213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_12000 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_12000  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 303 aa  602  1.0000000000000001e-171  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  83.04 
 
 		 313 aa  486  1e-136  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  62.67 
 
 		 303 aa  340  2e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 296 aa  334  9e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  60.68 
 
 		 305 aa  329  4e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  58.33 
 
 		 293 aa  328  6e-89  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  59.79 
 
 		 294 aa  327  2.0000000000000001e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  60.5 
 
 		 299 aa  318  5e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  60.54 
 
 		 298 aa  319  5e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3498  transcriptional regulator, XRE family  60.55 
 
 		 293 aa  318  9e-86  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2666  helix-turn-helix domain-containing protein  58.08 
 
 		 297 aa  316  4e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.372203  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2622  XRE family transcriptional regulator  58.08 
 
 		 304 aa  315  6e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2651  XRE family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 297 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  57.86 
 
 		 292 aa  310  1e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  56.08 
 
 		 293 aa  301  7.000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  55.97 
 
 		 287 aa  293  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  53.8 
 
 		 297 aa  293  3e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  55.03 
 
 		 304 aa  288  5.0000000000000004e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  54.33 
 
 		 290 aa  278  6e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20310  hypothetical protein  53.63 
 
 		 297 aa  275  5e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.643001  normal  0.104737 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04290  Helix-turn-helix protein  52.82 
 
 		 334 aa  270  2.9999999999999997e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2718  helix-turn-helix domain protein  54.95 
 
 		 308 aa  263  3e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.479107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  49.48 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4541  helix-turn-helix domain-containing protein  52.78 
 
 		 307 aa  255  7e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2109  transcriptional regulator, XRE family  50.17 
 
 		 299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000611283 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  49.5 
 
 		 307 aa  250  2e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  47.39 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0411  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0777  transcriptional regulator, XRE family  50.17 
 
 		 287 aa  236  5.0000000000000005e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245899  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  47.26 
 
 		 292 aa  219  7e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  46.92 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  47.72 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  48.73 
 
 		 282 aa  210  2e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3299  helix-turn-helix domain protein  48.24 
 
 		 280 aa  210  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.043491  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 282 aa  210  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  44.1 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  45.99 
 
 		 284 aa  196  5.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  43.21 
 
 		 276 aa  192  5e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 285 aa  192  7e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  42.67 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 289 aa  187  3e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  42.35 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  42.51 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  45.58 
 
 		 275 aa  180  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  44.6 
 
 		 318 aa  178  9e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1995  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000234374  normal  0.041772 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  39.86 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2188  transcriptional regulator, XRE family  43.53 
 
 		 281 aa  173  3.9999999999999995e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371471  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19630  Helix-turn-helix protein  40.14 
 
 		 288 aa  172  5e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.879989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  37.86 
 
 		 292 aa  169  8e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  40.89 
 
 		 291 aa  167  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  44.24 
 
 		 277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  41.22 
 
 		 314 aa  162  5.0000000000000005e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  42.8 
 
 		 284 aa  161  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2579  helix-turn-helix domain protein  37.29 
 
 		 328 aa  159  4e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  44.29 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  39.16 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4329  transcriptional regulator, XRE family  43.6 
 
 		 290 aa  154  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  43.25 
 
 		 289 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0368  transcriptional regulator, XRE family  39.48 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  37.46 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  41.79 
 
 		 257 aa  149  6e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8805  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  40.28 
 
 		 281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  40.8 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  39.36 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  37.81 
 
 		 287 aa  145  9e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  37.98 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  40.35 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  38.59 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  37.64 
 
 		 277 aa  142  8e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2804  putative transcriptional regulator, XRE family  40.27 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.242118  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  40.73 
 
 		 284 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  38.11 
 
 		 280 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  38.43 
 
 		 278 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4361  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 265 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5666  putative transcriptional regulator, XRE family  39.43 
 
 		 273 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  37.45 
 
 		 280 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1956  putative transcriptional regulator, XRE family  39.16 
 
 		 331 aa  136  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3700  transcriptional regulator, XRE family  39.11 
 
 		 273 aa  135  6.0000000000000005e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.564208  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  38.11 
 
 		 278 aa  135  8e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 284 aa  135  9e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  38.74 
 
 		 285 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 283 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  38.81 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  36.52 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>