211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3573 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3573  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 281 aa  560  1e-158  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.75785 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0700  transcriptional regulator, XRE family  54.95 
 
 		 279 aa  288  6e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2366  transcriptional regulator, XRE family  55.4 
 
 		 279 aa  285  8e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  56.99 
 
 		 298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4458  transcriptional regulator, XRE family  53.7 
 
 		 272 aa  276  3e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3112  helix-turn-helix domain protein  55.31 
 
 		 279 aa  273  3e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000518579 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1333  transcriptional regulator, XRE family  53.41 
 
 		 279 aa  269  2.9999999999999997e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2575  helix-turn-helix domain protein  53.48 
 
 		 280 aa  266  2.9999999999999995e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  54.35 
 
 		 286 aa  263  3e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4173  transcriptional regulator, XRE family  55.84 
 
 		 280 aa  258  7e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1062  XRE family transcriptional regulator  55.02 
 
 		 289 aa  256  3e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4040  helix-turn-helix domain protein  55.56 
 
 		 300 aa  255  5e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4999  transcriptional regulator, XRE family  52.96 
 
 		 301 aa  253  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.662496 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  49.64 
 
 		 280 aa  242  5e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  44.6 
 
 		 287 aa  213  3.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3785  helix-turn-helix domain-containing protein  49.46 
 
 		 285 aa  208  8e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.48754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  42.7 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1305  XRE family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 287 aa  202  4e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4244  helix-turn-helix domain protein  46.95 
 
 		 287 aa  202  6e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1995  helix-turn-helix domain protein  42.49 
 
 		 289 aa  189  5.999999999999999e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2374  helix-turn-helix domain-containing protein  43.77 
 
 		 301 aa  179  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.171601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  39.36 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  40.14 
 
 		 281 aa  162  6e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  39.15 
 
 		 278 aa  161  9e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  39.78 
 
 		 285 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4588  XRE family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 286 aa  152  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000221272 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2377  transcriptional regulator, XRE family  39.25 
 
 		 283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000201287  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  35.87 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4035  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 		 326 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808008  normal  0.21338 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  37.87 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  39.11 
 
 		 311 aa  139  6e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 301 aa  138  8.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  37.55 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 317 aa  135  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  37.73 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  37.05 
 
 		 309 aa  132  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  37.6 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  35.87 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 279 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  38.77 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  37.41 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  38.02 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 292 aa  125  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  36.06 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  37.36 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  37.68 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  34.63 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  36.59 
 
 		 275 aa  122  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 283 aa  122  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  35.93 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6085  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 291 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.126069 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  35.25 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  35.32 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  36.57 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  36.57 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  33.09 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  34.55 
 
 		 280 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  34.4 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  36.8 
 
 		 277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 299 aa  118  7.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  33.71 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  34.66 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  33.46 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04290  Helix-turn-helix protein  33.11 
 
 		 334 aa  116  5e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  37.41 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5666  putative transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 273 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 284 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  33.58 
 
 		 313 aa  114  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  37.11 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  34.39 
 
 		 313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  35.96 
 
 		 257 aa  112  6e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0411  helix-turn-helix domain protein  34.55 
 
 		 303 aa  112  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  33.71 
 
 		 280 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  34.3 
 
 		 294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  33.09 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  37.88 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  34.96 
 
 		 277 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  35.66 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  34.42 
 
 		 287 aa  108  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  34.25 
 
 		 283 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  32.97 
 
 		 304 aa  108  9.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  36.4 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  31.43 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  34.35 
 
 		 265 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  27.78 
 
 		 276 aa  106  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 263 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 263 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  34.02 
 
 		 293 aa  106  5e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>