212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_4173 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012669  Bcav_4173  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
280 aa  567  1e-161  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0700  transcriptional regulator, XRE family  76.28 
 
 
279 aa  426  1e-118  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2366  transcriptional regulator, XRE family  73.82 
 
 
279 aa  410  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1333  transcriptional regulator, XRE family  74.45 
 
 
279 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  71.43 
 
 
298 aa  394  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2575  helix-turn-helix domain protein  72.04 
 
 
280 aa  389  1e-107  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4040  helix-turn-helix domain protein  73.26 
 
 
300 aa  363  1e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4458  transcriptional regulator, XRE family  59.49 
 
 
272 aa  314  9.999999999999999e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3112  helix-turn-helix domain protein  54.71 
 
 
279 aa  291  8e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000518579 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1062  XRE family transcriptional regulator  56.12 
 
 
289 aa  287  1e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  53.05 
 
 
286 aa  280  2e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4999  transcriptional regulator, XRE family  53.7 
 
 
301 aa  275  5e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.662496 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3573  helix-turn-helix domain-containing protein  55.84 
 
 
281 aa  258  7e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.75785 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  50.73 
 
 
280 aa  247  1e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  46.55 
 
 
287 aa  234  9e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1305  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 
287 aa  231  1e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3785  helix-turn-helix domain-containing protein  46.52 
 
 
285 aa  228  8e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.48754  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  41.61 
 
 
292 aa  214  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1995  helix-turn-helix domain protein  43.8 
 
 
289 aa  209  3e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4244  helix-turn-helix domain protein  43.8 
 
 
287 aa  205  9e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2374  helix-turn-helix domain-containing protein  44.49 
 
 
301 aa  203  3e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.171601  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  41.73 
 
 
281 aa  180  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 
278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  37.68 
 
 
278 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  35.84 
 
 
285 aa  150  3e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  38.91 
 
 
310 aa  148  8e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  38.64 
 
 
294 aa  145  9e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 
290 aa  144  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  33.22 
 
 
317 aa  142  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  36.55 
 
 
275 aa  142  8e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4588  XRE family transcriptional regulator  37.32 
 
 
286 aa  142  9e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000221272 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  38.49 
 
 
299 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4035  transcriptional regulator, XRE family  37.55 
 
 
326 aa  139  3.9999999999999997e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808008  normal  0.21338 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 
278 aa  139  6e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  36.4 
 
 
318 aa  137  2e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  36.15 
 
 
293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2377  transcriptional regulator, XRE family  35.56 
 
 
283 aa  135  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000201287  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  36.5 
 
 
292 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  33.81 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  33.09 
 
 
302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  36.65 
 
 
288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  36.65 
 
 
288 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  34.52 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  35.13 
 
 
314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  34.91 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 
285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  34.91 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  36.3 
 
 
289 aa  130  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  33.57 
 
 
291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4541  helix-turn-helix domain-containing protein  35.98 
 
 
307 aa  128  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  35.92 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  36.3 
 
 
311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  34.27 
 
 
293 aa  125  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  34.53 
 
 
303 aa  125  9e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 
303 aa  124  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  36.01 
 
 
305 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  33.69 
 
 
287 aa  123  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  34.35 
 
 
299 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  35.74 
 
 
275 aa  122  5e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  33.68 
 
 
313 aa  122  5e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  33.93 
 
 
293 aa  122  6e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04290  Helix-turn-helix protein  33.8 
 
 
334 aa  122  6e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  36.3 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  33.11 
 
 
307 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  33.83 
 
 
277 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 
297 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  33.09 
 
 
277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  32.39 
 
 
290 aa  118  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  32.86 
 
 
302 aa  118  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  33.58 
 
 
280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  33.57 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 
312 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  37.14 
 
 
277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6085  transcriptional regulator, XRE family  34.44 
 
 
291 aa  116  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.126069 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1700  helix-turn-helix domain protein  36.33 
 
 
268 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.399297 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  34.55 
 
 
284 aa  115  8.999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  32.66 
 
 
292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  33.21 
 
 
280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4361  transcriptional regulator, XRE family  32.96 
 
 
265 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  34.28 
 
 
286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2188  transcriptional regulator, XRE family  33.22 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371471  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  33.07 
 
 
284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0411  helix-turn-helix domain protein  34.28 
 
 
303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  34.04 
 
 
309 aa  113  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3498  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 
293 aa  112  8.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  28.41 
 
 
276 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  33.1 
 
 
304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  32.68 
 
 
279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  33.21 
 
 
285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12000  Helix-turn-helix protein  33.33 
 
 
303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  33.82 
 
 
284 aa  108  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  30.55 
 
 
278 aa  108  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2109  transcriptional regulator, XRE family  32.13 
 
 
299 aa  108  1e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000611283 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  32.64 
 
 
297 aa  107  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  30.04 
 
 
303 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>