220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2562 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  681    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  85.33 
 
 		 282 aa  381  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  82.63 
 
 		 292 aa  381  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  81.66 
 
 		 282 aa  368  1e-101  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 		 297 aa  192  6e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  47.7 
 
 		 287 aa  190  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  46.15 
 
 		 293 aa  186  6e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 299 aa  186  7e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  47.68 
 
 		 293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  48.35 
 
 		 312 aa  183  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  43.03 
 
 		 302 aa  182  9.000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  46.35 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  44.79 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  45.3 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  44.44 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  42.98 
 
 		 297 aa  176  7e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  45.99 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2666  helix-turn-helix domain-containing protein  45.64 
 
 		 297 aa  172  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.372203  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2622  XRE family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3498  transcriptional regulator, XRE family  42.4 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  42.56 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  45.53 
 
 		 278 aa  169  7e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 285 aa  169  7e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2651  XRE family transcriptional regulator  45.23 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  42.64 
 
 		 305 aa  169  8e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  45.38 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  42.06 
 
 		 304 aa  168  2e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2109  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 299 aa  166  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000611283 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  42.51 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5666  putative transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04290  Helix-turn-helix protein  43.6 
 
 		 334 aa  164  3e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  42.08 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  43.93 
 
 		 293 aa  162  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  43.59 
 
 		 302 aa  162  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  42.08 
 
 		 303 aa  161  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4541  helix-turn-helix domain-containing protein  41.8 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12000  Helix-turn-helix protein  44.79 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  42.8 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  45.96 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  44.02 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  41.63 
 
 		 286 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  45.11 
 
 		 277 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0411  helix-turn-helix domain protein  42.08 
 
 		 303 aa  155  8e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  43.98 
 
 		 318 aa  155  9e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  44.58 
 
 		 284 aa  155  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  45.22 
 
 		 289 aa  151  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  43.48 
 
 		 291 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  43.09 
 
 		 284 aa  149  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2188  transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371471  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20310  hypothetical protein  40.76 
 
 		 297 aa  146  6e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.643001  normal  0.104737 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  38.98 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 289 aa  142  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  39.38 
 
 		 291 aa  142  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0777  transcriptional regulator, XRE family  39.41 
 
 		 287 aa  142  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245899  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1956  putative transcriptional regulator, XRE family  42.06 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2804  putative transcriptional regulator, XRE family  39.42 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.242118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  38.08 
 
 		 290 aa  136  6.0000000000000005e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4361  transcriptional regulator, XRE family  40.17 
 
 		 265 aa  135  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8805  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  38.22 
 
 		 280 aa  135  9e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  41.2 
 
 		 281 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 288 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0368  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 291 aa  132  6e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4329  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  40.34 
 
 		 277 aa  132  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  42.92 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4244  helix-turn-helix domain protein  41.42 
 
 		 287 aa  129  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2718  helix-turn-helix domain protein  37.25 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.479107  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19630  Helix-turn-helix protein  35.08 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.879989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1995  transcriptional regulator, XRE family  40.17 
 
 		 313 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000234374  normal  0.041772 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  39.48 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6085  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.126069 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 278 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  35.98 
 
 		 292 aa  123  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 276 aa  122  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  40.97 
 
 		 257 aa  122  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  39.57 
 
 		 280 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3700  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 		 273 aa  121  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.564208  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  35.32 
 
 		 277 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  33.19 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3299  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 280 aa  120  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.043491  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2377  transcriptional regulator, XRE family  37.45 
 
 		 283 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000201287  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  34.87 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  35.56 
 
 		 280 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  36.77 
 
 		 303 aa  119  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2579  helix-turn-helix domain protein  37.18 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 279 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 278 aa  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  39.22 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>