More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0223 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp0223  vanillate O-demethylase  100 
 
 
317 aa  636    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000934842  normal  0.0801179 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4329  ferredoxin  54.55 
 
 
320 aa  335  5e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1334  phthalate 4,5-dioxygenase  58.6 
 
 
322 aa  329  3e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3213  ferredoxin  56.1 
 
 
344 aa  328  9e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.289084  normal  0.0335883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0057  putative vanillate O-demethylase oxidoreductase  53.12 
 
 
315 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0281  ferredoxin  53.42 
 
 
323 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.985889  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2724  ferredoxin  53.5 
 
 
322 aa  319  3.9999999999999996e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.704562  normal  0.0138338 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2044  ferredoxin  52.96 
 
 
316 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0343  ferredoxin  51.41 
 
 
322 aa  309  2.9999999999999997e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2169  ferredoxin  51.4 
 
 
316 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0772713  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3737  ferredoxin  51.09 
 
 
316 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216085  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1003  vanillate O-demethylase oxidoreductase  52.96 
 
 
315 aa  308  8e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2026  ferredoxin  51.09 
 
 
316 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5028  phthalate 4,5-dioxygenase  52.87 
 
 
321 aa  305  7e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2905  vanillate O-demethylase oxidoreductase  50.78 
 
 
316 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144739  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3123  ferredoxin  52.87 
 
 
321 aa  301  9e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.354063  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5244  ferredoxin  52.87 
 
 
321 aa  301  9e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2709  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  49.22 
 
 
316 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0305444  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5694  Phthalate 4,5-dioxygenase  51.4 
 
 
321 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6765  ferredoxin-NADPH reductase  51.27 
 
 
323 aa  296  2e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.976153 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4592  ferredoxin  51.59 
 
 
321 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0419  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  53.5 
 
 
321 aa  295  7e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5125  ferredoxin  50.64 
 
 
321 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272178  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1100  vanillate O-demethylase reductase subunit VanB  50.78 
 
 
325 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64810  vanillate O-demethylase oxidoreductase  50.16 
 
 
317 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0251554  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1356  phthalate 4,5-dioxygenase  52.17 
 
 
320 aa  285  9e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3118  ferredoxin  48.77 
 
 
317 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1297  ferredoxin  46.42 
 
 
318 aa  282  6.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5630  vanillate O-demethylase oxidoreductase  50.78 
 
 
317 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0803  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  51.26 
 
 
320 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551034  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3265  ferredoxin  53.04 
 
 
319 aa  278  8e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395419 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0995  ferredoxin  49.04 
 
 
319 aa  277  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000440652 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2212  ferredoxin  47.98 
 
 
319 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.990951 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7584  ferredoxin  48.11 
 
 
323 aa  275  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5517  vanillate O-demethylase oxidoreductase  47.28 
 
 
331 aa  268  8e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4880  ferredoxin  48.77 
 
 
332 aa  267  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.797791  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1829  ferredoxin  43.93 
 
 
334 aa  253  3e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148952  normal  0.528944 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0999  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  47.04 
 
 
318 aa  246  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0406  putative 2Fe-2S ferrodoxin  46.25 
 
 
324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0869  ferredoxin  40.5 
 
 
318 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7699  ferredoxin  44.27 
 
 
326 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1957  Pdr/VanB family oxidoreductase  43.61 
 
 
317 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334574  hitchhiker  0.000300419 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7074  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  45.34 
 
 
319 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0880566  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5870  ferredoxin  44.62 
 
 
588 aa  232  7.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3200  ferredoxin  43.45 
 
 
320 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.22771  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4067  ferredoxin  41.88 
 
 
319 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0554  putative iron-sulfur oxidoreductase subunit  43.77 
 
 
337 aa  229  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.162175 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1542  ferredoxin  40.5 
 
 
330 aa  229  6e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3579  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  45.48 
 
 
318 aa  228  8e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147796  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5138  ferredoxin  50.79 
 
 
325 aa  223  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2494  ferredoxin  43.56 
 
 
330 aa  222  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0494145  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4243  ferredoxin  45.12 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2173  vanillate O-demethylase oxidoreductase  41.07 
 
 
320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.23964  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3899  ferredoxin  41.25 
 
 
325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83254  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2193  ferredoxin  42.28 
 
 
323 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0744529  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4797  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  44.14 
 
 
322 aa  217  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290636  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4500  ferredoxin  44.19 
 
 
316 aa  215  7e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.125259  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5072  ferredoxin  42.41 
 
 
352 aa  215  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.14092 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4632  ferredoxin  44.19 
 
 
316 aa  215  7e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189827  normal  0.0263883 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0329  oxidoreductase  41.99 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0441  ferredoxin  43.08 
 
 
317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.476743 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1909  phthalate 4,5-dioxygenase, reductase subunit  42.01 
 
 
351 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6022  ferredoxin  42.77 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4812  ferredoxin  38.63 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104924  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4624  ferredoxin  40.06 
 
 
322 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3621  ferredoxin  41.74 
 
 
326 aa  212  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0766898  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3527  ferredoxin  41.74 
 
 
326 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5676  ferredoxin  44.41 
 
 
323 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0301762  normal  0.0416479 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5357  ferredoxin  42.06 
 
 
326 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07060  cytochrome P450  38.98 
 
 
788 aa  209  4e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.75333  normal  0.497051 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5899  ferredoxin  44.41 
 
 
323 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.985129  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3141  ferredoxin  47.9 
 
 
322 aa  209  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.122413 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2111  ferredoxin-oxidoreductase FAD/NAD(P)- binding, ring hydroxylating dioxygenase reductase subunit  40.13 
 
 
325 aa  209  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4965  ferredoxin  37.69 
 
 
320 aa  208  9e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.222707  normal  0.0138132 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2786  ferredoxin  37.69 
 
 
320 aa  208  9e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.224579  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1111  ferredoxin  40.98 
 
 
784 aa  207  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.734478  normal  0.214789 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4932  ferredoxin, cytochrome P450  40.75 
 
 
780 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2925  ferredoxin  41.21 
 
 
323 aa  206  5e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.639585 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5278  ferredoxin:cytochrome P450:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  40.84 
 
 
783 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3942  ferredoxin  43.03 
 
 
331 aa  204  2e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  0.0171714 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0171  ferredoxin  42.22 
 
 
316 aa  204  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0531  ferredoxin  43.59 
 
 
327 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.785476 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0965  ferredoxin  42.68 
 
 
319 aa  201  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1830  ferredoxin  40.32 
 
 
321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.285762 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2150  ferredoxin  40.76 
 
 
324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3596  ferredoxin  40.31 
 
 
782 aa  200  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2369  putative phthalate 4,5-dioxygenase reductase subunit (OhpA1)  41.29 
 
 
320 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138771  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1840  ferredoxin  40 
 
 
321 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0439482  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5962  ferredoxin  42.99 
 
 
318 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0118173 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3536  aromatic acid dioxygenase beta subunit  41.99 
 
 
321 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0289  putative iron-sulfur oxidoreductase, beta subunit  39.75 
 
 
316 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.600768  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1726  phthalate 4,5-dioxygenase  40.06 
 
 
321 aa  198  7.999999999999999e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.53937  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1543  ferredoxin  40.37 
 
 
333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1385  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  39.37 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602347  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1520  ferredoxin  40.37 
 
 
333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2529  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  40 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00243461  normal  0.86299 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1891  oxidoreductase, FAD/NAD-binding/iron-sulfur cluster binding protein  39.68 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0725  cytochrome P450  42.31 
 
 
783 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207773  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3313  ferredoxin  40.32 
 
 
321 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5925  ferredoxin  39.18 
 
 
315 aa  196  6e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0144605  normal  0.242924 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>