More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_2392 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
304 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  77.96 
 
 
304 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.74 
 
 
304 aa  407  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.61 
 
 
312 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  65.46 
 
 
336 aa  397  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.61 
 
 
312 aa  395  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.83 
 
 
311 aa  394  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.43 
 
 
304 aa  391  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  61.33 
 
 
313 aa  378  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  65.33 
 
 
304 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.16 
 
 
308 aa  321  8e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.68 
 
 
307 aa  315  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.35 
 
 
303 aa  308  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51 
 
 
303 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51 
 
 
303 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.83 
 
 
304 aa  305  7e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.83 
 
 
304 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.83 
 
 
304 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.01 
 
 
304 aa  302  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.5 
 
 
304 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.33 
 
 
303 aa  302  5.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.5 
 
 
304 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.5 
 
 
304 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.83 
 
 
304 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.68 
 
 
304 aa  299  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50 
 
 
303 aa  297  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.33 
 
 
303 aa  295  5e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.51 
 
 
303 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.34 
 
 
303 aa  294  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51 
 
 
303 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
303 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51 
 
 
303 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  51.51 
 
 
303 aa  293  3e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50 
 
 
303 aa  293  3e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.66 
 
 
305 aa  293  4e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51 
 
 
303 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.67 
 
 
303 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.57 
 
 
307 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.67 
 
 
303 aa  289  3e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.67 
 
 
301 aa  288  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  48.99 
 
 
328 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.34 
 
 
301 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.66 
 
 
305 aa  286  4e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50 
 
 
305 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.68 
 
 
305 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49 
 
 
301 aa  282  6.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  47.99 
 
 
301 aa  277  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.49 
 
 
301 aa  272  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.67 
 
 
301 aa  271  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  47.99 
 
 
301 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  45.7 
 
 
301 aa  210  3e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.64 
 
 
330 aa  204  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  42.67 
 
 
321 aa  203  2e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  43.84 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.12 
 
 
321 aa  197  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.99 
 
 
326 aa  192  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  41.52 
 
 
308 aa  192  5e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  42.95 
 
 
311 aa  192  8e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  41.03 
 
 
301 aa  191  2e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  44.1 
 
 
313 aa  187  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.59 
 
 
301 aa  159  7e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  41.1 
 
 
306 aa  155  6e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.89 
 
 
300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.89 
 
 
291 aa  144  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  34.01 
 
 
301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  28.98 
 
 
294 aa  119  9e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  30.69 
 
 
293 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4436  dihydrodipicolinate synthetase  32.44 
 
 
311 aa  115  7.999999999999999e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0722382  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  30.69 
 
 
293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  30.69 
 
 
293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0647  dihydrodipicolinate synthase  30.07 
 
 
292 aa  114  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.443428  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  32.03 
 
 
292 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1685  dihydrodipicolinate synthetase  27.84 
 
 
295 aa  109  6e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.805786  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  30.85 
 
 
294 aa  109  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  47.33 
 
 
199 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  31.45 
 
 
300 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1942  dihydrodipicolinate synthase  33.02 
 
 
292 aa  105  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0989  dihydrodipicolinate synthase  30.04 
 
 
294 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.484172  normal  0.862392 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1872  dihydrodipicolinate synthase  28.32 
 
 
291 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1142  dihydrodipicolinate synthase  31.88 
 
 
294 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530915  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1224  dihydrodipicolinate synthase  28.24 
 
 
292 aa  104  2e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1443  dihydrodipicolinate synthase  31.34 
 
 
296 aa  104  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2161  dihydrodipicolinate synthase  27.97 
 
 
291 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  29.62 
 
 
290 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  30.43 
 
 
290 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1658  dihydrodipicolinate synthase  32.75 
 
 
298 aa  104  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0697  dihydrodipicolinate synthase  31.5 
 
 
300 aa  103  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.31564  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  31.11 
 
 
294 aa  102  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  29.82 
 
 
292 aa  102  6e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  26.46 
 
 
297 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0056  dihydrodipicolinate synthase  32.04 
 
 
291 aa  102  8e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.821032  normal  0.798921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3944  dihydrodipicolinate synthase  34.26 
 
 
298 aa  102  9e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0787745  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5532  dihydrodipicolinate synthetase  33.08 
 
 
301 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  30.82 
 
 
290 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1797  dihydrodipicolinate synthase  31.92 
 
 
292 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000131213  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0211  dihydrodipicolinate synthase  28.18 
 
 
290 aa  100  3e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.397143  hitchhiker  0.00000000242674 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1874  dihydrodipicolinate synthase  30.24 
 
 
292 aa  100  3e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.013061 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0159  dihydrodipicolinate synthase  28.88 
 
 
290 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.865785  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12766  dihydrodipicolinate synthase  34.03 
 
 
300 aa  100  4e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3111  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  30.72 
 
 
313 aa  99.4  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>