214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3092 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 
287 aa  574  1.0000000000000001e-163  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  56.79 
 
 
292 aa  316  2e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  58.11 
 
 
313 aa  313  9.999999999999999e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3498  transcriptional regulator, XRE family  55.94 
 
 
293 aa  305  5.0000000000000004e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  55.71 
 
 
303 aa  305  8.000000000000001e-82  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  55.36 
 
 
296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  58.51 
 
 
305 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  55.52 
 
 
294 aa  296  3e-79  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  55.87 
 
 
298 aa  291  7e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  55.12 
 
 
297 aa  291  9e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  55.36 
 
 
290 aa  291  9e-78  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2666  helix-turn-helix domain-containing protein  54.06 
 
 
297 aa  288  9e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.372203  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2622  XRE family transcriptional regulator  54.06 
 
 
304 aa  287  2e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  52.67 
 
 
293 aa  286  2.9999999999999996e-76  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  53.82 
 
 
299 aa  286  4e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2651  XRE family transcriptional regulator  53.71 
 
 
297 aa  285  7e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  52.58 
 
 
293 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04290  Helix-turn-helix protein  51.93 
 
 
334 aa  278  1e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  50.86 
 
 
304 aa  276  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12000  Helix-turn-helix protein  55.97 
 
 
303 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20310  hypothetical protein  50 
 
 
297 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.643001  normal  0.104737 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4541  helix-turn-helix domain-containing protein  53.07 
 
 
307 aa  263  3e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2109  transcriptional regulator, XRE family  49.11 
 
 
299 aa  258  8e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000611283 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  48.23 
 
 
302 aa  257  2e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  48.11 
 
 
307 aa  248  7e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2718  helix-turn-helix domain protein  49.48 
 
 
308 aa  248  1e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.479107  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  46.34 
 
 
297 aa  236  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0777  transcriptional regulator, XRE family  48.56 
 
 
287 aa  232  6e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245899  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0411  helix-turn-helix domain protein  47.4 
 
 
303 aa  231  7.000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  46.1 
 
 
309 aa  224  1e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  46.83 
 
 
282 aa  222  4.9999999999999996e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  48.52 
 
 
282 aa  221  9e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  44.29 
 
 
292 aa  217  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  41.34 
 
 
302 aa  203  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  45.32 
 
 
284 aa  204  2e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  45.15 
 
 
293 aa  199  3e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  43.97 
 
 
303 aa  198  7.999999999999999e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3299  helix-turn-helix domain protein  46.24 
 
 
280 aa  198  9e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.043491  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 
285 aa  195  6e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  45.62 
 
 
275 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 
301 aa  193  3e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 
310 aa  193  3e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 
317 aa  192  5e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 
312 aa  192  5e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  43.37 
 
 
291 aa  189  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2188  transcriptional regulator, XRE family  43.96 
 
 
281 aa  189  5e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371471  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  40.29 
 
 
276 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  40.15 
 
 
302 aa  185  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  40.94 
 
 
318 aa  179  4.999999999999999e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  42.75 
 
 
278 aa  177  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  44.53 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  44.53 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  43.88 
 
 
289 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  47.28 
 
 
342 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  40.28 
 
 
299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  44.7 
 
 
277 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1995  transcriptional regulator, XRE family  41.3 
 
 
313 aa  172  5e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000234374  normal  0.041772 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 
289 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1956  putative transcriptional regulator, XRE family  41.61 
 
 
331 aa  172  7.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  40.94 
 
 
289 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  40.94 
 
 
289 aa  170  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  39.42 
 
 
307 aa  165  6.9999999999999995e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  42.54 
 
 
277 aa  165  6.9999999999999995e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  41.7 
 
 
314 aa  165  9e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  41.43 
 
 
281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  39.16 
 
 
286 aa  163  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19630  Helix-turn-helix protein  37.81 
 
 
288 aa  162  8.000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.879989  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  41.83 
 
 
288 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  42.04 
 
 
291 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  37.45 
 
 
299 aa  159  7e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5666  putative transcriptional regulator, XRE family  39.42 
 
 
273 aa  159  7e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8805  transcriptional regulator, XRE family  41.73 
 
 
298 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0368  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 
291 aa  155  6e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 
284 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2804  putative transcriptional regulator, XRE family  39.49 
 
 
300 aa  154  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.242118  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  37.55 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  37.63 
 
 
284 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 
295 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 
292 aa  152  7e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  37.89 
 
 
280 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3700  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 
273 aa  151  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.564208  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  38.28 
 
 
280 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  36.58 
 
 
317 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4361  transcriptional regulator, XRE family  39.02 
 
 
265 aa  149  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  39.16 
 
 
285 aa  147  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4329  transcriptional regulator, XRE family  39.15 
 
 
290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  40.88 
 
 
278 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  38.72 
 
 
264 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2579  helix-turn-helix domain protein  36.75 
 
 
328 aa  144  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3785  helix-turn-helix domain-containing protein  41.03 
 
 
285 aa  142  4e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.48754  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  37.31 
 
 
265 aa  142  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  33.46 
 
 
277 aa  142  7e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  35.5 
 
 
276 aa  142  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 
278 aa  142  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  35.79 
 
 
274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  37.12 
 
 
313 aa  139  6e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  36.72 
 
 
287 aa  139  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 
278 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  36.68 
 
 
283 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  32.84 
 
 
301 aa  136  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>