More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00877 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00877  multidrug resistance 1 transmembrane protein  100 
 
 		 405 aa  766    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00243064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1114  major facilitator transporter  52.84 
 
 		 395 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0587  major facilitator transporter  36.34 
 
 		 392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0110  major facilitator transporter  27.95 
 
 		 418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0106  major facilitator transporter  27.95 
 
 		 418 aa  135  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1203  major facilitator superfamily MFS_1  25.2 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0169  major facilitator superfamily permease  26 
 
 		 411 aa  96.7  7e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6746  major facilitator superfamily MFS_1  25 
 
 		 423 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.909176 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  26.24 
 
 		 392 aa  80.5  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0509  major facilitator superfamily permease  25.87 
 
 		 403 aa  80.1  0.00000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4868  major facilitator transporter  27.32 
 
 		 418 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.174951 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1882  major facilitator transporter  25.72 
 
 		 411 aa  77.4  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.123167  hitchhiker  0.000918142 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6539  major facilitator transporter  25.2 
 
 		 420 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.516365  normal  0.497614 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0960  major facilitator superfamily MFS_1  25.31 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.272153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4118  major facilitator transporter  23.87 
 
 		 416 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0207731  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1853  major facilitator superfamily MFS_1  23.93 
 
 		 387 aa  73.6  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000358317  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0468  multidrug resistance efflux transporter  23.7 
 
 		 394 aa  73.6  0.000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000018519  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  27.04 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0840  major facilitator superfamily MFS_1  25.25 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6951  major facilitator superfamily MFS_1  30.29 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2873  major facilitator transporter  25 
 
 		 395 aa  73.2  0.000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.896526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0032  tetracycline resistance protein, class A  31.21 
 
 		 399 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.581594 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0042  tetracycline repressor protein TetA, class A  31.21 
 
 		 424 aa  72.4  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0227  major facilitator superfamily MFS_1  29.13 
 
 		 390 aa  72.4  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000142544  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0153  tetracycline resistance protein, class A  31.21 
 
 		 424 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01049  predicted drug efflux system  24.63 
 
 		 408 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.256191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2593  major facilitator superfamily MFS_1  24.63 
 
 		 408 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.288035  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2547  drug efflux system protein MdtG  24.63 
 
 		 408 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0112458  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1174  drug efflux system protein MdtG  24.63 
 
 		 408 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.571838  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01057  hypothetical protein  24.63 
 
 		 408 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.276646  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0796  major facilitator transporter  25 
 
 		 391 aa  70.9  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1273  multidrug resistance efflux transporter, authentic frameshift  23.45 
 
 		 394 aa  70.9  0.00000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000141298  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2077  drug efflux system protein MdtG  24.34 
 
 		 408 aa  70.5  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.894184 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2776  major facilitator superfamily MFS_1  22.55 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00570116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1175  drug efflux system protein MdtG  24.85 
 
 		 409 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.504278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1455  major facilitator transporter  21.97 
 
 		 404 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0873  major facilitator superfamily MFS_1  28.72 
 
 		 398 aa  67.8  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0137  major facilitator transporter  32.72 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0342299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0682  major facilitator superfamily MFS_1  29.9 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.260378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2339  major facilitator transporter  23.77 
 
 		 406 aa  67  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0304665  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  25.4 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1716  major facilitator transporter  22.25 
 
 		 410 aa  66.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354748  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1774  major facilitator superfamily MFS_1  26.82 
 
 		 430 aa  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1351  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  26.67 
 
 		 416 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0854503  normal  0.0233504 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0127  major facilitator superfamily permease  22.06 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0361045  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0850  major facilitator superfamily MFS_1  31.21 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2150  major facilitator superfamily MFS_1  34.27 
 
 		 406 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.357257  normal  0.0705689 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3239  major facilitator superfamily MFS_1  24.13 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  26.23 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00896  transport transmembrane protein  25.63 
 
 		 406 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4724  tetracycline resistance protein, class B  24.35 
 
 		 401 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1478  major facilitator superfamily MFS_1  23.24 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.311538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0592  major facilitator superfamily MFS_1  30.53 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0179102 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0726  putative multidrug resistance protein  24.66 
 
 		 487 aa  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1661  major facilitator transporter  27.22 
 
 		 406 aa  63.5  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.171561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4835  major facilitator transporter  25.33 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  32.05 
 
 		 414 aa  63.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1042  major facilitator superfamily MFS_1  29.41 
 
 		 397 aa  63.2  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0719  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  23.44 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0735  major facilitator superfamily multidrug/H(+) antiporter  23.44 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1647  major facilitator superfamily protein  23.24 
 
 		 386 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.761188  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2449  major facilitator transporter  27.82 
 
 		 424 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0110452  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0813  major facilitator superfamily MFS_1  23.91 
 
 		 397 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4881  major facilitator superfamily MFS_1  24.87 
 
 		 408 aa  62  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1135  major facilitator transporter  27.78 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1648  major facilitator transporter  26.32 
 
 		 415 aa  62  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0811808 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1368  major facilitator superfamily permease  34.29 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2319  major facilitator superfamily MFS_1  22.73 
 
 		 407 aa  61.2  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4478  major facilitator transporter  25.42 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.000000434229  decreased coverage  0.000716178 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3850  major facilitator transporter  30.5 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.369274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  25.91 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0674  major facilitator superfamily protein  24.1 
 
 		 394 aa  60.8  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2032  multidrug-efflux transporter quinolene resistance protein NorA  28.45 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2968  major facilitator superfamily MFS_1  31.41 
 
 		 414 aa  60.5  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0277943 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  31.67 
 
 		 421 aa  60.1  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0923  major facilitator transporter  29.94 
 
 		 406 aa  60.1  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311973  normal  0.133556 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2249  major facilitator superfamily multidrug-efflux transporter  29.94 
 
 		 406 aa  60.1  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0638588  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0682  major facilitator transporter  30.97 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2068  major facilitator transporter  28.82 
 
 		 395 aa  60.1  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.731019  normal  0.214462 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2106  major facilitator transporter  23.74 
 
 		 399 aa  60.1  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00044461  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4810  major facilitator transporter  35.25 
 
 		 555 aa  59.7  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.502996 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3953  major facilitator transporter  25.75 
 
 		 431 aa  60.1  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.690116  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4444  multidrug resistance protein  23.02 
 
 		 400 aa  59.7  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.239413 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  30.19 
 
 		 392 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1645  major facilitator superfamily permease  20.93 
 
 		 409 aa  59.7  0.00000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0731  major facilitator transporter  31.61 
 
 		 399 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2910  major facilitator transporter  27.58 
 
 		 405 aa  59.3  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2247  major facilitator transporter  27.69 
 
 		 399 aa  59.7  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0829  major facilitator transporter  27.27 
 
 		 426 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.0000111783  unclonable  0.000000000756922 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0999  multidrug resistance protein  23.41 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000493568  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0852  major facilitator transporter  23.34 
 
 		 410 aa  59.7  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0331  MFS family transporter  32.84 
 
 		 515 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0657  major facilitator transporter  30.97 
 
 		 397 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3013  major facilitator transporter  23.74 
 
 		 399 aa  58.9  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0363665  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  30.19 
 
 		 392 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0342  major facilitator superfamily permease  27.44 
 
 		 396 aa  59.3  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0747  major facilitator transporter  23.02 
 
 		 400 aa  58.9  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3322  major facilitator family transporter  24.56 
 
 		 399 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0551  major facilitator transporter  26.24 
 
 		 407 aa  58.9  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000114988  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0295  EmrB/QacA family drug resistance transporter  33.06 
 
 		 565 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>