253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1762 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 175 aa  363  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  81.93 
 
 		 98 aa  147  9e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  77.5 
 
 		 83 aa  142  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  70.83 
 
 		 106 aa  142  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  76.32 
 
 		 82 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  77.33 
 
 		 82 aa  136  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  77.33 
 
 		 82 aa  135  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  77.33 
 
 		 82 aa  135  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  77.33 
 
 		 82 aa  135  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  74.39 
 
 		 84 aa  135  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  74.39 
 
 		 84 aa  135  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  77.33 
 
 		 82 aa  135  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  77.33 
 
 		 82 aa  135  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  73.81 
 
 		 84 aa  134  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  73.81 
 
 		 84 aa  134  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  77.33 
 
 		 83 aa  134  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  73.81 
 
 		 84 aa  134  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  78.08 
 
 		 82 aa  132  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  69.88 
 
 		 83 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  71.08 
 
 		 84 aa  129  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  79.17 
 
 		 77 aa  128  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  73.33 
 
 		 82 aa  128  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  75.68 
 
 		 90 aa  127  8.000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  73.17 
 
 		 92 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  79.71 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  79.71 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  79.71 
 
 		 77 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  73.33 
 
 		 82 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  65.52 
 
 		 109 aa  124  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  78.26 
 
 		 79 aa  124  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  79.71 
 
 		 77 aa  124  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  69.74 
 
 		 80 aa  124  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  69.74 
 
 		 80 aa  124  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  69.74 
 
 		 80 aa  122  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  67.11 
 
 		 78 aa  121  6e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  67.11 
 
 		 78 aa  121  6e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  67.11 
 
 		 78 aa  121  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  69.74 
 
 		 160 aa  120  9e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  73.61 
 
 		 196 aa  118  4.9999999999999996e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  72.46 
 
 		 193 aa  117  7.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  64.94 
 
 		 79 aa  114  5e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  50.62 
 
 		 84 aa  94.7  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  56.41 
 
 		 80 aa  94  9e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  56.41 
 
 		 80 aa  94  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  55.56 
 
 		 83 aa  90.9  8e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  63.77 
 
 		 85 aa  89.4  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  59.72 
 
 		 82 aa  89  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  47.62 
 
 		 86 aa  86.7  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 84 aa  87.4  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  46.32 
 
 		 90 aa  85.1  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1493  host factor Hfq  47 
 
 		 183 aa  84.7  6e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  57.81 
 
 		 83 aa  84.3  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  53.85 
 
 		 86 aa  84.3  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  53.85 
 
 		 86 aa  84.3  8e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  56.25 
 
 		 80 aa  84.3  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0921  RNA-binding protein Hfq  47 
 
 		 183 aa  84.3  9e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2863  RNA chaperone Hfq  56.41 
 
 		 80 aa  84  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1991  RNA-binding protein Hfq  47.42 
 
 		 96 aa  84  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.423806  normal  0.0165954 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  54.41 
 
 		 74 aa  83.6  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  48.81 
 
 		 84 aa  83.6  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  52.24 
 
 		 85 aa  83.2  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  52.63 
 
 		 86 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  52 
 
 		 82 aa  82.8  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  52.63 
 
 		 86 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  52.11 
 
 		 86 aa  83.2  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1877  RNA-binding protein Hfq  50.62 
 
 		 89 aa  83.2  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.542624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 89 aa  82.4  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  46.43 
 
 		 87 aa  82.4  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  53.73 
 
 		 92 aa  82  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  51.95 
 
 		 86 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  53.73 
 
 		 80 aa  82  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  52.63 
 
 		 86 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  46.99 
 
 		 94 aa  82  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  48.42 
 
 		 91 aa  81.6  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 86 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  51.32 
 
 		 86 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  49.4 
 
 		 93 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  46.43 
 
 		 87 aa  81.3  0.000000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  55.07 
 
 		 90 aa  81.3  0.000000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 74 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  48.65 
 
 		 86 aa  81.3  0.000000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  42.11 
 
 		 99 aa  80.9  0.000000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  47.06 
 
 		 102 aa  80.9  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  58.73 
 
 		 201 aa  80.9  0.000000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  50.72 
 
 		 82 aa  80.9  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  53.62 
 
 		 80 aa  80.5  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  53.73 
 
 		 102 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>