212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_0716 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_0716  hypothetical protein  100 
 
 		 260 aa  524  1e-148  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2702  helix-turn-helix domain protein  45.1 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.590252 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2460  transcriptional regulator, XRE family  43.48 
 
 		 313 aa  182  3e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47890  hypothetical protein  42.97 
 
 		 314 aa  178  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000556405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1731  hypothetical protein  40.78 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.538859  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4128  hypothetical protein  42.5 
 
 		 287 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.980357  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3065  helix-turn-helix domain protein  40.73 
 
 		 276 aa  171  1e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1766  helix-turn-helix domain protein  39.92 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3948  hypothetical protein  39.52 
 
 		 287 aa  169  5e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00019593  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5457  helix-turn-helix domain-containing protein  40.89 
 
 		 317 aa  168  8e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.669128 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1431  XRE family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042865 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1066  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3579  helix-turn-helix domain protein  39.76 
 
 		 280 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3280  helix-turn-helix domain protein  40.56 
 
 		 280 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3623  hypothetical protein  39.52 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0750  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 283 aa  149  6e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3997  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1464  helix-turn-helix domain-containing protein  37.18 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2494  helix-turn-helix domain protein  39.75 
 
 		 265 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106258  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1269  XRE family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 264 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1487  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 276 aa  135  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.414464 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0313  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 299 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2649  helix-turn-helix domain-containing protein  36.4 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2287  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 278 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0524  hypothetical protein  36.87 
 
 		 276 aa  134  9.999999999999999e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2137  helix-turn-helix domain protein  35.89 
 
 		 283 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.291672  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2768  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 318 aa  133  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5566  helix-turn-helix domain protein  37.25 
 
 		 281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1162  XRE family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 281 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.157815  normal  0.774005 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 259 aa  132  5e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2624  transcriptional regulator, XRE family  38.52 
 
 		 274 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6833  helix-turn-helix domain protein  37.94 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2784  transcriptional regulator, XRE family  36.9 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.583087  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3367  transcriptional regulator, XRE family  34.14 
 
 		 278 aa  129  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4662  helix-turn-helix domain protein  38.15 
 
 		 287 aa  125  8.000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.232766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0930  helix-turn-helix domain-containing protein  35.62 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.971481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4077  helix-turn-helix domain protein  36.25 
 
 		 275 aa  125  8.000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.344536  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3211  XRE family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 263 aa  124  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.663604  normal  0.67903 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5170  XRE family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.624653  normal  0.480627 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5465  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 285 aa  122  5e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 284 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3439  transcriptional regulator, XRE family  35.55 
 
 		 266 aa  121  9e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3720  putative transcriptional regulator, XRE family  33.94 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.813332  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1979  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3374  transcriptional regulator, XRE family  38.17 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1586  transcriptional regulator, XRE family  35.98 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 282 aa  118  9e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24740  Helix-turn-helix protein  37.45 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.284325  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3682  helix-turn-helix domain protein  38.6 
 
 		 307 aa  117  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4578  transcriptional regulator, XRE family  36.74 
 
 		 293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.78291  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  34.98 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0038  helix-turn-helix domain protein  35.37 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6984  helix-turn-helix domain protein  35.38 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.118873  normal  0.27222 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14370  hypothetical protein  35.74 
 
 		 297 aa  116  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  36.22 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0023  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2467  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.615257 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7046  helix-turn-helix domain protein  33.98 
 
 		 278 aa  115  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3292  helix-turn-helix domain protein  35.07 
 
 		 266 aa  115  5e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0492  helix-turn-helix domain protein  34.38 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.107482 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  35.66 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4080  XRE family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0766168  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1995  helix-turn-helix domain protein  36.97 
 
 		 289 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.43554  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  35.86 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4719  XRE family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3644  XRE family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 285 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20310  hypothetical protein  35.94 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.643001  normal  0.104737 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0289  transcriptional regulator, XRE family  36.19 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.604604  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  37.55 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3227  helix-turn-helix domain protein  36.53 
 
 		 277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3092  helix-turn-helix domain protein  36.02 
 
 		 287 aa  113  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0025  helix-turn-helix domain protein  35.51 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  34.27 
 
 		 290 aa  113  3e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7620  putative transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.350779  normal  0.254497 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3008  helix-turn-helix domain protein  36.44 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000207491 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1115  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 312 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14230  Helix-turn-helix protein  40 
 
 		 277 aa  112  9e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.814537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0682  transcriptional regulator, XRE family  35.32 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3276  transcriptional regulator, XRE family  32.93 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3876  XRE family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2182  XRE family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4269  helix-turn-helix domain protein  35.27 
 
 		 279 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0718578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4659  transcriptional regulator, XRE family  38.22 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.14041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3963  transcriptional regulator, XRE family  35.02 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.588819  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1007  XRE family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1305  XRE family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5385  XRE family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 289 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.49793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3241  XRE family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3414  XRE family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 270 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7725  helix-turn-helix domain protein  35.55 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.998664 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16850  Helix-turn-helix protein  35.42 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.950659  normal  0.0208664 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4218  XRE family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 289 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4284  XRE family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 289 aa  108  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3598  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 		 281 aa  108  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2101  helix-turn-helix domain protein  36.89 
 
 		 293 aa  108  9.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4445  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 289 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.926883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1066  transcriptional regulator, XRE family  37.56 
 
 		 270 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1568  transcriptional regulator, XRE family  36.29 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>