220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0248 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0248  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 275 aa  533  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0240027  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2362  helix-turn-helix domain-containing protein  80.16 
 
 		 257 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.298592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2728  DNA-binding protein  61.33 
 
 		 282 aa  295  6e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2182  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5755  XRE family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 269 aa  249  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2471  XRE family transcriptional regulator  57.94 
 
 		 269 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2337  XRE family transcriptional regulator  57.94 
 
 		 269 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146062 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0866  XRE family transcriptional regulator  57.54 
 
 		 269 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2432  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 269 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.732467  normal  0.678442 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3414  XRE family transcriptional regulator  56.22 
 
 		 270 aa  232  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1816  XRE family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 269 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2428  XRE family transcriptional regulator  56.75 
 
 		 269 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1603  hypothetical protein  57.71 
 
 		 271 aa  225  7e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1066  transcriptional regulator, XRE family  54.58 
 
 		 270 aa  224  8e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1226  putative DNA-binding protein  57.71 
 
 		 271 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.179938  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0869  transcriptional regulator  57.71 
 
 		 271 aa  224  9e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.939079  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1067  hypothetical protein  57.71 
 
 		 271 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1073  hypothetical protein  57.71 
 
 		 271 aa  224  9e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0725  hypothetical protein  57.71 
 
 		 271 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0212373  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2289  hypothetical protein  57.71 
 
 		 271 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2996  hypothetical protein  57.71 
 
 		 271 aa  224  1e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  49.61 
 
 		 266 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0622  hypothetical protein  50.59 
 
 		 270 aa  215  8e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0773  transcriptional regulator, XRE family  50.59 
 
 		 270 aa  215  8e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3292  helix-turn-helix domain protein  49.61 
 
 		 266 aa  212  5.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1007  XRE family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 284 aa  210  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  44.44 
 
 		 280 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0588  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  53.39 
 
 		 280 aa  188  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.418032  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0530  XRE family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 264 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0566101  hitchhiker  0.0000527807 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  43.49 
 
 		 280 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 263 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 263 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 263 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 274 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 264 aa  158  7e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 284 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  34.58 
 
 		 276 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 281 aa  155  6e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  41.6 
 
 		 279 aa  154  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  39.53 
 
 		 277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  40.08 
 
 		 280 aa  152  5e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 278 aa  152  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 285 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 280 aa  152  8e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 285 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 285 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  40.48 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  36.8 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3211  XRE family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.663604  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  39.29 
 
 		 265 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  38.17 
 
 		 283 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 289 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 278 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2807  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 258 aa  149  5e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  37.07 
 
 		 259 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 278 aa  141  9e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  39.46 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4317  helix-turn-helix domain protein  37.6 
 
 		 257 aa  139  7e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  40.56 
 
 		 278 aa  139  7e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7525  helix-turn-helix domain protein  35.59 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4526  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.421002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  34.46 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3547  XRE family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 293 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  34.57 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  36.68 
 
 		 317 aa  129  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0409  transcriptional regulator, XRE family  38.25 
 
 		 303 aa  126  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.481492 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0902  XRE family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  34.56 
 
 		 287 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  38.02 
 
 		 281 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  35.69 
 
 		 318 aa  125  7e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5666  putative transcriptional regulator, XRE family  36.08 
 
 		 273 aa  125  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2768  XRE family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  43.24 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8805  transcriptional regulator, XRE family  36.72 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  35.83 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 288 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 289 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1115  XRE family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19300  Helix-turn-helix protein  32.71 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.109616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0025  helix-turn-helix domain protein  39.37 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  34.8 
 
 		 292 aa  119  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  35.91 
 
 		 302 aa  118  7.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  34.66 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  37.97 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  37.55 
 
 		 277 aa  116  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  38.15 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0038  helix-turn-helix domain protein  38.58 
 
 		 300 aa  116  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  38.75 
 
 		 286 aa  116  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  33.05 
 
 		 317 aa  116  5e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  32.97 
 
 		 289 aa  115  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0023  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>