253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_2729 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 83 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  68.67 
 
 		 84 aa  128  3e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  74.67 
 
 		 80 aa  123  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  65.85 
 
 		 82 aa  122  2e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  76.06 
 
 		 80 aa  120  5e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  63.41 
 
 		 85 aa  120  5e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  72.73 
 
 		 83 aa  120  5e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  61.45 
 
 		 86 aa  120  6e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  67.95 
 
 		 80 aa  116  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  63.86 
 
 		 86 aa  115  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  60.49 
 
 		 82 aa  112  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  70 
 
 		 80 aa  107  7.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  70 
 
 		 80 aa  106  8.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  67.65 
 
 		 74 aa  105  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  64.29 
 
 		 74 aa  104  5e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  62.67 
 
 		 76 aa  102  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  61.11 
 
 		 92 aa  100  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  61.43 
 
 		 75 aa  99.8  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 84 aa  98.6  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  58.82 
 
 		 74 aa  95.5  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  53.95 
 
 		 84 aa  94  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  53.95 
 
 		 84 aa  94  6e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  53.95 
 
 		 84 aa  94  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  58.57 
 
 		 82 aa  93.6  8e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  60.61 
 
 		 77 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  60.61 
 
 		 77 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  60.61 
 
 		 77 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  53.95 
 
 		 84 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 		 79 aa  93.2  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  53.95 
 
 		 84 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  54.79 
 
 		 83 aa  92  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  56.16 
 
 		 82 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  56.16 
 
 		 82 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  60.61 
 
 		 77 aa  92.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  53.95 
 
 		 83 aa  92  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  59.09 
 
 		 92 aa  92  3e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  53.95 
 
 		 106 aa  92  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  54.05 
 
 		 82 aa  91.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  54.67 
 
 		 82 aa  91.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  55.56 
 
 		 175 aa  90.9  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  51.85 
 
 		 82 aa  91.3  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 		 82 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 		 82 aa  90.9  5e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 		 82 aa  90.9  6e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 		 82 aa  90.9  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  59.09 
 
 		 77 aa  90.5  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  51.9 
 
 		 98 aa  89.7  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  48.05 
 
 		 160 aa  89.4  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  60.29 
 
 		 84 aa  89.4  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  59.09 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  50.67 
 
 		 83 aa  88.6  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  56.16 
 
 		 88 aa  87.4  6e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 78 aa  86.7  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  48.65 
 
 		 109 aa  86.3  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  48.65 
 
 		 80 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 78 aa  86.7  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  48.65 
 
 		 80 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  50 
 
 		 78 aa  86.7  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  52.63 
 
 		 193 aa  85.9  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  52.11 
 
 		 86 aa  85.9  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  52.63 
 
 		 82 aa  84.7  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  48.65 
 
 		 80 aa  85.1  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 78 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  51.32 
 
 		 84 aa  82.8  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  47.37 
 
 		 90 aa  82.4  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  54.17 
 
 		 86 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  52.78 
 
 		 86 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  53.03 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  53.03 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  52.78 
 
 		 86 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  51.35 
 
 		 80 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  58.46 
 
 		 78 aa  81.3  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  52.78 
 
 		 86 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  52.05 
 
 		 79 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  56.16 
 
 		 94 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  52.05 
 
 		 79 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  52.05 
 
 		 79 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  51.35 
 
 		 80 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  52.05 
 
 		 79 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  52.05 
 
 		 79 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  52.78 
 
 		 86 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  51.32 
 
 		 85 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  54.17 
 
 		 78 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  55.13 
 
 		 88 aa  80.9  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  54.17 
 
 		 78 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  55.13 
 
 		 88 aa  80.9  0.000000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 82 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 79 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 79 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  50.68 
 
 		 79 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>