More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4103 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
305 aa  621  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  88.2 
 
 
305 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.57 
 
 
305 aa  548  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.57 
 
 
305 aa  546  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.57 
 
 
304 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.57 
 
 
304 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.57 
 
 
304 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.57 
 
 
304 aa  540  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.25 
 
 
304 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.57 
 
 
304 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.57 
 
 
304 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  83.28 
 
 
304 aa  531  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  81.97 
 
 
304 aa  521  1e-147  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.91 
 
 
303 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.25 
 
 
303 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.91 
 
 
303 aa  475  1e-133  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.91 
 
 
303 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.25 
 
 
303 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.92 
 
 
303 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.92 
 
 
303 aa  471  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  72.61 
 
 
303 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.61 
 
 
303 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.28 
 
 
303 aa  451  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.61 
 
 
303 aa  448  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.28 
 
 
303 aa  447  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.95 
 
 
303 aa  444  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.18 
 
 
328 aa  434  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.67 
 
 
303 aa  431  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.67 
 
 
303 aa  431  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.98 
 
 
303 aa  424  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.8 
 
 
312 aa  353  2e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.8 
 
 
312 aa  353  2e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58 
 
 
311 aa  349  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.95 
 
 
313 aa  345  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  57.67 
 
 
336 aa  344  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.22 
 
 
301 aa  322  5e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.84 
 
 
301 aa  322  7e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.8 
 
 
308 aa  320  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.49 
 
 
307 aa  319  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.19 
 
 
301 aa  309  2.9999999999999997e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.7 
 
 
301 aa  308  5e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.36 
 
 
301 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.36 
 
 
301 aa  307  2.0000000000000002e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  48.83 
 
 
307 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.54 
 
 
301 aa  290  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.52 
 
 
304 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.51 
 
 
304 aa  271  7e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
304 aa  270  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.83 
 
 
304 aa  263  4e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.04 
 
 
304 aa  260  3e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.81 
 
 
321 aa  225  6e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  43.3 
 
 
301 aa  221  9.999999999999999e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  43.69 
 
 
301 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.1 
 
 
301 aa  217  2e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  42.01 
 
 
321 aa  211  9e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  43.2 
 
 
311 aa  211  9e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  40.34 
 
 
308 aa  204  1e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.18 
 
 
330 aa  199  3.9999999999999996e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.23 
 
 
301 aa  188  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.8 
 
 
326 aa  186  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.31 
 
 
313 aa  186  4e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.91 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  40.53 
 
 
306 aa  169  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.8 
 
 
291 aa  159  6e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  57.25 
 
 
199 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  29.87 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  30.83 
 
 
293 aa  109  5e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  30.83 
 
 
293 aa  109  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3229  dihydrodipicolinate synthetase  28.28 
 
 
292 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.837528  normal  0.60064 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1838  dihydrodipicolinate synthetase  28.19 
 
 
306 aa  109  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5264  dihydrodipicolinate synthetase  27.74 
 
 
292 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  31.16 
 
 
290 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  33.19 
 
 
298 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  30.83 
 
 
293 aa  107  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  30.77 
 
 
294 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  30.3 
 
 
292 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0989  dihydrodipicolinate synthase  28.72 
 
 
294 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.484172  normal  0.862392 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1142  dihydrodipicolinate synthase  29.07 
 
 
294 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530915  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3380  dihydrodipicolinate synthetase  29.19 
 
 
306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.434141  normal  0.344387 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4227  dihydrodipicolinate synthetase  29.19 
 
 
306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0531975  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2517  dihydrodipicolinate synthetase  27.46 
 
 
309 aa  104  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.35455  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4139  dihydrodipicolinate synthetase  29.19 
 
 
306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.405813  normal  0.104892 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  25.67 
 
 
298 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1895  dihydrodipicolinate synthetase  29.31 
 
 
306 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.305178 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1886  hypothetical protein  29.63 
 
 
390 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2068  dihydrodipicolinate synthetase family protein  29.66 
 
 
390 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.790569  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  28.92 
 
 
291 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0882  dihydrodipicolinate synthase  31.29 
 
 
295 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2542  dihydrodipicolinate synthase  31.29 
 
 
290 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0922563  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0471  dihydrodipicolinate synthetase  30 
 
 
306 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.230388  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1420  dihydrodipicolinate synthetase family protein  30 
 
 
306 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0587759  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5061  dihydrodipicolinate synthase  26.94 
 
 
297 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0879  dihydrodipicolinate synthetase family protein  30 
 
 
306 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.600236  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  28.57 
 
 
290 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0568  dihydrodipicolinate synthetase  30 
 
 
306 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.397945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2194  dihydrodipicolinate synthetase family protein  30 
 
 
306 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.872577  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 
294 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0941  dihydrodipicolinate synthase  27.18 
 
 
293 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0386855  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  25.33 
 
 
298 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  25.33 
 
 
298 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>