220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4244 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4244  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 287 aa  556  1e-157  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.649143  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  53.55 
 
 		 280 aa  261  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 287 aa  243  3.9999999999999997e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  52.88 
 
 		 286 aa  237  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2366  transcriptional regulator, XRE family  50.36 
 
 		 279 aa  236  4e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2575  helix-turn-helix domain protein  49.64 
 
 		 280 aa  229  4e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3785  helix-turn-helix domain-containing protein  52.86 
 
 		 285 aa  227  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.48754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4188  transcriptional regulator, XRE family  49.26 
 
 		 298 aa  224  9e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1333  transcriptional regulator, XRE family  47.25 
 
 		 279 aa  224  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3112  helix-turn-helix domain protein  51.8 
 
 		 279 aa  223  3e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000518579 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0700  transcriptional regulator, XRE family  46.38 
 
 		 279 aa  220  1.9999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4458  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 272 aa  216  4e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1305  XRE family transcriptional regulator  49.29 
 
 		 287 aa  216  4e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  45.42 
 
 		 292 aa  209  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1995  helix-turn-helix domain protein  49.61 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4040  helix-turn-helix domain protein  46.4 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.034342 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2374  helix-turn-helix domain-containing protein  47.54 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.171601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1062  XRE family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 289 aa  194  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4999  transcriptional regulator, XRE family  45.74 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.662496 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4173  transcriptional regulator, XRE family  43.8 
 
 		 280 aa  185  9e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3573  helix-turn-helix domain-containing protein  46.95 
 
 		 281 aa  182  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.75785 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  44.29 
 
 		 281 aa  183  4.0000000000000006e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  41.49 
 
 		 278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  41.76 
 
 		 313 aa  169  5e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  39.55 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  41.64 
 
 		 280 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  41.69 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4035  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 326 aa  153  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.808008  normal  0.21338 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  38.55 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  39.25 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  40.52 
 
 		 280 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 282 aa  146  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  39.15 
 
 		 278 aa  143  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  39.35 
 
 		 285 aa  142  7e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  40.73 
 
 		 290 aa  142  9e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2377  transcriptional regulator, XRE family  39.07 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000201287  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  37.36 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  31.5 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  39.26 
 
 		 277 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 284 aa  139  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  39.18 
 
 		 276 aa  139  7.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 317 aa  139  7.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  37.59 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 293 aa  135  8e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  37.13 
 
 		 287 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7348  hypothetical protein  40.3 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  39.27 
 
 		 276 aa  132  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 279 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4588  XRE family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000221272 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 314 aa  129  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2389  helix-turn-helix domain protein  39.92 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00160745  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 317 aa  129  7.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  37.92 
 
 		 310 aa  128  9.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  39.19 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  38 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  39.02 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4128  hypothetical protein  36.06 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  38.66 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 284 aa  125  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2980  transcriptional regulator, XRE family  38.95 
 
 		 271 aa  124  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.239716  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  35.52 
 
 		 283 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47890  hypothetical protein  34.89 
 
 		 314 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000556405  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  36.1 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  34.31 
 
 		 277 aa  123  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  35.94 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2521  helix-turn-helix domain protein  38.41 
 
 		 285 aa  124  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.895975  hitchhiker  0.00158212 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 342 aa  123  4e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  37.37 
 
 		 278 aa  122  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1690  transcriptional regulator, XRE family  40.4 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.33559  normal  0.186529 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7525  helix-turn-helix domain protein  35.66 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  37.98 
 
 		 275 aa  122  6e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 288 aa  122  8e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  36.25 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6085  transcriptional regulator, XRE family  36.33 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.126069 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  37.69 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 276 aa  119  7e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 295 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 263 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 274 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2441  transcriptional regulator, XRE family  37.19 
 
 		 275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0902  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 284 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 285 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2622  XRE family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 264 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2666  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.372203  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>