245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1884 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 88 aa  179  8.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 88 aa  179  8.000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2667  RNA-binding protein Hfq  72.29 
 
 		 86 aa  126  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5014  RNA chaperone Hfq  72.15 
 
 		 83 aa  126  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0484733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2863  RNA chaperone Hfq  76.62 
 
 		 80 aa  125  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  74.07 
 
 		 82 aa  124  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  75 
 
 		 90 aa  124  4.0000000000000003e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1877  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 89 aa  124  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.542624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1991  RNA-binding protein Hfq  76.92 
 
 		 96 aa  124  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.423806  normal  0.0165954 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 89 aa  123  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  71.6 
 
 		 83 aa  123  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  75.64 
 
 		 80 aa  122  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  72.29 
 
 		 89 aa  122  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  75.64 
 
 		 80 aa  122  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1095  RNA chaperone Hfq  72.15 
 
 		 83 aa  121  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  122  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1468  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  122  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.859104  normal  0.368277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  72.5 
 
 		 86 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  74.07 
 
 		 86 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6272  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298535  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1175  RNA chaperone Hfq  72.15 
 
 		 83 aa  121  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.843427  normal  0.622907 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  72.5 
 
 		 86 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1220  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00041911  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2184  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  72.5 
 
 		 86 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1589  RNA-binding protein Hfq  69.51 
 
 		 81 aa  121  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000194767 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  69.14 
 
 		 83 aa  121  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1429  RNA chaperone Hfq  74.36 
 
 		 83 aa  121  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.180806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  76.62 
 
 		 79 aa  121  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2192  RNA chaperone Hfq  70.51 
 
 		 81 aa  121  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  75 
 
 		 81 aa  120  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1156  RNA-binding protein Hfq  78.08 
 
 		 79 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1064  RNA-binding protein Hfq  78.08 
 
 		 79 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  77.03 
 
 		 90 aa  120  8e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2302  host factor Hfq  74.32 
 
 		 82 aa  120  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232756  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2081  RNA-binding protein Hfq  76.32 
 
 		 79 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0916086  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  75.71 
 
 		 81 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2101  RNA-binding protein Hfq  74.32 
 
 		 79 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0726249  normal  0.0347469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07540  RNA-binding protein Hfq  76.32 
 
 		 84 aa  119  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  73.68 
 
 		 77 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  78.26 
 
 		 82 aa  118  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  80.88 
 
 		 92 aa  118  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0897  RNA chaperone Hfq  75 
 
 		 80 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.301883  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1415  RNA-binding protein Hfq  75 
 
 		 78 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152957 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  80.88 
 
 		 92 aa  118  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  79.71 
 
 		 86 aa  118  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2536  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 78 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.011646  hitchhiker  0.0000364006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1599  RNA-binding protein Hfq  77.03 
 
 		 78 aa  118  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00956933  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  80.88 
 
 		 78 aa  117  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  79.41 
 
 		 91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5673  RNA-binding protein Hfq  79.71 
 
 		 82 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65310  RNA-binding protein Hfq  79.71 
 
 		 82 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0325  host factor-I protein  72.15 
 
 		 83 aa  117  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  71.43 
 
 		 80 aa  117  6e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0075  RNA chaperone Hfq  69.23 
 
 		 84 aa  117  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  70.89 
 
 		 102 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0523  RNA-binding protein Hfq  69.88 
 
 		 86 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0178415  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  116  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  70.13 
 
 		 80 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3385  RNA-binding protein Hfq  78.79 
 
 		 78 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4639  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.139289  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  70.89 
 
 		 102 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  69.14 
 
 		 83 aa  114  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  71.08 
 
 		 85 aa  115  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  81.82 
 
 		 101 aa  114  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  81.82 
 
 		 101 aa  114  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  81.82 
 
 		 101 aa  114  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4779  RNA-binding protein Hfq  69.62 
 
 		 102 aa  114  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00124447  normal  0.127412 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0496  RNA chaperone Hfq  76.47 
 
 		 84 aa  114  6e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0593828  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  68.75 
 
 		 86 aa  114  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  68.75 
 
 		 86 aa  114  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  68.75 
 
 		 103 aa  114  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  80.3 
 
 		 102 aa  113  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  77.94 
 
 		 89 aa  113  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3919  RNA-binding protein Hfq  80.3 
 
 		 99 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0446304  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  80.3 
 
 		 99 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1493  host factor Hfq  76.12 
 
 		 183 aa  113  8.999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  82.81 
 
 		 92 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  82.81 
 
 		 94 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0921  RNA-binding protein Hfq  76.12 
 
 		 183 aa  113  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0492  RNA-binding protein Hfq  80.3 
 
 		 99 aa  112  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00316881  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  82.81 
 
 		 92 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3025  host factor-I protein  82.81 
 
 		 91 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0026686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  77.27 
 
 		 87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>