213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2374 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2374  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 301 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.171601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  64.46 
 
 		 287 aa  358  5e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1305  XRE family transcriptional regulator  68.44 
 
 		 287 aa  345  4e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1995  helix-turn-helix domain protein  62.5 
 
 		 289 aa  308  8e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  49.47 
 
 		 280 aa  244  9e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3785  helix-turn-helix domain-containing protein  50.69 
 
 		 285 aa  236  3e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.48754  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3112  helix-turn-helix domain protein  49.1 
 
 		 279 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000518579 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0700  transcriptional regulator, XRE family  45.85 
 
 		 279 aa  232  5e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  50.54 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1333  transcriptional regulator, XRE family  45.13 
 
 		 279 aa  225  7e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4244  helix-turn-helix domain protein  47.89 
 
 		 287 aa  224  1e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2575  helix-turn-helix domain protein  46.52 
 
 		 280 aa  224  1e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2366  transcriptional regulator, XRE family  44.57 
 
 		 279 aa  219  3e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  44.36 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  45.04 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4458  transcriptional regulator, XRE family  46.57 
 
 		 272 aa  216  5e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4040  helix-turn-helix domain protein  47.14 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4173  transcriptional regulator, XRE family  44.49 
 
 		 280 aa  206  4e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1062  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3573  helix-turn-helix domain-containing protein  43.77 
 
 		 281 aa  187  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.75785 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  42.25 
 
 		 281 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  43.97 
 
 		 278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4999  transcriptional regulator, XRE family  41.3 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.662496 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  40.7 
 
 		 278 aa  155  9e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  39.5 
 
 		 278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4588  XRE family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 286 aa  153  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000221272 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  40.07 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  39.07 
 
 		 285 aa  146  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  37.62 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  39.79 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  39.43 
 
 		 287 aa  141  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  37.37 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  36.97 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 289 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  38.25 
 
 		 294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  39.17 
 
 		 280 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 282 aa  139  7e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  38.24 
 
 		 280 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  36.26 
 
 		 287 aa  138  8.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  37.91 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2377  transcriptional regulator, XRE family  37.73 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000201287  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  37.91 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2622  XRE family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  36.65 
 
 		 282 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2666  helix-turn-helix domain-containing protein  36.52 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.372203  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04290  Helix-turn-helix protein  37.19 
 
 		 334 aa  136  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  35.31 
 
 		 317 aa  134  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  37.02 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2651  XRE family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4035  transcriptional regulator, XRE family  38.91 
 
 		 326 aa  133  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808008  normal  0.21338 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  36.92 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  37.37 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  41.3 
 
 		 284 aa  132  7.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  35.25 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6085  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.126069 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  36.73 
 
 		 303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  38.27 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  36.71 
 
 		 307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  36.04 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  40.14 
 
 		 289 aa  129  7.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 		 307 aa  128  9.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 279 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  36.97 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19630  Helix-turn-helix protein  36.14 
 
 		 288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.879989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  37.55 
 
 		 277 aa  127  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0777  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 287 aa  125  9e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245899  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  37.6 
 
 		 277 aa  124  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  37.23 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  38.24 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2980  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 271 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.239716  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  35.4 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 288 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  39.21 
 
 		 288 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12000  Helix-turn-helix protein  38.18 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  35.46 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  28.51 
 
 		 276 aa  122  9.999999999999999e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  37.76 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 285 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0411  helix-turn-helix domain protein  35.54 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  35.02 
 
 		 276 aa  119  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  36.82 
 
 		 285 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  38.43 
 
 		 286 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  36.46 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>