More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1596 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
303 aa  622  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  80.86 
 
 
303 aa  509  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  80.2 
 
 
303 aa  509  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  81.19 
 
 
303 aa  509  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.84 
 
 
303 aa  473  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.84 
 
 
303 aa  473  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.27 
 
 
303 aa  464  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.94 
 
 
303 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.28 
 
 
303 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.95 
 
 
303 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.18 
 
 
305 aa  455  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.95 
 
 
303 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.95 
 
 
303 aa  456  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.95 
 
 
303 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  72.61 
 
 
303 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.28 
 
 
303 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.94 
 
 
303 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.19 
 
 
304 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.52 
 
 
328 aa  449  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.18 
 
 
305 aa  449  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.19 
 
 
304 aa  449  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.61 
 
 
305 aa  448  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.86 
 
 
304 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.53 
 
 
304 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.28 
 
 
305 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.2 
 
 
304 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.53 
 
 
304 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.53 
 
 
304 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.53 
 
 
304 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.87 
 
 
304 aa  443  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55 
 
 
313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  57.38 
 
 
308 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.48 
 
 
307 aa  328  7e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.67 
 
 
312 aa  315  4e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.67 
 
 
312 aa  315  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.02 
 
 
301 aa  314  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.17 
 
 
311 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53 
 
 
301 aa  312  4.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.51 
 
 
336 aa  311  9e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.18 
 
 
301 aa  307  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.84 
 
 
301 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.51 
 
 
301 aa  305  6e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
301 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.52 
 
 
304 aa  295  5e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
304 aa  280  2e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  46.37 
 
 
307 aa  273  3e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  48.66 
 
 
304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.83 
 
 
301 aa  268  8.999999999999999e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.16 
 
 
304 aa  268  8.999999999999999e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.53 
 
 
304 aa  265  8e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  45.39 
 
 
301 aa  236  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.3 
 
 
321 aa  228  1e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  41.86 
 
 
321 aa  225  5.0000000000000005e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  43.3 
 
 
301 aa  225  6e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  42.41 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.07 
 
 
330 aa  213  2.9999999999999995e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.3 
 
 
326 aa  207  2e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  41.52 
 
 
308 aa  202  4e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.16 
 
 
313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  40 
 
 
311 aa  198  9e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.78 
 
 
301 aa  197  3e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  42.47 
 
 
306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.66 
 
 
300 aa  179  4e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.89 
 
 
291 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  59.09 
 
 
199 aa  155  8e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  29.87 
 
 
293 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 
293 aa  125  7e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  29.53 
 
 
293 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  30.72 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1142  dihydrodipicolinate synthase  30.69 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530915  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  30.9 
 
 
294 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0989  dihydrodipicolinate synthase  29.51 
 
 
294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.484172  normal  0.862392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  32.33 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  31.37 
 
 
301 aa  112  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0941  dihydrodipicolinate synthase  29.25 
 
 
293 aa  110  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0386855  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  28.67 
 
 
291 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1906  dihydrodipicolinate synthase  32.23 
 
 
300 aa  107  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  30.17 
 
 
292 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1443  dihydrodipicolinate synthase  31.56 
 
 
296 aa  105  7e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  27.97 
 
 
290 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  32.05 
 
 
292 aa  105  8e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2565  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1453  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.242804  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1678  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3709  dihydrodipicolinate synthetase  30.82 
 
 
294 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.646628  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  27.84 
 
 
297 aa  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0689  dihydrodipicolinate synthetase  30.22 
 
 
294 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0148381  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2699  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2619  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3137  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2180  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 
300 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.632855  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  32.76 
 
 
290 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 
298 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3482  dihydrodipicolinate synthase  28.47 
 
 
294 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000010244  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1895  dihydrodipicolinate synthetase  31.23 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.305178 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3380  dihydrodipicolinate synthetase  31.23 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.434141  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1585  dihydrodipicolinate synthase  30.39 
 
 
320 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.758368 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4227  dihydrodipicolinate synthetase  31.23 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0531975  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4139  dihydrodipicolinate synthetase  31.23 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.405813  normal  0.104892 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35340  dihydrodipicolinate synthase  31.03 
 
 
287 aa  103  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>