255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2867 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  100 
 
 
82 aa  173  6e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  98.78 
 
 
82 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  97.56 
 
 
82 aa  170  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  97.56 
 
 
82 aa  170  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  96.34 
 
 
82 aa  168  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  96.3 
 
 
82 aa  166  9e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  96.3 
 
 
82 aa  166  9e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  86.59 
 
 
83 aa  154  3e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  86.25 
 
 
84 aa  153  9e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  86.25 
 
 
84 aa  153  9e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  85.19 
 
 
84 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  85.19 
 
 
84 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  85.19 
 
 
84 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  86.08 
 
 
106 aa  150  5.9999999999999996e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  85 
 
 
84 aa  149  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  85 
 
 
83 aa  148  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  77.22 
 
 
82 aa  139  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  81.25 
 
 
79 aa  138  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  76.32 
 
 
175 aa  136  8.999999999999999e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  78.75 
 
 
82 aa  135  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  79.75 
 
 
77 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  79.75 
 
 
77 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  73.75 
 
 
83 aa  135  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  83.78 
 
 
90 aa  135  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  79.75 
 
 
77 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  79.75 
 
 
77 aa  134  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  78.21 
 
 
82 aa  134  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  78.95 
 
 
80 aa  131  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  75 
 
 
77 aa  132  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  78.95 
 
 
80 aa  131  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  75.95 
 
 
92 aa  131  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  78.95 
 
 
109 aa  130  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  77.63 
 
 
80 aa  130  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  73.33 
 
 
98 aa  129  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  77.63 
 
 
78 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  77.63 
 
 
78 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  77.63 
 
 
78 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  72.6 
 
 
160 aa  120  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  75.34 
 
 
79 aa  120  8e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  67.07 
 
 
193 aa  116  7.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  67.47 
 
 
196 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  56.16 
 
 
83 aa  92.4  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  61.97 
 
 
80 aa  92.4  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  60.56 
 
 
80 aa  90.9  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  54.17 
 
 
84 aa  90.5  7e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  53.33 
 
 
85 aa  90.1  8e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  59.09 
 
 
84 aa  88.2  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  54.05 
 
 
82 aa  88.2  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  51.28 
 
 
90 aa  87.4  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  50.63 
 
 
86 aa  86.7  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  56.72 
 
 
82 aa  86.3  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  59.38 
 
 
80 aa  84.7  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  57.81 
 
 
83 aa  84  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 
86 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  48.78 
 
 
86 aa  82.8  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  46.99 
 
 
86 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  46.99 
 
 
86 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  52.11 
 
 
76 aa  82.8  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  50 
 
 
83 aa  82.4  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  46.99 
 
 
86 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  50.67 
 
 
82 aa  82  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  47.22 
 
 
85 aa  82  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  53.62 
 
 
90 aa  82  0.000000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2302  host factor Hfq  50.62 
 
 
82 aa  82  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232756  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  48.81 
 
 
89 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  53.62 
 
 
80 aa  82  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  55.07 
 
 
88 aa  81.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  46.99 
 
 
86 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  55.07 
 
 
88 aa  81.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 
101 aa  81.3  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  50.63 
 
 
82 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 
101 aa  81.3  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  50.63 
 
 
82 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 
101 aa  81.3  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  48 
 
 
84 aa  81.3  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.9  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  54.05 
 
 
80 aa  81.3  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  50 
 
 
94 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  52.24 
 
 
102 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 
78 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  49.4 
 
 
85 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 
78 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 
78 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 
79 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  50.68 
 
 
82 aa  80.5  0.000000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 
79 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
102 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 
79 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  52.24 
 
 
99 aa  80.5  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 
79 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  47.44 
 
 
79 aa  80.5  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>