214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4329 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4329  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 290 aa  568  1e-161  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 289 aa  316  3e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 289 aa  315  5e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 289 aa  315  5e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  59.42 
 
 		 318 aa  300  2e-80  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8805  transcriptional regulator, XRE family  58.18 
 
 		 298 aa  273  2.0000000000000002e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  51.97 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 312 aa  252  6e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  47.35 
 
 		 291 aa  216  5e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  44.04 
 
 		 302 aa  202  6e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  46.45 
 
 		 297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  43.77 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  45.39 
 
 		 299 aa  195  6e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  42.39 
 
 		 317 aa  187  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  42.39 
 
 		 303 aa  187  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  45.04 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  45.39 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  41.34 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 299 aa  186  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  46.59 
 
 		 285 aa  185  7e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  39.93 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 296 aa  183  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  43.84 
 
 		 303 aa  181  9.000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0411  helix-turn-helix domain protein  42.05 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  42.35 
 
 		 292 aa  179  4e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 282 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  40.22 
 
 		 276 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  40 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  43.37 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  41.87 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  45.71 
 
 		 275 aa  176  4e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  40.64 
 
 		 293 aa  176  4e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2188  transcriptional regulator, XRE family  43.12 
 
 		 281 aa  174  9.999999999999999e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371471  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  39.35 
 
 		 290 aa  174  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  40.64 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  40.21 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  42.7 
 
 		 277 aa  172  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0777  transcriptional regulator, XRE family  43.53 
 
 		 287 aa  172  6.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245899  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2109  transcriptional regulator, XRE family  38.83 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000611283 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  44.21 
 
 		 284 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  41.91 
 
 		 282 aa  169  4e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  40.99 
 
 		 293 aa  169  6e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3498  transcriptional regulator, XRE family  41.7 
 
 		 293 aa  168  9e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  41.97 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  40.77 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04290  Helix-turn-helix protein  40.14 
 
 		 334 aa  165  6.9999999999999995e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2718  helix-turn-helix domain protein  40.21 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.479107  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  40.93 
 
 		 278 aa  163  4.0000000000000004e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  41.73 
 
 		 314 aa  162  6e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  39.93 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  41.49 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4541  helix-turn-helix domain-containing protein  41.64 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19630  Helix-turn-helix protein  38.18 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.879989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  41.13 
 
 		 293 aa  155  5.0000000000000005e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1995  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 		 313 aa  154  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000234374  normal  0.041772 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3299  helix-turn-helix domain protein  43.75 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.043491  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12000  Helix-turn-helix protein  43.6 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20310  hypothetical protein  39.57 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.643001  normal  0.104737 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  43.35 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5666  putative transcriptional regulator, XRE family  39.27 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  37.09 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  41.39 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2622  XRE family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2666  helix-turn-helix domain-containing protein  39.01 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.372203  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2579  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 		 328 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  39.15 
 
 		 280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2651  XRE family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0368  transcriptional regulator, XRE family  39.25 
 
 		 291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  39.53 
 
 		 280 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  40.29 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  41.58 
 
 		 281 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  38.77 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 263 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 263 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 263 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  38.21 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3292  helix-turn-helix domain protein  35.93 
 
 		 266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4361  transcriptional regulator, XRE family  39.48 
 
 		 265 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 342 aa  139  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 313 aa  139  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  39.33 
 
 		 281 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  33.7 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  33.2 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  36.4 
 
 		 259 aa  134  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5755  XRE family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 269 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  35.61 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  37.86 
 
 		 278 aa  132  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 281 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2182  XRE family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  39.08 
 
 		 281 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  36.88 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  27.74 
 
 		 276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 285 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>