256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmar10_1448 on replicon NC_008347
Organism: Maricaulis maris MCS10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  100 
 
 		 90 aa  186  8e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  82.93 
 
 		 82 aa  144  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  80.77 
 
 		 82 aa  139  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  80.77 
 
 		 82 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  80.77 
 
 		 82 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  80.77 
 
 		 82 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  80.77 
 
 		 82 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  80.77 
 
 		 82 aa  137  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  80.77 
 
 		 82 aa  137  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  77.11 
 
 		 83 aa  137  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  76.19 
 
 		 84 aa  137  7e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  76.19 
 
 		 84 aa  137  7e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  76.19 
 
 		 84 aa  137  7e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  74.71 
 
 		 106 aa  135  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  73.56 
 
 		 84 aa  135  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  73.56 
 
 		 84 aa  135  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  67.42 
 
 		 175 aa  134  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  82.67 
 
 		 84 aa  134  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  78.67 
 
 		 79 aa  134  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  75 
 
 		 83 aa  133  7.000000000000001e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  77.5 
 
 		 82 aa  132  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  77.33 
 
 		 77 aa  132  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  80.56 
 
 		 92 aa  132  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  72.29 
 
 		 83 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  80.56 
 
 		 77 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  80.56 
 
 		 77 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  80.56 
 
 		 77 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  80.56 
 
 		 77 aa  130  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  72.5 
 
 		 82 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  73.42 
 
 		 160 aa  128  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  62.22 
 
 		 98 aa  127  6e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  75 
 
 		 78 aa  125  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  75 
 
 		 78 aa  125  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  75 
 
 		 78 aa  125  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  73.68 
 
 		 80 aa  124  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  73.68 
 
 		 80 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  73.68 
 
 		 80 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  73.68 
 
 		 109 aa  123  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 		 196 aa  116  7.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  66.23 
 
 		 79 aa  116  9.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  60.47 
 
 		 193 aa  114  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  56.41 
 
 		 84 aa  97.4  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  48.84 
 
 		 87 aa  95.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  46.51 
 
 		 87 aa  92.8  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  52.38 
 
 		 87 aa  93.2  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  58.67 
 
 		 80 aa  93.2  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  58.67 
 
 		 80 aa  92.8  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  51.9 
 
 		 85 aa  92  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  51.85 
 
 		 82 aa  91.7  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  56.58 
 
 		 82 aa  91.7  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  51.81 
 
 		 83 aa  90.9  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  50.56 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 102 aa  89.4  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  47.5 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  50.67 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  48.24 
 
 		 92 aa  89  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  47.5 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3919  RNA-binding protein Hfq  47.06 
 
 		 99 aa  89.4  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0446304  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  50.63 
 
 		 81 aa  89  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  50.67 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  50.63 
 
 		 85 aa  89  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  50.67 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  50.67 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  47.5 
 
 		 103 aa  88.6  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  50.62 
 
 		 86 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0535  RNA-binding protein Hfq  48.72 
 
 		 99 aa  88.6  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000282638  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  50.67 
 
 		 99 aa  88.2  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  57.35 
 
 		 101 aa  88.6  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0492  RNA-binding protein Hfq  48.72 
 
 		 99 aa  88.6  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00316881  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  57.35 
 
 		 101 aa  88.6  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  57.35 
 
 		 101 aa  88.6  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2184  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  57.97 
 
 		 86 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  57.97 
 
 		 86 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 		 80 aa  87.8  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  55.88 
 
 		 102 aa  88.2  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  51.95 
 
 		 78 aa  88.2  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 		 80 aa  87.8  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  52.56 
 
 		 79 aa  88.2  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  57.97 
 
 		 86 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4779  RNA-binding protein Hfq  49.33 
 
 		 102 aa  87.8  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00124447  normal  0.127412 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  54.43 
 
 		 80 aa  87.4  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  48.78 
 
 		 83 aa  87.4  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  48.65 
 
 		 86 aa  87  7e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>