254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1931 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  100 
 
 
193 aa  399  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  66.25 
 
 
160 aa  218  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  60.22 
 
 
196 aa  214  8e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  68.67 
 
 
84 aa  123  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  68.67 
 
 
84 aa  123  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  79.41 
 
 
83 aa  122  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  79.41 
 
 
84 aa  122  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  79.41 
 
 
84 aa  122  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  79.41 
 
 
84 aa  122  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  76.06 
 
 
77 aa  121  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  66.27 
 
 
106 aa  121  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  66.67 
 
 
92 aa  120  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  77.61 
 
 
79 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  77.61 
 
 
77 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  77.61 
 
 
77 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  77.61 
 
 
77 aa  119  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  71.05 
 
 
77 aa  119  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  70.51 
 
 
83 aa  118  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  72.46 
 
 
175 aa  117  9e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  67.9 
 
 
83 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  69.23 
 
 
82 aa  117  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  77.61 
 
 
82 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  67.07 
 
 
82 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  77.61 
 
 
82 aa  115  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  77.61 
 
 
82 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  77.61 
 
 
82 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  81.25 
 
 
82 aa  115  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  81.25 
 
 
82 aa  115  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  76.47 
 
 
82 aa  115  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  82.26 
 
 
84 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  77.42 
 
 
98 aa  113  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  72.22 
 
 
90 aa  112  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  69.14 
 
 
109 aa  110  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  75.38 
 
 
80 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  75.38 
 
 
80 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  72.46 
 
 
80 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  75.38 
 
 
78 aa  107  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  75.38 
 
 
78 aa  107  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  75.38 
 
 
78 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  73.85 
 
 
82 aa  106  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  64.1 
 
 
79 aa  102  4e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  55.56 
 
 
82 aa  91.3  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  61.9 
 
 
80 aa  87.8  8e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  61.9 
 
 
80 aa  87.8  9e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3540  RNA chaperone Hfq  49.41 
 
 
92 aa  87.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.132549  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  61.67 
 
 
84 aa  86.3  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  60.56 
 
 
83 aa  86.7  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  48.68 
 
 
82 aa  86.3  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  50.65 
 
 
85 aa  86.7  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  49.33 
 
 
84 aa  86.3  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  52.63 
 
 
83 aa  85.9  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1589  RNA-binding protein Hfq  54.43 
 
 
81 aa  85.9  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000194767 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  53.95 
 
 
89 aa  85.1  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0566  RNA chaperone Hfq  50.59 
 
 
92 aa  85.1  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0286817  normal  0.207792 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3311  RNA chaperone Hfq  52.44 
 
 
85 aa  84.7  7e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.486536  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  50.59 
 
 
89 aa  84.7  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0325  host factor-I protein  56.34 
 
 
83 aa  84  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0603  host factor-I protein  53.95 
 
 
90 aa  84  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  57.14 
 
 
82 aa  84  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  52.63 
 
 
94 aa  84  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1559  RNA chaperone Hfq  50 
 
 
88 aa  84  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192347  unclonable  0.0000000000337191 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  47.37 
 
 
86 aa  84.3  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  51.85 
 
 
101 aa  84  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1884  RNA chaperone Hfq  50 
 
 
88 aa  84  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0598  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 
90 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00147514  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3432  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 
90 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.528645  normal  0.0945438 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  51.85 
 
 
101 aa  84  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0597  RNA-binding protein Hfq  53.95 
 
 
90 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.448781  hitchhiker  0.00000118044 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1471  RNA-binding protein Hfq  54.29 
 
 
91 aa  83.6  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  51.85 
 
 
101 aa  84  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  51.9 
 
 
90 aa  83.2  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  53.52 
 
 
92 aa  83.2  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 
89 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1277  host factor Hfq  58.82 
 
 
83 aa  83.2  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.94018  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  53.52 
 
 
92 aa  83.2  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  55.22 
 
 
83 aa  83.2  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3767  RNA chaperone Hfq  52.63 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00011566  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3893  RNA chaperone Hfq  52.63 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0570071  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3710  RNA chaperone Hfq  52.63 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.42469  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  52 
 
 
80 aa  82.4  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0558  RNA chaperone Hfq  52.63 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00283933  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2777  RNA-binding protein Hfq  49.4 
 
 
88 aa  82.4  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3280  RNA chaperone Hfq  52.63 
 
 
90 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00627762  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1493  host factor Hfq  60.32 
 
 
183 aa  82.4  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3025  host factor-I protein  54.05 
 
 
91 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0026686  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2769  RNA chaperone Hfq  51.28 
 
 
83 aa  82  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.731681  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0921  RNA-binding protein Hfq  60.32 
 
 
183 aa  82  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  51.95 
 
 
102 aa  82  0.000000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  60.32 
 
 
201 aa  82  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  55.07 
 
 
102 aa  81.6  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  55.07 
 
 
87 aa  81.6  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  55.07 
 
 
102 aa  81.6  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5014  RNA chaperone Hfq  48.1 
 
 
83 aa  81.6  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0484733  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  60 
 
 
80 aa  81.6  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  55.07 
 
 
102 aa  81.6  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0797  RNA chaperone Hfq  55.71 
 
 
93 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.733569  hitchhiker  0.00597566 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  55.07 
 
 
102 aa  81.6  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  55.07 
 
 
102 aa  81.6  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  56.52 
 
 
77 aa  81.6  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1877  RNA-binding protein Hfq  50.62 
 
 
89 aa  81.6  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.542624  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>