50 decreased-coverage genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
RS00403  CDS  NC_003296  654615  656093  +  1479  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  NP_522085  decreased coverage  0.00328679  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS00404  CDS  NC_003296  656223  656834  -  612  hypothetical protein  NP_522086  decreased coverage  0.000519632  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS00407  CDS  NC_003296  658157  659512  +  1356  putative outer membrane cation efflux system protein  NP_522089  decreased coverage  0.00236087  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS00408  CDS  NC_003296  659692  660726  +  1035  putative cation efflux protein  NP_522090  decreased coverage  0.000967818  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS00710  CDS  NC_003296  438682  441366  -  2685  hypothetical protein  NP_521895  decreased coverage  0.000656351  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS00713  CDS  NC_003296  442575  443303  +  729  transcription regulator protein  NP_521897  decreased coverage  0.000339699  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS00714  CDS  NC_003296  443566  444621  +  1056  porin precursor transmembrane protein  NP_521898  decreased coverage  0.000654265  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS00877  CDS  NC_003296  533214  534431  +  1218  multidrug resistance 1 transmembrane protein  NP_521981  decreased coverage  0.00243064  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS01894  CDS  NC_003296  1023965  1025956  +  1992  hypothetical protein  NP_522374  decreased coverage  0.00344016  normal  0.44222  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS01923  CDS  NC_003296  986616  987593  +  978  putative omega-3 fatty acid desaturase transmembrane protein  NP_522345  normal  1  decreased coverage  0.00198957  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS01924  CDS  NC_003296  986363  986632  +  270  hypothetical protein  NP_522344  normal  1  decreased coverage  0.00150472  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS01925  CDS  NC_003296  984414  986366  +  1953  putative aminoacyl-tRNA synthetase protein  NP_522343  normal  1  decreased coverage  0.00250234  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS02167  CDS  NC_003296  2025399  2026736  -  1338  hypothetical protein  NP_523169  hitchhiker  0.00357357  decreased coverage  0.00909345  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS02969  CDS  NC_003296  172296  177428  +  5133  putative RHS-related protein  NP_521712  decreased coverage  0.00316448  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS02991  CDS  NC_003296  150291  150497  -  207  hypothetical protein  NP_521690  decreased coverage  0.0000117198  normal  0.646497  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS02993  CDS  NC_003296  148360  150198  +  1839  hypothetical protein  NP_521689  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS03051  CDS  NC_003296  1871873  1873942  -  2070  hypothetical protein  NP_523051  decreased coverage  0.00894237  normal  0.803051  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS03679  CDS  NC_003296  368825  369724  +  900  transcription regulator protein  NP_521846  decreased coverage  0.0000906887  normal  0.0907157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS03682  CDS  NC_003296  364483  366114  -  1632  amino-acid permease transmembrane protein  NP_521843  decreased coverage  0.00632894  normal  0.215553  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS03722  CDS  NC_003296  315864  318089  -  2226  outer membrane hemin receptor signal peptide protein  NP_521805  decreased coverage  0.000281288  normal  0.0836882  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS03723  CDS  NC_003296  314699  315841  -  1143  hemin transport protein  NP_521804  decreased coverage  0.0000267983  normal  0.178446  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS04690  CDS  NC_003296  222745  223527  +  783  hypothetical protein  NP_521739  decreased coverage  0.000667463  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS05182  CDS  NC_003296  308986  312591  -  3606  putative alpha-amylase-related protein  NP_521802  decreased coverage  0.00237217  normal  0.176867  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS05192  CDS  NC_003296  288912  289871  +  960  putative signal peptide protein  NP_521792  decreased coverage  0.00268581  normal  0.960066  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS05194  CDS  NC_003296  286439  287917  +  1479  putative benzaldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  NP_521790  decreased coverage  0.0026447  normal  0.397505  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS05195  CDS  NC_003296  284279  286150  -  1872  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  NP_521789  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS05199  CDS  NC_003296  279370  279834  -  465  transcription regulator protein  NP_521785  decreased coverage  0.000000214035  normal  0.0753058  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS05202  CDS  NC_003296  276258  277172  -  915  transcription regulator protein  NP_521782  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS05363  CDS  NC_003296  1051148  1052038  +  891  hypothetical protein  NP_522393  normal  1  decreased coverage  0.00449707  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RS05540  CDS  NC_003296  90322  90921  +  600  hypothetical protein  NP_521642  decreased coverage  0.00436113  normal  1  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0222  CDS  NC_003296  277298  278326  +  1029  vanillate O-demethylase oxygenase subunit oxidoreductase protein  NP_521783  decreased coverage  0.0000016692  normal  0.0221534  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0223  CDS  NC_003296  278338  279291  +  954  vanillate O-demethylase  NP_521784  decreased coverage  0.00000934842  normal  0.0801179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0225  CDS  NC_003296  279987  280820  +  834  p-hydroxycinnamoyl CoA hydratase/lyase  NP_521786  decreased coverage  0.0000072879  normal  0.0457415  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0226  CDS  NC_003296  280919  282373  +  1455  vanillin dehydrogenase oxidoreductase protein  NP_521787  decreased coverage  0.0000243231  normal  0.062724  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0227  CDS  NC_003296  282389  284263  +  1875  feruloyl-CoA synthase  NP_521788  decreased coverage  0.0000611579  normal  0.0633289  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0242  CDS  NC_003296  312692  314317  -  1626  glycogen synthase  NP_521803  decreased coverage  0.0000133222  normal  0.110435  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0283  CDS  NC_003296  366465  367838  +  1374  DNA-damage-inducible F transmembrane protein  NP_521844  decreased coverage  0.00354836  normal  0.290631  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0301  CDS  NC_003296  395530  395916  -  387  TIS1421-transposase protein A  NP_521862  normal  1  decreased coverage  0.00123351  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0330  CDS  NC_003296  431261  433894  +  2634  aconitate hydratase  NP_521891  decreased coverage  0.00865335  normal  0.101223  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0332  CDS  NC_003296  435071  437662  -  2592  bifunctional aconitate hydratase 2/2-methylisocitrate dehydratase  NP_521893  decreased coverage  0.00794899  normal  0.98729  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0814  CDS  NC_003296  1026462  1028123  +  1662  malate:quinone oxidoreductase  NP_522375  decreased coverage  0.00169357  normal  0.567964  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0833  CDS  NC_003296  1052058  1054100  +  2043  polygalacturonase transmembrane protein  NP_522394  normal  1  decreased coverage  0.00798361  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0834  CDS  NC_003296  1054167  1055474  +  1308  hexuronate transporter transmembrane protein  NP_522395  normal  1  decreased coverage  0.00560856  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0868  CDS  NC_003296  1094782  1095411  +  630  HRPH protein  NP_522429  normal  0.509019  decreased coverage  0.00127676  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0869  CDS  NC_003296  1095396  1096301  +  906  type III secretion system protein HrpB  NP_522430  normal  0.371286  decreased coverage  0.00150472  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp0870  CDS  NC_003296  1096298  1097617  +  1320  type III secretion system ATPase  NP_522431  normal  0.388833  decreased coverage  0.00178442  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp1002  CDS  NC_003296  1262422  1264131  -  1710  TEK signal peptide protein  NP_522563  normal  1  decreased coverage  0.00217229  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp1003  CDS  NC_003296  1264272  1265192  -  921  transcription regulator XpsR transcription regulator protein  NP_522564  normal  1  decreased coverage  0.0016444  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp1174  CDS  NC_003296  1479427  1481574  +  2148  putative acid phosphatase protein  NP_522735  normal  0.59067  decreased coverage  0.0088177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
RSp1611  CDS  NC_003296  2026926  2028407  -  1482  succinate-semialdehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  NP_523170  normal  0.0291547  decreased coverage  0.00849486  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>