216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2768 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2768  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  619  1e-176  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  45.7 
 
 		 280 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  40.29 
 
 		 280 aa  160  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  38.49 
 
 		 278 aa  159  8e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  45.62 
 
 		 280 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  38.55 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  39.52 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  35.88 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  41.82 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3211  XRE family transcriptional regulator  43.13 
 
 		 263 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.663604  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  31.6 
 
 		 276 aa  147  3e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  44.55 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  39.82 
 
 		 259 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  43.78 
 
 		 283 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 264 aa  142  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  40.93 
 
 		 265 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  38.58 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  39.27 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47890  hypothetical protein  40.19 
 
 		 314 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000556405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4128  hypothetical protein  40.38 
 
 		 287 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0930  helix-turn-helix domain-containing protein  38.65 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.971481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  37.97 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 280 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  37.78 
 
 		 277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  37.69 
 
 		 275 aa  136  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1007  XRE family transcriptional regulator  37 
 
 		 284 aa  135  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 285 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1731  hypothetical protein  33.96 
 
 		 296 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 285 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0716  hypothetical protein  42.86 
 
 		 260 aa  133  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 285 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0266  XRE family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  133  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 295 aa  132  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 285 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 281 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  36.27 
 
 		 274 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  34.91 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7525  helix-turn-helix domain protein  34.04 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1766  helix-turn-helix domain protein  38.89 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  36.4 
 
 		 266 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2182  XRE family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 270 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  36.06 
 
 		 278 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3292  helix-turn-helix domain protein  34.82 
 
 		 266 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8368  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 288 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20270  hypothetical protein  33.72 
 
 		 277 aa  122  5e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.161196 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  37.36 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 284 aa  122  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3547  XRE family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.311229 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5755  XRE family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 269 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 299 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  41.49 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  33.09 
 
 		 281 aa  119  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3414  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 270 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0869  transcriptional regulator  41.44 
 
 		 271 aa  119  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.939079  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1066  transcriptional regulator, XRE family  40.45 
 
 		 270 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1226  putative DNA-binding protein  41.33 
 
 		 271 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.179938  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  36.86 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1067  hypothetical protein  41.33 
 
 		 271 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1073  hypothetical protein  41.33 
 
 		 271 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0367  helix-turn-helix domain protein  35.97 
 
 		 284 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 278 aa  118  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  36.64 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  36.26 
 
 		 276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0725  hypothetical protein  40.89 
 
 		 271 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0212373  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2289  hypothetical protein  40.89 
 
 		 271 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2996  hypothetical protein  40.89 
 
 		 271 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1603  hypothetical protein  40.89 
 
 		 271 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7747  helix-turn-helix domain protein  38.36 
 
 		 276 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4741  XRE family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 263 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.678188  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3425  XRE family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 263 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  35.66 
 
 		 278 aa  115  8.999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4329  transcriptional regulator, XRE family  37.17 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2807  transcriptional regulator, XRE family  39.35 
 
 		 258 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.359668 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0180  XRE family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3526  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0189  helix-turn-helix domain-containing protein  42.52 
 
 		 288 aa  113  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.587332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1115  XRE family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  34.23 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4092  XRE family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 281 aa  113  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 278 aa  112  8.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  38.07 
 
 		 277 aa  112  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  37.18 
 
 		 284 aa  109  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  33.1 
 
 		 293 aa  109  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  35.58 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  34.6 
 
 		 281 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1893  helix-turn-helix domain protein  36.69 
 
 		 285 aa  109  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.72148  normal  0.792434 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 285 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0866  XRE family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 269 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2428  XRE family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 269 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>