214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1115 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1115  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  626  1e-178  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  75.85 
 
 		 283 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  64.71 
 
 		 301 aa  364  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  57.93 
 
 		 283 aa  330  1e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  61.72 
 
 		 265 aa  322  4e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 264 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3211  XRE family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 263 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.663604  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  44.98 
 
 		 280 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  42.49 
 
 		 280 aa  202  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  34.43 
 
 		 276 aa  186  5e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  40.22 
 
 		 280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  39.43 
 
 		 303 aa  179  8e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 279 aa  172  9e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  38.46 
 
 		 287 aa  172  9e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 299 aa  170  2e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  38.75 
 
 		 317 aa  169  7e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  37.63 
 
 		 275 aa  166  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 263 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7525  helix-turn-helix domain protein  38.83 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 263 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 263 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  39.78 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3414  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 270 aa  158  9e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  36.57 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  38.22 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1066  transcriptional regulator, XRE family  40.08 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 276 aa  157  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5755  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 269 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  38.22 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2182  XRE family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  36.19 
 
 		 278 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  35.55 
 
 		 277 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  38.19 
 
 		 279 aa  151  1e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2807  transcriptional regulator, XRE family  38.37 
 
 		 258 aa  149  7e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1007  XRE family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 284 aa  149  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1226  putative DNA-binding protein  39.92 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.179938  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1067  hypothetical protein  39.92 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1073  hypothetical protein  39.92 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0725  hypothetical protein  39.52 
 
 		 271 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0212373  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0869  transcriptional regulator  39.52 
 
 		 271 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.939079  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2289  hypothetical protein  39.52 
 
 		 271 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2996  hypothetical protein  39.52 
 
 		 271 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1603  hypothetical protein  39.68 
 
 		 271 aa  146  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1816  XRE family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 269 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2428  XRE family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 269 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 281 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3292  helix-turn-helix domain protein  35.2 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1970  transcriptional regulator, XRE family  35.69 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.997663  normal  0.568144 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  36.7 
 
 		 281 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  36.17 
 
 		 266 aa  142  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0588  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  43.32 
 
 		 280 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.418032  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2432  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 269 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.732467  normal  0.678442 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0866  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  40 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2471  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 269 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2337  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 269 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146062 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4526  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.421002  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 		 276 aa  140  3.9999999999999997e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1731  hypothetical protein  35.14 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  34.78 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  43.23 
 
 		 284 aa  139  7e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 281 aa  138  8.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  33.55 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  34.63 
 
 		 259 aa  136  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 289 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0902  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 284 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.477042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 280 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2768  XRE family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 285 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47890  hypothetical protein  38.86 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000556405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 285 aa  132  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  32.85 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1766  helix-turn-helix domain protein  34.38 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4128  hypothetical protein  35.07 
 
 		 287 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0530  XRE family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 264 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0566101  hitchhiker  0.0000527807 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  34.43 
 
 		 277 aa  130  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  34.67 
 
 		 276 aa  129  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0622  hypothetical protein  34.63 
 
 		 270 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0773  transcriptional regulator, XRE family  34.63 
 
 		 270 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  34.8 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  34.31 
 
 		 277 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0716  hypothetical protein  35.14 
 
 		 260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2362  helix-turn-helix domain-containing protein  36.14 
 
 		 257 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.298592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0930  helix-turn-helix domain-containing protein  37.79 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.971481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  35.16 
 
 		 292 aa  126  5e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  33.57 
 
 		 287 aa  126  6e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  125  7e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  34.52 
 
 		 307 aa  125  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  34.69 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  35.91 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>