211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4188 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 298 aa  589  1e-167  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2366  transcriptional regulator, XRE family  73.63 
 
 		 279 aa  411  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0700  transcriptional regulator, XRE family  73.26 
 
 		 279 aa  404  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1333  transcriptional regulator, XRE family  72.89 
 
 		 279 aa  397  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2575  helix-turn-helix domain protein  71.17 
 
 		 280 aa  386  1e-106  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4173  transcriptional regulator, XRE family  71.43 
 
 		 280 aa  373  1e-102  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4040  helix-turn-helix domain protein  72.99 
 
 		 300 aa  370  1e-101  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4458  transcriptional regulator, XRE family  60.52 
 
 		 272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3112  helix-turn-helix domain protein  55.84 
 
 		 279 aa  290  1e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000518579 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1062  XRE family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 289 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  56.93 
 
 		 286 aa  273  2.0000000000000002e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3573  helix-turn-helix domain-containing protein  56.99 
 
 		 281 aa  261  6.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.75785 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4999  transcriptional regulator, XRE family  52.96 
 
 		 301 aa  258  7e-68  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.662496 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3785  helix-turn-helix domain-containing protein  48.2 
 
 		 285 aa  228  9e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.48754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  50.78 
 
 		 280 aa  228  1e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1305  XRE family transcriptional regulator  48.9 
 
 		 287 aa  228  1e-58  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4244  helix-turn-helix domain protein  49.26 
 
 		 287 aa  224  9e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  45.49 
 
 		 287 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  42.55 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1995  helix-turn-helix domain protein  43.8 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2374  helix-turn-helix domain-containing protein  44.36 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.171601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  37.41 
 
 		 278 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  40.52 
 
 		 285 aa  160  3e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  39.11 
 
 		 281 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  39.05 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4588  XRE family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 286 aa  149  4e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000221272 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  36.56 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  37.36 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2377  transcriptional regulator, XRE family  38.49 
 
 		 283 aa  142  6e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000201287  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  36.09 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  36.16 
 
 		 280 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  39.42 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4035  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 326 aa  135  8e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808008  normal  0.21338 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  37 
 
 		 318 aa  135  9e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  34.83 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6085  transcriptional regulator, XRE family  38.97 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.126069 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  39.36 
 
 		 298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  37.36 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  36.63 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 282 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  36.14 
 
 		 294 aa  129  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  36.53 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 284 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  36.62 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  37.78 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  35.48 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  36.8 
 
 		 282 aa  125  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  37.32 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  36.26 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  37.28 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  36.1 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 314 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  33.94 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  35.37 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  34.67 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 279 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0411  helix-turn-helix domain protein  35.29 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  35.04 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  34.32 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04290  Helix-turn-helix protein  32.8 
 
 		 334 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  34.4 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12000  Helix-turn-helix protein  36.52 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  36.36 
 
 		 285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  33.21 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  29.26 
 
 		 276 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  36.33 
 
 		 291 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  34.51 
 
 		 299 aa  115  8.999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  36.07 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4541  helix-turn-helix domain-containing protein  36.02 
 
 		 307 aa  113  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  33.08 
 
 		 277 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  35.5 
 
 		 277 aa  112  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 289 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  35.44 
 
 		 284 aa  112  6e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  34.57 
 
 		 276 aa  112  7.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  32.12 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20310  hypothetical protein  36.63 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.643001  normal  0.104737 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2188  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 281 aa  111  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371471  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2622  XRE family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2666  helix-turn-helix domain-containing protein  34.75 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.372203  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  32.48 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>