More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5081 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
301 aa  610  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.46 
 
 
301 aa  407  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.79 
 
 
301 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  64.55 
 
 
308 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.55 
 
 
307 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  61.82 
 
 
301 aa  393  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  61.79 
 
 
301 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  61.15 
 
 
301 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.33 
 
 
301 aa  367  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.52 
 
 
313 aa  339  2.9999999999999998e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.07 
 
 
336 aa  328  7e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.39 
 
 
311 aa  323  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.34 
 
 
303 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.01 
 
 
303 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.54 
 
 
305 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.33 
 
 
303 aa  315  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.35 
 
 
305 aa  315  5e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.34 
 
 
303 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.34 
 
 
303 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.18 
 
 
304 aa  314  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.54 
 
 
312 aa  315  9e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.54 
 
 
312 aa  315  9e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.34 
 
 
303 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.52 
 
 
304 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.52 
 
 
304 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.52 
 
 
304 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.68 
 
 
303 aa  311  5.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.35 
 
 
305 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.17 
 
 
303 aa  310  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.01 
 
 
305 aa  310  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.18 
 
 
304 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
303 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.18 
 
 
304 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
303 aa  309  2.9999999999999997e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
304 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.66 
 
 
307 aa  307  1.0000000000000001e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
304 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.68 
 
 
304 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50 
 
 
303 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  50 
 
 
303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.34 
 
 
303 aa  301  6.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.34 
 
 
303 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.69 
 
 
328 aa  299  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.83 
 
 
303 aa  294  1e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.17 
 
 
303 aa  294  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.16 
 
 
304 aa  290  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.18 
 
 
304 aa  279  3e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.75 
 
 
304 aa  278  9e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.01 
 
 
304 aa  262  4.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.34 
 
 
304 aa  260  2e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.38 
 
 
321 aa  230  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  44.3 
 
 
311 aa  226  3e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  41.94 
 
 
321 aa  219  3e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.21 
 
 
326 aa  213  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  41 
 
 
308 aa  209  5e-53  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.61 
 
 
301 aa  206  5e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.44 
 
 
313 aa  205  6e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  44.22 
 
 
301 aa  205  7e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  40.34 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.48 
 
 
330 aa  194  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.21 
 
 
301 aa  188  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.34 
 
 
300 aa  179  4.999999999999999e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  40.68 
 
 
306 aa  171  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.98 
 
 
291 aa  133  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  31.69 
 
 
290 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  50 
 
 
199 aa  116  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1068  dihydrodipicolinate synthase  34.84 
 
 
292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.126267  normal  0.042063 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  30.93 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  35 
 
 
294 aa  112  7.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  30.88 
 
 
291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0827  dihydrodipicolinate synthase  34.8 
 
 
294 aa  109  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.579615  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1503  dihydrodipicolinate synthase  33.22 
 
 
308 aa  109  6e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00000230491  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  31.94 
 
 
292 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0097  dihydrodipicolinate synthase  30.93 
 
 
297 aa  109  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  29.47 
 
 
304 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0351  dihydrodipicolinate synthase  30.93 
 
 
295 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3387  dihydrodipicolinate synthase  36.11 
 
 
296 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0675  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.35 
 
 
87 aa  107  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251814  normal  0.308708 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3191  dihydrodipicolinate synthase  36.84 
 
 
296 aa  105  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393919  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3515  dihydrodipicolinate synthase  36.84 
 
 
296 aa  105  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1537  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 
298 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6292  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 
298 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.454745 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  29.35 
 
 
298 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1939  dihydrodipicolinate synthase  27.82 
 
 
296 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  31.72 
 
 
293 aa  104  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  31.72 
 
 
293 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  32.74 
 
 
293 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0647  dihydrodipicolinate synthase  31.58 
 
 
292 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.443428  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  32.98 
 
 
298 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  32.74 
 
 
298 aa  103  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00780  dihydrodipicolinate synthase  32.53 
 
 
308 aa  102  5e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.868751  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6951  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 
298 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.522277  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3568  dihydrodipicolinate synthase  29.47 
 
 
292 aa  102  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000801902  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  31.82 
 
 
294 aa  102  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0258  dihydrodipicolinate synthase  29.79 
 
 
293 aa  102  7e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0941  dihydrodipicolinate synthase  33.47 
 
 
293 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0386855  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3650  dihydrodipicolinate synthase  29.12 
 
 
292 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109215  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3846  dihydrodipicolinate synthase  29.12 
 
 
292 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000642983  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3935  dihydrodipicolinate synthase  29.12 
 
 
292 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000721965  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3897  dihydrodipicolinate synthase  29.12 
 
 
292 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>