255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2139 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 109 aa  227  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  100 
 
 		 80 aa  167  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  100 
 
 		 80 aa  167  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  97.5 
 
 		 80 aa  165  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  93.59 
 
 		 78 aa  156  9e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  93.59 
 
 		 78 aa  156  9e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  93.59 
 
 		 78 aa  156  9e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  88.61 
 
 		 82 aa  149  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  82.89 
 
 		 79 aa  141  2e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  83.54 
 
 		 83 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  79.75 
 
 		 83 aa  136  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  80.77 
 
 		 84 aa  136  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  80.77 
 
 		 84 aa  136  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  80.77 
 
 		 84 aa  136  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  78.48 
 
 		 84 aa  133  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  78.48 
 
 		 84 aa  133  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  72.09 
 
 		 106 aa  132  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  77.22 
 
 		 82 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  78.95 
 
 		 82 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  78.95 
 
 		 82 aa  130  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  77.22 
 
 		 84 aa  130  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 		 82 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 		 82 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  77.63 
 
 		 82 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 82 aa  128  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 82 aa  128  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  74.03 
 
 		 77 aa  126  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  74.03 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  74.03 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  74.03 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  75.32 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  65.52 
 
 		 175 aa  124  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  73.08 
 
 		 79 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  76.71 
 
 		 82 aa  124  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  65.17 
 
 		 92 aa  122  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  71.23 
 
 		 83 aa  120  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  76.06 
 
 		 90 aa  117  4.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  65.28 
 
 		 98 aa  111  4.0000000000000004e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  61.54 
 
 		 160 aa  110  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  69.14 
 
 		 193 aa  110  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  52.75 
 
 		 196 aa  105  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 84 aa  91.7  3e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  53.85 
 
 		 80 aa  91.7  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  52.5 
 
 		 80 aa  90.9  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  51.35 
 
 		 85 aa  90.1  9e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 84 aa  89  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  45.57 
 
 		 86 aa  88.6  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  52.56 
 
 		 80 aa  88.6  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  52.63 
 
 		 82 aa  87  7e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  54.93 
 
 		 92 aa  86.7  9e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  49.35 
 
 		 82 aa  86.3  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  48.65 
 
 		 83 aa  86.3  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  48.75 
 
 		 79 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  48.75 
 
 		 79 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2184  RNA-binding protein Hfq  48.75 
 
 		 79 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  48.75 
 
 		 79 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  48.75 
 
 		 79 aa  85.5  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  55.84 
 
 		 80 aa  85.9  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  48.75 
 
 		 79 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  48.75 
 
 		 79 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 83 aa  84.7  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 79 aa  84  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 79 aa  84  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 79 aa  84  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 79 aa  84  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 79 aa  84  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  50.65 
 
 		 90 aa  83.6  8e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2863  RNA chaperone Hfq  47.5 
 
 		 80 aa  82.8  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  46.25 
 
 		 80 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  46.25 
 
 		 80 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  50.68 
 
 		 85 aa  82.8  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  50.72 
 
 		 86 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  46.67 
 
 		 86 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3385  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 78 aa  82  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  46.67 
 
 		 86 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  45.45 
 
 		 86 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  50.72 
 
 		 86 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  50.72 
 
 		 86 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  50.72 
 
 		 86 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5014  RNA chaperone Hfq  47.5 
 
 		 83 aa  82  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0484733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2192  RNA chaperone Hfq  47.56 
 
 		 81 aa  81.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  44.74 
 
 		 82 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1533  RNA-binding protein Hfq  52.17 
 
 		 80 aa  82  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0326548 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1086  host factor Hfq  55.07 
 
 		 89 aa  81.6  0.000000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.374835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  44.74 
 
 		 82 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1095  RNA chaperone Hfq  47.5 
 
 		 83 aa  81.6  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1175  RNA chaperone Hfq  47.5 
 
 		 83 aa  81.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.843427  normal  0.622907 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  45.57 
 
 		 78 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 80 aa  81.6  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  45.45 
 
 		 87 aa  81.3  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  45.33 
 
 		 84 aa  81.3  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  49.32 
 
 		 90 aa  80.9  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  46.25 
 
 		 78 aa  80.9  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  50.68 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  51.39 
 
 		 86 aa  80.9  0.000000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  50.68 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  46.15 
 
 		 86 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  45.57 
 
 		 78 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  45.57 
 
 		 78 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  52.17 
 
 		 82 aa  80.1  0.000000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>