212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4040 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4040  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 300 aa  604  9.999999999999999e-173  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2366  transcriptional regulator, XRE family  71.84 
 
 		 279 aa  411  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  72.99 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1333  transcriptional regulator, XRE family  73.38 
 
 		 279 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0700  transcriptional regulator, XRE family  72.2 
 
 		 279 aa  405  1.0000000000000001e-112  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2575  helix-turn-helix domain protein  72.1 
 
 		 280 aa  393  1e-108  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4173  transcriptional regulator, XRE family  73.26 
 
 		 280 aa  380  1e-104  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4458  transcriptional regulator, XRE family  60.44 
 
 		 272 aa  307  2.0000000000000002e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3112  helix-turn-helix domain protein  57.51 
 
 		 279 aa  301  1e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000518579 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  57.97 
 
 		 286 aa  295  6e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1062  XRE family transcriptional regulator  56.13 
 
 		 289 aa  272  4.0000000000000004e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4999  transcriptional regulator, XRE family  54.07 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.662496 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3573  helix-turn-helix domain-containing protein  55.56 
 
 		 281 aa  264  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.75785 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  52.16 
 
 		 280 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  47.67 
 
 		 287 aa  242  6e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3785  helix-turn-helix domain-containing protein  48.56 
 
 		 285 aa  240  2e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.48754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1305  XRE family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 287 aa  236  4e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4244  helix-turn-helix domain protein  46.4 
 
 		 287 aa  226  3e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2374  helix-turn-helix domain-containing protein  47.14 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.171601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  41.05 
 
 		 292 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1995  helix-turn-helix domain protein  44.57 
 
 		 289 aa  209  4e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  41.88 
 
 		 278 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 278 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  39.64 
 
 		 281 aa  169  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  39.05 
 
 		 285 aa  159  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  37.28 
 
 		 278 aa  148  9e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4588  XRE family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000221272 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  39.52 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 282 aa  142  6e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2377  transcriptional regulator, XRE family  36.4 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000201287  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  37.28 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  37.28 
 
 		 289 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4035  transcriptional regulator, XRE family  34.66 
 
 		 326 aa  134  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808008  normal  0.21338 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  36.27 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6085  transcriptional regulator, XRE family  38.01 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.126069 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 285 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  37.08 
 
 		 282 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  36.65 
 
 		 275 aa  129  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  35.42 
 
 		 291 aa  129  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  33.94 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  35.79 
 
 		 310 aa  127  3e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  34.7 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  33.67 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  36.15 
 
 		 277 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  36.65 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  33.58 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  32.5 
 
 		 317 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  34.59 
 
 		 280 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  34.96 
 
 		 280 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 279 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  32.35 
 
 		 280 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  33.89 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 299 aa  115  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  35.4 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  33.57 
 
 		 318 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  35.25 
 
 		 284 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0716  hypothetical protein  35.32 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  36.98 
 
 		 277 aa  112  8.000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  32.75 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 285 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 278 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 342 aa  110  3e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  32.58 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  33.93 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  28.15 
 
 		 276 aa  109  7.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 285 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 285 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5666  putative transcriptional regulator, XRE family  31.05 
 
 		 273 aa  108  8.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  30.5 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 277 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  34.83 
 
 		 289 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  32.99 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  33.21 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 303 aa  107  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  31.34 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  31.52 
 
 		 293 aa  105  9e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  33.09 
 
 		 275 aa  105  9e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1766  helix-turn-helix domain protein  34.57 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  33.45 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 283 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  34.7 
 
 		 284 aa  103  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  32.46 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  33.7 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  31.9 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  32.06 
 
 		 290 aa  103  2e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  38.29 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3547  XRE family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19630  Helix-turn-helix protein  32.73 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.879989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>