa  59.3  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2444  extracellular solute-binding protein family 1  26.25 
 
 		 401 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.512848  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1117  extracellular solute-binding protein  24.74 
 
 		 368 aa  57.8  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.661593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3216  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 405 aa  57.4  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.018285  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  26.83 
 
 		 381 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1221  extracellular solute-binding protein family 1  23.05 
 
 		 359 aa  57  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 		 342 aa  55.1  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  23.45 
 
 		 345 aa  55.5  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1534  extracellular solute-binding protein family 1  23.05 
 
 		 357 aa  53.9  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2406  putrescine-binding periplasmic protein precursor  26.69 
 
 		 362 aa  54.3  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.388567  hitchhiker  0.00509094 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  23.12 
 
 		 366 aa  53.9  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  23.21 
 
 		 355 aa  53.9  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 		 383 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 383 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3847  extracellular solute-binding protein  21.74 
 
 		 366 aa  52.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1949  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  26.4 
 
 		 443 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.316244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4132  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 383 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0979  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 366 aa  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 383 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3242  extracellular solute-binding protein  22.59 
 
 		 340 aa  51.2  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2708  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 362 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.15362  normal  0.342608 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17610  polyamine ABC transporter  24.71 
 
 		 354 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  23.43 
 
 		 342 aa  50.8  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2567  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 		 362 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2779  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.77 
 
 		 371 aa  50.4  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  23.49 
 
 		 348 aa  50.4  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8146  spermidine/putrescine binding protein of ABC transporter  23.66 
 
 		 371 aa  50.4  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00458388  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3622  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 		 402 aa  50.4  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.360569 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3147  periplasmic polyamine-binding protein, putative  25.09 
 
 		 362 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.718398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  22.73 
 
 		 348 aa  50.1  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3723  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 		 386 aa  50.1  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415779  normal  0.44187 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2788  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 386 aa  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1531  polyamine transport protein PotD  24.06 
 
 		 353 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0081  Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  26.11 
 
 		 404 aa  49.7  0.00009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0373558  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  22.33 
 
 		 357 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2417  extracellular solute-binding protein family 1  23.04 
 
 		 386 aa  48.5  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  21.19 
 
 		 374 aa  47.8  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.33 
 
 		 360 aa  47.4  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46220  putative periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  22.29 
 
 		 363 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0209379  hitchhiker  0.00257917 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4502  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.62 
 
 		 360 aa  47.4  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2187  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 386 aa  47.8  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227535  normal  0.141729 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  23.35 
 
 		 360 aa  47.4  0.0005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4390  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 374 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243685  normal  0.0624884 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 		 341 aa  47  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3423  extracellular solute-binding protein family 1  23.41 
 
 		 386 aa  47  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3878  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 376 aa  47  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4491  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 376 aa  47  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5813  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 376 aa  47  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2829  extracellular solute-binding protein  23.47 
 
 		 362 aa  46.2  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0124  extracellular solute-binding protein  22.53 
 
 		 364 aa  45.8  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.996565  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>