216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3292 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3292  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 266 aa  541  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  89.85 
 
 		 266 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1007  XRE family transcriptional regulator  57.36 
 
 		 284 aa  300  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5755  XRE family transcriptional regulator  50.8 
 
 		 269 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2182  XRE family transcriptional regulator  50.2 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1603  hypothetical protein  51 
 
 		 271 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1226  putative DNA-binding protein  51 
 
 		 271 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.179938  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0869  transcriptional regulator  50.6 
 
 		 271 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.939079  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1067  hypothetical protein  51 
 
 		 271 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1073  hypothetical protein  51 
 
 		 271 aa  226  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0866  XRE family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 269 aa  225  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692318  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0725  hypothetical protein  50.6 
 
 		 271 aa  224  8e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0212373  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2289  hypothetical protein  50.6 
 
 		 271 aa  224  8e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2996  hypothetical protein  50.6 
 
 		 271 aa  224  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3414  XRE family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 270 aa  224  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1816  XRE family transcriptional regulator  50.4 
 
 		 269 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2471  XRE family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 269 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2428  XRE family transcriptional regulator  50.4 
 
 		 269 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2337  XRE family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 269 aa  223  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146062 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2432  XRE family transcriptional regulator  50.4 
 
 		 269 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.732467  normal  0.678442 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1066  transcriptional regulator, XRE family  48 
 
 		 270 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2362  helix-turn-helix domain-containing protein  48.62 
 
 		 257 aa  206  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.298592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2728  DNA-binding protein  44.88 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0588  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  51.55 
 
 		 280 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.418032  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0622  hypothetical protein  44.88 
 
 		 270 aa  194  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0773  transcriptional regulator, XRE family  44.88 
 
 		 270 aa  194  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0530  XRE family transcriptional regulator  48.4 
 
 		 264 aa  183  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0566101  hitchhiker  0.0000527807 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  41.67 
 
 		 280 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0248  helix-turn-helix domain protein  49.61 
 
 		 275 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0240027  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  40.87 
 
 		 280 aa  175  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  34.66 
 
 		 276 aa  166  4e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 284 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 278 aa  156  3e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 283 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  39.39 
 
 		 265 aa  152  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  36.4 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  36.55 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  36.69 
 
 		 274 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  35.55 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 259 aa  145  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  33.6 
 
 		 280 aa  144  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  35.57 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  37.6 
 
 		 313 aa  143  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 279 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 281 aa  142  5e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  35.89 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  37.05 
 
 		 283 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 263 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  35.02 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  34.26 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 263 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  35.83 
 
 		 317 aa  136  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 289 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0930  helix-turn-helix domain-containing protein  36.48 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.971481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2807  transcriptional regulator, XRE family  37.21 
 
 		 258 aa  135  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 279 aa  134  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 318 aa  133  1.9999999999999998e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 278 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  35.97 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 285 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3211  XRE family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 263 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.663604  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 285 aa  131  9e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 285 aa  131  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 285 aa  131  9e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  36.11 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7525  helix-turn-helix domain protein  34.77 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1731  hypothetical protein  33.98 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  34.41 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 302 aa  126  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  36.86 
 
 		 284 aa  126  3e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1115  XRE family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4329  transcriptional regulator, XRE family  35.32 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2768  XRE family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 318 aa  125  9e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  35.93 
 
 		 281 aa  125  9e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  31.3 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  36.29 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0445  XRE family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 292 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4526  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 257 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.421002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  33.46 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  35.93 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2188  transcriptional regulator, XRE family  35.2 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371471  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  33.04 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  33.21 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  31.1 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0777  transcriptional regulator, XRE family  32.4 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.245899  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>