224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_14230 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 277 aa  546  1e-154  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  53.51 
 
 		 278 aa  250  2e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  52.79 
 
 		 291 aa  243  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 288 aa  239  4e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  53.38 
 
 		 288 aa  239  4e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  53.48 
 
 		 275 aa  239  5e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  53.01 
 
 		 289 aa  237  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  48.21 
 
 		 257 aa  211  1e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1949  transcriptional regulator, XRE family  45.59 
 
 		 307 aa  202  4e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5666  putative transcriptional regulator, XRE family  48.11 
 
 		 273 aa  200  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3498  transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4361  transcriptional regulator, XRE family  49.23 
 
 		 265 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  44.4 
 
 		 286 aa  192  6e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  47.18 
 
 		 293 aa  191  1e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  44.09 
 
 		 287 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 282 aa  190  2e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  44.85 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  43.46 
 
 		 303 aa  189  4e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  45.39 
 
 		 292 aa  189  5e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  43.17 
 
 		 310 aa  189  5.999999999999999e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  44.28 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  40.36 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  44.13 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  44.24 
 
 		 282 aa  186  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3277  helix-turn-helix domain protein  42.65 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  40.14 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  41.91 
 
 		 292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  43.75 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04290  Helix-turn-helix protein  43.06 
 
 		 334 aa  182  7e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  43.12 
 
 		 302 aa  181  9.000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  41.84 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  43.42 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 285 aa  181  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3700  transcriptional regulator, XRE family  42.05 
 
 		 273 aa  178  8e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.564208  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4120  helix-turn-helix domain protein  44.29 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.963126 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  43.16 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  42.55 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31240  Helix-turn-helix protein  42.07 
 
 		 290 aa  176  5e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 312 aa  172  5.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  42.22 
 
 		 284 aa  171  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  41.64 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  43.8 
 
 		 284 aa  167  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2109  transcriptional regulator, XRE family  40.58 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000611283 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2622  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2666  helix-turn-helix domain-containing protein  41.54 
 
 		 297 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.372203  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12000  Helix-turn-helix protein  43.9 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 342 aa  165  8e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  41.04 
 
 		 302 aa  163  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2651  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  43.88 
 
 		 281 aa  162  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0777  transcriptional regulator, XRE family  40.67 
 
 		 287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245899  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  39.71 
 
 		 276 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  42.49 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4541  helix-turn-helix domain-containing protein  41.88 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20310  hypothetical protein  40.29 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.643001  normal  0.104737 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  39.86 
 
 		 309 aa  159  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0411  helix-turn-helix domain protein  40.5 
 
 		 303 aa  159  4e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 289 aa  158  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8805  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2718  helix-turn-helix domain protein  40.7 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.479107  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  38.55 
 
 		 280 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  41.7 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  35.36 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  39.85 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3299  helix-turn-helix domain protein  43.15 
 
 		 280 aa  145  6e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.043491  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19630  Helix-turn-helix protein  38.29 
 
 		 288 aa  145  1e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.879989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1003  putative transcriptional regulator, XRE family  39.42 
 
 		 291 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  35.71 
 
 		 280 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4458  transcriptional regulator, XRE family  38.43 
 
 		 272 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2188  transcriptional regulator, XRE family  40.07 
 
 		 281 aa  141  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371471  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2579  helix-turn-helix domain protein  38.18 
 
 		 328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  36.47 
 
 		 275 aa  139  7e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  37.6 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  34.84 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  38.49 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  37.96 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2804  putative transcriptional regulator, XRE family  37.82 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.242118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  39.37 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1956  putative transcriptional regulator, XRE family  39.58 
 
 		 331 aa  133  3e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  35.74 
 
 		 280 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  27.65 
 
 		 276 aa  132  6.999999999999999e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  34.7 
 
 		 274 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0700  transcriptional regulator, XRE family  39.42 
 
 		 279 aa  131  9e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 303 aa  132  9e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0368  transcriptional regulator, XRE family  39.38 
 
 		 291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2362  helix-turn-helix domain-containing protein  38.34 
 
 		 257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.298592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  37.87 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4329  transcriptional regulator, XRE family  39.48 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  36.14 
 
 		 259 aa  130  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>