More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1487 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
330 aa  637    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  62.62 
 
 
301 aa  346  3e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  59.8 
 
 
301 aa  332  6e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  58.55 
 
 
308 aa  332  6e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  57.48 
 
 
301 aa  326  3e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  57.82 
 
 
313 aa  304  1.0000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.88 
 
 
291 aa  295  7e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.62 
 
 
321 aa  288  1e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.18 
 
 
301 aa  288  1e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  53.05 
 
 
311 aa  285  8e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.25 
 
 
326 aa  283  3.0000000000000004e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.18 
 
 
300 aa  274  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  53.97 
 
 
306 aa  260  2e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  50.99 
 
 
321 aa  255  8e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  45.52 
 
 
307 aa  229  4e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.76 
 
 
303 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.07 
 
 
303 aa  224  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.89 
 
 
303 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.24 
 
 
303 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.33 
 
 
313 aa  216  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40 
 
 
303 aa  216  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.07 
 
 
303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.86 
 
 
305 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.79 
 
 
304 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.79 
 
 
304 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.79 
 
 
304 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.79 
 
 
304 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  40.35 
 
 
303 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.45 
 
 
304 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.45 
 
 
304 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.45 
 
 
304 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.21 
 
 
303 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.83 
 
 
304 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.83 
 
 
305 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.12 
 
 
308 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.62 
 
 
303 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.62 
 
 
303 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.89 
 
 
301 aa  203  3e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.12 
 
 
307 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.52 
 
 
305 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.97 
 
 
303 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.31 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.31 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.67 
 
 
336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.1 
 
 
311 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.97 
 
 
303 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.31 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.18 
 
 
305 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.14 
 
 
304 aa  199  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.43 
 
 
301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.92 
 
 
312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.92 
 
 
312 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.64 
 
 
301 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.64 
 
 
301 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.48 
 
 
301 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.97 
 
 
328 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.49 
 
 
303 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.8 
 
 
301 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.93 
 
 
304 aa  187  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.91 
 
 
304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.89 
 
 
304 aa  181  1e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.96 
 
 
304 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.48 
 
 
301 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.18 
 
 
304 aa  177  3e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 
291 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  29.45 
 
 
290 aa  103  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  32.28 
 
 
291 aa  103  6e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1450  dihydrodipicolinate synthase  31.71 
 
 
296 aa  103  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0196  dihydrodipicolinate synthetase  36.08 
 
 
307 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4464  dihydrodipicolinate synthetase  31.43 
 
 
299 aa  99.8  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.130904  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  30.79 
 
 
291 aa  97.1  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  29.9 
 
 
291 aa  96.7  5e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5532  dihydrodipicolinate synthetase  32.43 
 
 
301 aa  96.7  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5174  dihydrodipicolinate synthetase  30.91 
 
 
317 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0202491  normal  0.065211 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3336  dihydrodipicolinate synthetase  28.88 
 
 
303 aa  94.7  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.163096  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  30.36 
 
 
313 aa  94.4  3e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  32 
 
 
298 aa  93.2  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5443  dihydrodipicolinate synthetase  32.13 
 
 
317 aa  93.2  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.344282  hitchhiker  0.00661581 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0351  dihydrodipicolinate synthase  31.53 
 
 
295 aa  92  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2744  dihydrodipicolinate synthase  30.23 
 
 
309 aa  91.3  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.67132  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  27.34 
 
 
294 aa  90.9  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0149  dihydrodipicolinate synthase  33.85 
 
 
291 aa  90.1  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4436  dihydrodipicolinate synthetase  29.19 
 
 
311 aa  90.1  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0722382  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  26.64 
 
 
297 aa  90.5  4e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0794  dihydrodipicolinate synthase  30.67 
 
 
314 aa  90.5  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0452  dihydrodipicolinate synthetase  32 
 
 
296 aa  90.5  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  29.59 
 
 
293 aa  89.7  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3972  dihydrodipicolinate synthetase  31.34 
 
 
299 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1503  dihydrodipicolinate synthase  31.77 
 
 
308 aa  89.7  7e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00000230491  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0515  dihydrodipicolinate synthase  28.92 
 
 
297 aa  89  9e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00442329 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4989  dihydrodipicolinate synthetase  29.97 
 
 
299 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2421  dihydrodipicolinate synthase  28.28 
 
 
293 aa  89  1e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000015991  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4039  dihydrodipicolinate synthetase  31.34 
 
 
299 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5022  dihydrodipicolinate synthetase  31.34 
 
 
299 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4753  dihydrodipicolinate synthetase  31.13 
 
 
305 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102033  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0973  dihydrodipicolinate synthase  26.74 
 
 
297 aa  88.2  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0410  dihydrodipicolinate synthase  29.9 
 
 
292 aa  88.2  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.315899  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0756  dihydrodipicolinate synthase  30.3 
 
 
296 aa  88.2  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.706325 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4304  putative dihydrodipicolinate synthetase  29.23 
 
 
297 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.172011  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1224  dihydrodipicolinate synthase  27.92 
 
 
292 aa  87.8  3e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>